Läheb koguaeg vaja. rRna ja tRNA toodetakse koguaeg, teatud ensüüme. 2. Geenid, mis avalduvad ainult ühe kindla koe rakkudes. Insuliin kõhunäärmes, adrenaliin neerupealsetes. 3. Geenid, mis avalduvad teatud eluetappidel. Loote varases arengus väga kiire rakkude paljunemine. 4. Geenid, mis ei avaldu mitte kunagi. Evolutsiooni jooksul muutunud kasutuks. Geenide vaheosad. · Vajalik RNA polümeraas, mis seostub DNA piirkonna, mida nimetatakse promootoriks(promootorpiirkond), sealt alates hakkab ta keerama DNAd lahti ja ühele DNA ahelale ehitatakse komplementaarne RNA ahel. See piirkond, kus RNAd loetakse on transkriveeritav piirkond. Transkriptsioon lõppeb DNA terminaatorpiirkonnas. · Transkriptsiooni toimumine võib sõltuda teinekord ensüümist, mille nimi on repressor ja mis ei lase RNA polümeraasil promootoriga seostuda. Mõnikord on vaja aktivaatorvalku(aktivaator), selleks et protsess käima läheks.
Lämmastikalustel nukleotiididest lähtuvad nimed: adeniin adenosiinfosfaat tümiin tümidiinfosfaat guaniin guanosiinfosfaat tsütosiin tsütidiinfosfaat Transkriptsioon. = mRNA süntees - mRNA (informatsiooni RNA) aitab luua aminohapetest valke; paikneb ribosoomis * toimub raku tuumas, RNA-polümeraasi abil * komplementaarsusprintsiip = (uratsiin) U-A, C-G promootorpiirkond piirkond DNA-l, millega RNA-polümeraas seostub RNA-polümeraas lõhub DNA lämmastikaluste vahelised sidemed; ehitab komplementaarsuse alusel ühele ahelale vastava RNA. RNA sünteesi e. transkriptsioonipiirkond piirkond, millel RNA süntees toimub terminaatorpiirkond DNA nukleotiidne järjestus, kus transkriptsioon lõpeb See geen ekspresseerub e. avaldub, millelt toimub transkriptsioon. Korraga avaldub ~10% geenidest. Rakukoe määravad ära avalduvad geenid.
initsiatsioon-elongatsioon- terminatsioon 2. Kuidas, millest ja kus moodustub tuumake? Tuumakese funktsioon?. 3. Kuidas toimub eukarüoodil transkriptsiooni initsiatsioon? Millised faktorid on vajalikud? Vt eelmist. Eukarüootne transkriptsioon erineb prokarüoosest, et vajab initsiatsioonis cis-aktiveerivate elementide (spetsiifiliste DNA piirkondade) ja transs (aktiveervate faktorite, regulatoorsete valkude) koostoimet. Geeni 5' alas, esimese eksoni ees, asub promootorpiirkond, kus on terve rida regulatoorseid järjestusi. Vajalikud trans faktorid. 4. Kuidas toimub transkriptsiooni initsiatsioon prokarüoodil? Prokarüootidel seostub RNA polümeraas otse DNAle 5. Transkriptsioonil osalevate aktivaatorvalkude jaotus tunnusmotiivide alusel? Transkriptsiooni sünkroniseerimiseks ja võimendamiseks on olemas veel geeniekspressiooni aktivaatorvalgud, mis samuti seonduvad enhancer-piirkondadele. Aktivaatorite seondumine erinevatele geenidele erinevates
A on kõrgem kui B 14. Ioonide kergendatud difusioon läbi membraani toimub elektrokeemilise potentsiaali gradiendi suunas 15. Milline väide ei ole õige kergendatud difusiooni kohta? Konsentr lahustunud aine molekulid membraani 1l küljel 16. Kromatiid on pool metafaasse kromosoomi DNA-st 17. RNA transkripti protsessingu käigus toimub a ja c mõlemad 18. Mis on RNA polümeraasi seostumiskohaks geenil? promootorpiirkond 19. Ribosomaalne RNA transkribeeritakse tuumakeses 20. Milline loetelu on õige lähtudes DNA kokkupakkimise keerukusastme suurenemisest? Nukleosoom 30 nm ,,kromatiin" tellingutel u kinnitunud DNA lingid 21. Telomeer on DNA otstes paiknevad korduvad järjestused 22. Millised komponendid või struktuurid järgnevast loetelust esinevad loomarakkudes, aga mitte bakterirakkudes? Endoplasmaatiline retiikulum 23
