Suured muutusid toimusid ka pärast Liivi sõda-kirikuhooned olid purustatud või rüüstatud ning enamik kogudusi jäid ilma õpetajata. 16. sajandi teine pool ja 17. sajandi algus on Euroopa ajaloos tuntud kui usupingete ajajärk. Rootsis sai riigikirikuks luteri kirik. Rootsi sõjaline jõud päästis protestandid lüüasaamisest Kolmekümneaastases sõjas (1618-1648). Koos Poola võimu kehtestamisega taastati Liivimaal katoliku kiriku organisatsioon. Olulist osa rekatoliseerimises etendasid jesuiidid, kelle toomist Liivimaale korraldas paavsti saadik Antonio Possevino. Liivimaad peeti väga tähtsaks kogu Põhja- Euroopa tagasivõitmiseks katoliku usule. Siit loodeti katoliku usku edasi viia nii Rootsi kui ka Vene alale. Jesuiitide mõju siinsele vaimuelule oli märkimisväärselt suurt. Kui rootslased 1625. aastal Tartu vallutasid, lõpetas see mitte ainult jesuiitide tegevuse, vaid ka kogu katoliku ajastu Eestis.
Weissenstein, Rakvere-Wesenberg, Narva-Narwa, Kuressaare-Arensburg, Valga-Walk. Sõbrakaubandus igal talupojal oli linnas kindel kaupmees, kellega ta äri ajas. Maalaat oluline kauplemiskoht Tsunftijänes nurgakäsitööline, kelle vastu võitlemine muutus järjest lootusematuks Manufaktuur - hiliskeskajal arenenud tööjaotusega käsitööettevõte, kus töötasid palgatöölised Jesuiidid etendasid olulist rolli rekatoliseerimises. 1583. a. asutasid nad Tartus gümnaasiumi, mille haridustasemele polnud eesti varasemas ajaloos võrdset. Siis asutasid nad tõlkide seminari, mille eesmärk oli ette valmistada preestrikutseks sobivaid kandidaate. Pühajõe mäss 1642. a. toimunud Urvaste kihelkonnas sündmus, mille käigus hävitasid talupojad Võhandu jõele ehitatud mõisa vesiveski, sest see pidavat olema pühaks peetava jõe rüvetamiseks ja neid tabanud viljaikalduse põhjus.
aastal, sellest jaotusest kujuneski välja Eestimaa ja Liivimaa, mis likvideeriti alles 1918.aastal ühise Eestimaa kubermangu moodustamisega. Haridus ja kultuur Poola võimu aladel Zygmund II Augusti aegne Poola-Leedu riik oli üsna ususalliv aga 16.sajandi teisel poolel teravnesid konfessioonide vahelised pinged kui kogu Euroopas viidi läbi vastureformatsioon, see puudutas ka talupoegi.Alles 16.sajandi lõpukümnenditel saavutas Poola kõva mõju rekatoliseerimises. Liivimaa konstitutsioonidega 1582.aastast sai Liivimaast taas katoliiklik piiskopkond.Vahepeal luterlaste poolt ära võetud kirikud anti tagasi katoliiklastele.Tollane Roomakatoliku paavst oli võtnud eesmärgiks taastada katoliiklus Põhja-Euroopas ning Liivimaad käsitleti võtmealana protestantliku Skandinaavia ja skismaatilise Venemaa vahel, mistõttu pöörati väga palju tähelepanu Liivimaale. Tartu jesuiitide residentsis kasvas välja kolleegium, mis asutas ka gümnaasiumi
,,Lätlased, eriti Liivimaal, filosoofilise sajandi lõul", milles esitatud otsekohene ja avameelne käsitlus Liivimaa talurahva olukorrast avaldas Euroopa lugejale suurt mõju. · 1802.-1804. Aasta Eesti- ja Liivimaa talurahva regulatiivid lõpetavad ühe ajajärgu agraarkorralduste ajaloos. Pärisorjus jäi küll püsima, kuid talurahvale anti siiski seaduslikult tagatud kaitse mõisnike võimaliku ülekohtu eest. Vastureformatsioonid · Olulist osa rekatoliseerimises etendasid jesuiidid, kelle toomist Liivimaale korraldas paavsti saadikAntonio Possevino. · 1583. Aastal asutati Tartus jesuiitude gümnaasium, mille haridustasemele polnud Eesti varasemas ajaloos võrdset. · Gümnaasiumi kõrvale asutasid jesuiidid tõlkide seminari, mille peaeesmärk oli ette valmistada preestrikutseks sobivaid kanditaate kohaliku rahva hulgast. Luteri kirik Rootsi aja algul
(seal arvustas ta ühiskondlikke olusid ja ründas baltisakslasi) Pilet 10 Vaimuelu Rootsi ja Poola ajal. Vastureformatsioon ja luteri kirik Rootsi-luteri kirik, Poola-katolik kirik Poola ja Rootsi ajal olid mitmed usulised pinged kahe kiriku-luteri ja katoliku kiriku pärast. Poola aeg oli 1582-1629. Toimus vastureformatsioon, kus Eesti ja Liivimaa alad taheti rekatoliseerida ehk luteri usk taheti muuta katoliku usuks. Olulist rolli rekatoliseerimises mängisid jesuiidid. Liivimaad peeti väga oluliseks piirkonnaks, mis tuleb katoliku usku viia, sest siit edasi oli väga hea liikuda katoliku usu laiendamisega Rootsi ja Venemaa aladele. Vastureformatsiooni käigus võeti tagasi katoliku usk. 1583.aastal rajati Tartusse jesuiitide gümnaasium(ning võib öelda, et tänu sellele on meil Tartu Ülikool) . Seoses Rootsi aja algusega lõppes katoliku usu ajastu. (1625.a Tartu vallutamine lõpetas katoliku usu ajastu)