Geenid on pikemad, kui pärmidel (2.4 kb.). Intronid moodustavad 54% genoomist. Retroposonid puuduvad. *Aspergillus nidulans, Neurospora grassa, Tetrahymena (nukleaarne dimorfism!) ja mitmete patogeenide projektid Metazoa: *Hulkraksete organismide genoomiprojektid keskenduvad valdavalt:Arengulistele aspektidele. Haigustekke põhjuste selgitamisele. On juhitud kolmest motivatsioonist: Alusuuringud, Kommertsiaalsed huvid, Meditsiinikesksed huvid Caenorhabditis elegans: Ülitähtis mudelorganism arengubioloogias. Genoomi sekveneerimine lõpetatud 1999 a. Genoom ca 100Mb ja 20 000 geeni (1000 RNA kodeerivad). 9000 kohta eksperimentaalsed tõestused, ülejäänud ennustatud in silico. Kodeeriv osa 27%, intronid 26%. 32% kodeerivast osast sarnane inimese geenidega, 70% inimgeenidest sarnane C.elegansiomadega. Geeni keskmine pikkus 5 kb, suur osa koondunud operonidesse. Otsene HGP eelkäija (metodoloogia). Drosophila melanogaster Genoom 165 Mb (6 kromosoomi). 13601 valke kodeerivat
mudelobjektidena. Caenorhabditis elegans ehk varbuss on mullas elav väike ussike, mida kasutatakse mitmerakuliste organismide elutegevuse ja paljundamise uurimiseks. Seda ussikest väga lihtne ja odav kasvatada, see on läbipaistev, ta talub hästi külmutamist. Ta toodab nii seemne, -kui ka munarakke. Kaasajal uuritakse varbusside abil näiteks vananemist, vähki ja neuroloogilisi haigusi. Drosophila melanogaster ehk harilik äädikakärbes ehk harilik puuviljakärbes -ta on tuntud mudelorganism Thomas Morgani geneetilistest eksperimentidest. Ta on laboritingimustes lihtsasti kasvatatav, lühikese elutsükliga, mutatsioone on lihtne indutseerida ja on olemas palju lihtsalt jälgitavaid muteeruvaid tunnuseid. Mudelorganism on organism, mida kasutatakse bioloogiliste protsesside uurimisel. Mudelorganismid kasvavad kiiresti, nendega on lihtne ja odav töötada ning nad on laialdaselt kättesaadavad. Aastakümnetepikkuse uurimisega on nende kohta kogunenud
Rohevetikad on liigirikkaim vetikate rühm. Kõikjal. 1-rakulised, koloonialised, hulkraksed. Mõned viburitega liigid meenutavad teiste sugurakke. Magevetes niitjad rohevetikad (“vesijuuksed“) eelkõige puhtamas vees, meres suhteliselt reostunumas. Üks põnev rohevetikas on Acetabularia, kelle keha koosneb ühest vihmavarjusarnasest 5-10cm suurusest rakust. Kasvavad kobaratena koos Vahemere rannikul.Ladestunud lubja tõttu on valget värvi. Koloonialine kerasviburlane on kui mudelorganism, mis selgitab hulkraksete tekte ainuraksetest. Koloonia rakkude sees esineb tööjaotus. Vee õitsemine on vetikate vohamie toitainete rohkuse tüõttu. Erinefvatel aastaaegadel on erinevad liigid ja rühmad. Eriti ohtlik on fosforireostus. See põhjustab veekogu gaasireziimi halvenemist(kaovad nõudlikumad kalad jt. loomad), mudastumist, on ebameeldiv inimesele. Inimese tervist ohutavad Läänemeres mõned sinivetikate liigid. Vetikaste omapära on see, et peaaegu kõik nende rakud on
nende protsesside kontrollimisel: Rakkude jagunemine (vt eelmine küsimus) Rakkude spetsialiseerumine/diferentseerumine (vt eelmine küsimus) Rakkude interaktsioonid(ehk rakk-rakk interaktsioonid) rakkude liikumine Rakkudevahelised signaalid jaotuvad järgmiselt: otsene (jukstakriinne), lühikese vahemaaga (parakriinne) nt neurontransmitterid, pikk vahemaa (endokriinsed) nt hormoonid, insuliin 22. Geenitehnoloogia mudelorganismid Mudelorganism on organism, mida kasutatakse bioloogiliste protsesside uurimisel. Mudelorganismid kasvavad kiiresti, nendega on lihtne ja odav töötada ning nad on laialdaselt kättesaadavad. Bakterid – E.coli (soolekepike), teiste bakterite viirused (oluline replikatsiooni, transkriptsiooni, translatsiooni uurimisel. Seened – pärm, filantsed seened Kõrgemad taimed – nisu, riis, müürlook (odav, kiire areng, hea genoom) Hulkraksed loomad
