Keskkonna poliitika probleemülesanne suur-konnakotkas
pesitsusterritooriumi, kuid neist üle poolte on asustanud suur- ja väike- konnakotkaste
poolt. Alles hiljuti oli suur-konnakotkaste arvukus kaks korda kõrgem, see on tõepärane
kuna aastatel 1991-2010 oli kokku registreerunud 26 pesitsusterritooriumi. Sellel perioodil
jäi asustamata vähemalt üheksa suur-konnakotka pesitsusterritooruimi ning kuus
territooriumi asendus väike-konnakotkaga. Mandri- Eesti erinevates piirkondades on
registreeritud suur-konnakotkaste pesitsusterritooriume. Saaremaal on kohatud liiki, kui
peamiselt on nähtud mittesuguküpseid isendeid, praeguseks puuduvad saartel pesitsus
informatsioon (Keskkonnaministeerium. 2005). Tartu ja Jõgeva maakonnas on linnu
asustustihedus liigi kohta suurim (joonis 1). Pesitsusterritooriumid asuvad enamusjaolt
Suure Emajõe ülemjooksul ja sinna suubuvate jõgede ümbruses (Väli & Lõhmus. 2000)
Joonis 1. Suur-konnakotka teadaolevate pesitsusterritooriumide arv Eesti maakondades
aastatel 1997–2005 (Väli. 2005)