Tooge näiteid mudelitest, mis neid kõrvalekaldeid arvesse püüavad võtta! Eeldused: 1. Mudelist tulenevad asenduse kiirused kehtivad kõigile nukleotiidipositsioonidele. Kõrvalekalded: keskmised asenduse kiirused imetajate geenides ja pseudogeenides on erinevad. Asenduse kiiruse varieerumist nukleotiidipositsiooniti võtavad arvesse GTR + I, GTR + Γ, GTR + I + Γ. 2. Nukleotiidi asendus ühes nukleotiidipositsioonis ei mõjuta nukleotiidi asendust teistes nukleotiidipositsioonides. Kõrvalekalded: kompensatoorsed asendused rRNA geenides (C G asendus). 3. Asenduse kiirus on konstantne ajas ja liinides. Kõrvalekalded: asenduste kiiruse muutumine ajas on iseloomulik valkude evolutsioonile. Covarion mudelid võimaldavad nukleotiidipositsioonidel lülituda ühelt kiirusklassilt teisele.
kattuvad põlvkonnad ja mitu sigimist elu jooksul Modifitseeritud WF mudelis saab muuta kõiki eeldusi. Sisuliselt eeldab see mudel seda, et esineb ka iseviljastumine ja sugu pole oluline. 11. Kuidas sõltub koalestsentsi efektiivne populatsiooni suurus Ne DNA järjestuste andmetest, kui on teada mutatsioonikiirus? DNA järjestuste alusel saame rekonstrueerida nii genealoogiat kui populatsiooni suurust. Meil on sekveneerimise andmed ja teame, kui mitmes nukleotiidipositsioonis kaks geenikoopiat omavahel keskmiselt erinevad. Keskmiselt elas kahe geeni ühine eellasgeen 2Ne põlvkonda tagasi. Järelikult lahutab kahte geeni 2 korda 2Ne põlvkonda ehk 4Ne põlvkonda. Kui teame 4 Ne mutatsioonide tekkesagedust ühes põlvkonnas, siis on kahe järjestuse vaheline keskmine erinevus ehk teeta . 12. Kuidas sõltub (inbriidingu) efektiivne populatsiooni suurus Ne
sarnasemad kui need kelle oma elas varem. Otsib puud, mille korral kokkulangevus vaadeldavate distantside ja puu distantside vahel oleks suurim. 7. Mida tähendavad i) paralleelne muteerumine, ii) mutatsiooniline küllastumine? Tee joonised. Kuidas need mõjutavad distantsmeetoditega fülogeneesi rekonstrueerimist? i) paralleelne muteermine positsioonilised homoloogilised nukleotiidid võivad olla identsed konversiooni tõttu. ii) mutatsiooniline küllastumine ühes ja samas nukleotiidipositsioonis on toimunud mitu asendust. Aja jooksul selline küllastumine kasvab. Mida kauem aega tagasi toimus lahknemine, seda enam erineb vaadeldud erinevuste arv - vaadeldud erinevuste arv hindab alla tegelikku evolutsioonilist muutust. Mida varem on taksonid lahknenud ja mida kiiremini antud DNA lõik evolutsioneerub, seda tõsisem on kauguste alahindamise probleem. 8. Mis on tõepära? Mis on suurima tõepära meetodil fülogeneesi rekonstrueerimise eesmärgiks? Milliseid eelteadmisi on vaja selleks
annaabi.ee 
