Mis on mudeli parameeter ja tema hinnang? Mis tegurid võivad viimast mõjutada. (Sille) Populatsioonigeneetika uurib populatsioonide varieeruvuse muutumist ajas: selgitab, kuidas praegune varieeruvus tekkinud on, ja ennustab seda, milliseks varieeruvus tulevikus saab. Uurib erinevaid tegureid, mis varieeruvust mõjutavad (nagu loodusliku valiku toimumine, geneetiline triiv, mutatsioonid, geenisiire, Mendeli pärilikkuse seadused, paarumismustrid, populatsioonide struktureeritus). Varieeruvus kui alleeli/genotüüpide/haplotüüpide sageduse muutumine. Põhilise töövõttena luuakse mudel (kasutades teatud eelduseid ja teadmisi vastavat protsessi mõjutavate tegurite kohta) ning selle tulemusi võrreldakse reaalsete populatsioonide vaatlemisel saadud tulemustega. Kui need langevad kokku, võib öelda, et mudel vastab antud populatsioonis toimunud protsessile. Samuti saab kasutada simnulatsioone, et uurida alleelisageduste
sõltuvalt erinevatest tingimustest. Ennustatakse seda, kui palju populatsioon geneetiliselt varieeruma peaks, kuidas see aja jooksul muutub ja kuidas erinevad bioloogilised protsessid seda ajas ja ruumis mõjutavad. Minevikku vaatav populatsioonigeneetika on hilisem arendus ja seda nimetatakse eraldi ka koalesentsiteooriaks. Populatsioonigeneetika kasutab analüüsis põhilisi evolutsioonitegureid: mendeli pärilikkuse seadused, mutatsioon, paarumismustrid, geenisiire, geenitriiv, looduslik valik ja populatsioonide struktureeritus. Need jõud kasvatavad, kahandavad ja modifitseerivad geneetilist varieeruvust. Näited meetoditest: Deduktiivne meetod – üldistest printsiipidest järelduste tegemine üksikjuhtumi kohta. üldised protsessid nagu triiv, muteerumine ja looduslik valik on esindatud mudelis parameetritena. Sellised mudelid ennustavad alleelisageduste muutust või tasakaalulist sagedust.