transkribeerimist. Tõenäoliselt toimub mingi ajutine konformatsiooniline muutus, mille tulemusel side histoonide ja DNA vahel nõrgeneb ning transkriptsioonifaktorite seondumine saab võimalikuks. Lihtsustatud mudeli järgi struktuursed valgud ja transkriptsioonifaktorid konkureerivad DNA-ga seostumise suhtes, kusjuures struktuursed valgud takistavad nendega seoses oleva DNA kättesaadavust transkriptsiooni masinavärgile. Katsed näitavad, et kui näit. geeni promootorpiirkond on nukleosoomi koostises, siis on transkriptsioon kõvasti alla surutud. Kui in vitro tingimustes lisada DNA-le histoone, et moodustuks nukleosoomne struktuur, surutakse transkriptsioon alla. Eriti tugevalt mõjub H1 lisamine. Aktiivselt transkribeeritavad geenid on nõrgalt seotud H1-ga või see puudub hoopis. 30. ChIP immunosadestamismeetod - usutav meetod kui proteiin seob spetsiifilisse genoomi piirkonda in vivo. Elurakud on töödeldud sillutamise agendiga, et formeeruda
REPLIKATSIOON – DNA polümeraasid TRANSKRIPTSIOON – RNA polümeraas: avab DNA ning sünteesib ühte ahelat kasutades komplementaarsus-printsiibi alusel RNA. Polümeraas seostub promootorpiirkonnaga ning transkriptsioon jätkub seni kuni RNA polümeraas jõuab stoppkoodonini DNA lõikude liitmine - ligaas DNA lõikamine kindla järjestuse juurest – restriktaas 5. Millisesse piirkonda seostub RNA polümeraas? - DNA-l nn promootor lookusega (promootorpiirkond) 6. Nimeta bakteriaalse transkriptsiooni eripärad võrreldes eukarüootse transkriptsiooniga Kõik bakteriaalse RNA vormid (mRNA, TRNA ja rRNA) sünteesitakse vaid ühe ensüümi – RNA polümeraasi poolt, transkriptsiooni kiiruseks on 55 nukleotiidi sekundis mRNA-d ei transpordita tsütoplasmasse, vaid tema alusel algab valgu süntees juba siis, kui transkriptsioon veel kestab – st transkriptsioon ja
kõrval 5' otsa pool, aga samuti kodeerivast osast kaugemal 5' otsa pool ja soodustada transkriptsiooni algamist (positiivne kontroll). Geeni ekspressiooni translatsioonitasemelist ekspressiooni prokarüootides illustreerib lac operoni regulatsioon E. coli's (Joon 7-3 lk398 Alberts) (Jacob-Monod mudel). Eukarüootides on mRNA monotsüstroonne ja tagab ühe valgu sünteesi. Geeni regulaator (kontroll) piirkond haarab kogu DNA osa, mis osaleb transkriptsiooni regulatsioonis, kaasa arvatud promootorpiirkond (~1000 bp) millel peamiste transkriptsiooni faktorite ja RNA polümeraasi kompleks moodustub ja regulaatorjärjestustest (cis elemendid ja võimendajad ingl enhancer), millega seostuvad regulaatorvalgud. Cis - elemendid peavad asuma DNA samal ahelal millelt toimub mRNA süntees. (Mutatsioonid promootoris või regulaatorpiirkonnas on cis-toimega, sest nad mõjutavad ainult selle geeni ekspressiooni kus mutatsioon toimus) Regulaatorelemendid, mida nim võimendajateks (ingl enhancer) (DNA
Osaleb ka DNA topoisomeraas II. DNAs on mittehistoonsete valkudega seondumiseks piirkonnad SAR(toesega seotud piirkond) ja MAR(maatriksiga seotud piirkond). 30. Milles seisneb C-väärtuse paradoks? Genoomi suurus ei määra organismi keerukustaset. 31. Kirjeldage geeni ehitust. Geen on DNA lõik, mis transkripteeritakse ühe üksusena ja kannab infot ühe valgu kohta. Geeni hulka loetakse ka intronid ja transkriptsiooni regulaatorpiirkonnad. Promootorpiirkond, kuhu seondub RNA polümeraas transkriptsiooni algatamisel ja terminaatorpiirkond mis lõpetab transkriptsiooni. 32. Mida mõeldakse eukarüoodi geenide segmenteerituse all ning mis toimub splaissingu käigus? Segmenteerituse all mõeldakse seda, et DNAs on intronid ja eksonid, eksonite geneetiline materjal jõuab valgu kujule, intronid lõigatakse RNAst splaissingu käigus välja. 33. Milliseid ülesandeid võib täita rakus RNA (mRNA-d mitte arvestades)?
Nukleosoomne struktuur on DNA-l nii vahetult enne kui ka kohe pärast mingi lõigu transkribeerimist. Lihtsustatud mudeli järgi struktuursed valgud ja transkriptsioonifaktorid konkureerivad DNA-ga seostumise suhtes, kusjuures struktuursed valgud takistavad nendega 3 seoses oleva DNA kättesaadavust transkriptsiooni masinavärgile. Kui geeni promootorpiirkond on nukleosoomi koostises, siis on transkriptsioon kõvasti alla surutud. Kui in vitro tingimustes lisada DNA-le histoone, et moodustuks nukleosoomne struktuur, surutakse transkriptsioon alla. Kromatiini struktuuri muutused rakutsüklis Kui rakk alustab mitootilist jagunemist, kondenseerub kromatiin ning individuaalsed kromosoomid muutuvad valgusmikroskoobis nähtavaks. Peale mitoosi lõppu kromatiin dekondeseerub uuesti
Ahel, mis on identse nukleotiidilise järjestusega mRNAle, nim + ahel – kodeeriv ahel. Teine on mRNA-le komplementaarne ahel 3’→ 5’ suunas. RNA-d sünteesitakse ju 3’ →5’ suunas. Sigmafaktor tagab seondumisel ühelt poolt seondumisjärjestuse spetsiifika ja kompleksi avatuse, teiselt poolt RNA polümeraasi vaheldumise. Koos sigmafaktoriga toimub promootori äratundmine, see on kiire protsess, toimub millisekunditega. Kui elongatsioon on alanud, siis toimub kiiresti. Promootorpiirkond vabaneb 1-2 sekundi jooksul. 45 Sigmafaktor tunneb ära kindla heksameeri ja määrab ära, mille pealt süntees toimub. Kahte ahelat nimetatakse + ja -. See ahel, mis on identse nukleotiidilise järjestusega kui sünteesitav mRNA on + ahel – kodeeriv ahel. – ahel on komplementaarne ahel, mille järgi sünteesitakse. See transkrptsiooni initsiatsiooniprotsess on prokarüootides küllaltki oluline. RNA polümeraasid
RNAst hübridiseerunud DNAga, enamus aga vabaneb kohe kui heeliks taastub. 3-Terminatsioon Prokarüootidel kaks ternminaator järjestust: I tüüpi - Palindroomne, inverteeritud kordus moodustab silmuse, millega vabaneb DNA-RNA hübriid. II tüüpi - Spetsiifiline valk, mis lõhub vesiniksidemed DNA-RNA hübriidi vahel. Geenil on kolm piirkonda (alati ja kõikidel geenidel). Peale selle, eukarüootidel on ühte geeni reguleerivaid piirkondi, võib olla üle genoomi erinevaid. On olemas promootorpiirkond, piirkond valgu struktuuri määramiseks, dermineeriv piirkond (kohapeal enam transkriptsiooni ei ole või see lõpetatakse ära). Esimene piirkond amfiimne, mille külge kinnitub RNA polümeraas. Iga rna tegemiseks peab olema oma tRNA. Terminatsioonis on oluline konfiguratsiooni moodustamine, mis moodustub vastavalt sellele milline on lineaarne geenistruktuur. Ühel kohal tekib kaksikahel. Sekundaarne ja tertsiaalne struktuur tuleneb eelkõige nende primaarsest ahelast
Osaleb ka DNA topoisomeraas II. DNAs on mittehistoonsete valkudega seondumiseks piirkonnad SAR(toesega seotud piirkond) ja MAR(maatriksiga seotud piirkond). 30. Milles seisneb C-väärtuse paradoks? Genoomi suurus ei määra organismi keerukustaset. 31. Kirjeldage geeni ehitust. Geen on DNA lõik, mis transkripteeritakse ühe üksusena ja kannab infot ühe valgu kohta. Geeni hulka loetakse ka intronid ja transkriptsiooni regulaatorpiirkonnad. Promootorpiirkond, kuhu seondub RNA polümeraas transkriptsiooni algatamisel ja terminaatorpiirkond mis lõpetab transkriptsiooni. 32. Mida mõeldakse eukarüoodi geenide segmenteerituse all ning mis toimub splaissingu käigus? Segmenteerituse all mõeldakse seda, et DNAs on intronid ja eksonid, eksonite geneetiline materjal jõuab valgu kujule, intronid lõigatakse RNAst splaissingu käigus välja. 33. Milliseid ülesandeid võib täita rakus RNA (mRNA-d mitte arvestades)?
annaabi.ee 