22. Geenitehnoloogia mudelorganismid 1) BAKTERID: E. coli (soolekepike) ja tema+ teiste bakterite viirused (kasutatakse replikatsiooni, transkriptsiooni ja translatsiooni uurmisel, molekulaargeneetika) 2) Seened: ainuraksed: pärm(kasutatakse DNA replikatsiooni, transkriptsiooni, translatsiooni uurimisel, ka rakkude jagunemist) ; Filamentsed seened 3) KÕRGEMAD TAIMED – põllumajanduslikud taimed NISU ja RIIS(üheiduleheliste taimede mudelorganism), müürlook (kasutatakse taimede arengu uurimisel; hea kasutada, sest odav, kiire areng, väike genoom) 4) HULKRAKSED LOOMAD SELGROOTUD: varbruss (arengu-ja neurobioloogia mudelorganism, sest koosneb vähestest rakkudest, apoptoosi uurimine), äädikakärbes (embrüo areng, klassikaline geneetika- tunnuste pärandumine SELGROOGSED: Sebrakala(eelkõige oluline alusuuringutes; hea, sest selgroogne, odav,
22. Geenitehnoloogia mudelorganismid 1) BAKTERID: E. coli (soolekepike) ja tema+ teiste bakterite viirused (kasutatakse replikatsiooni, transkriptsiooni ja translatsiooni uurmisel, molekulaargeneetika) 2) Seened: ainuraksed: pärm(kasutatakse DNA replikatsiooni, transkriptsiooni, translatsiooni uurimisel, ka rakkude jagunemist) ; Filamentsed seened 3) KÕRGEMAD TAIMED põllumajanduslikud taimed NISU ja RIIS(üheiduleheliste taimede mudelorganism), müürlook (kasutatakse taimede arengu uurimisel; hea kasutada, sest odav, kiire areng, väike genoom) 4) HULKRAKSED LOOMAD SELGROOTUD: varbruss (arengu-ja neurobioloogia mudelorganism, sest koosneb vähestest rakkudest, apoptoosi uurimine), äädikakärbes (embrüo areng, klassikaline geneetika- tunnuste pärandumine SELGROOGSED: Sebrakala(eelkõige oluline alusuuringutes; hea, sest selgroogne, odav,
000 liiki). Eestis u. 1000 sambliku- ja lihhenikoolse seene liiki. Vetikad ja tsüanobakterid kui seente sümbioosi partnerid (mõisted pro- ja eukarüoodid); Prokarüoot- eeltuumne, eukar-päristuumne EELISTAB PARTNERINA VETIKAT Vetikad on lihtsad, enamasti veega seotud päristuumsed organismid tsüaanobakterid on eeltuumsed organismid, endosümbioos (näide Geosiphon pyriforme - Nostoc kui mudelorganism endosümbioosi uurimisel), seente ja tsüanobakterite sümbionte pole õnnestunud kunstlikult tekitada küll aga toimub see looduses ühe seenliigi puhul Geosiphon pyriforme Seene–tsüanobakteri ühenduse puhul paljuneb kumbki partner eraldi ja isoleeritult üksteisest: seene eosed idanevad hüüfideks, hüüfid peavad haarama jälle mõne Nostoc koloonia mullast, ühinema nendega kasvavas seenerakus, et luua uuesti sümbioosne ühendus primaarne ja sekundaarne endosümbioos,
5300 geeni. Geenid on pikemad, kui pärmidel (2.4 kb.). Intronid moodustavad 54% genoomist. Retroposonid puuduvad, Aspergillus nidulans, Neurospora grassa, Tetrahymena (nukleaarne dimorfism!) ja mitmete patogeenide projektid. Hulkraksete organismide genoomiprojektid keskenduvad valdavalt: Arengulistele aspektidele, Haigustekke põhjuste selgitamisele, On juhitud kolmest motivatsioonist: Alusuuringud, Kommertsiaalsed huvid, Meditsiinikesksed huvid. Caenorhabditis elegans genoom: Ülitähtis mudelorganism arengubioloogias. Genoomi sekveneerimine lõpetatud 1999 a, Genoom ca 100Mb ja 20 000 geeni (1000 RNA kodeerivad). 9000 kohta eksperimentaalsed tõestused, ülejäänud ennustatud in silico. Kodeeriv osa 27%, intronid 26%. 32% kodeerivast osast sarnane inimese geenidega, 70% inimgeenidest sarnane C.elegansi omadega. Geeni keskmine pikkus 5 kb, suur osa koondunud operonidesse, Otsene HGP eelkäija (metodoloogia). Drosophila
Doos-sõltuvus: vähem implanteeritud ZPA rakke või väiksem mõjutusaeg -> vähem ektoopilisi ”sõrmi ”.Wolperti morfogeen leiti 1975: ZPA jäsemepunga polariseeriva aktiivsuse eest vastutab Sonic hedgehog (Shh). Sõrmede moodustumine. Sõrmede identsus sõltub Shh kontsentratsioonist neid moodustavate mesenhüümirakkudele ja ajast kui kaua nad Shh mõju all on. ZPA enese rakud paljunevad ja moodustavad osa sõrmerakkudest. Sõrmedevaheline kude sureb. Drosophila melanogaster on mudelorganism tänapäevase bioloogias. Algselt Aafrikast pärit kosmopoliitne putukas, looduslik levikuala kõikjal maailma soojades maades. Drosophila perekond – ligi 200 erinevat liiki, kümnendiku genoom sekveneeritud.Drosophilia eelised:odav; paljuneb kiiresti ja massiliselt; parim geneetiline mudel; annoteerinud genoom; interneti infopangad; genoom väike - 4 kromosoomi, ~ 13000 geeni ; vähe funktsioonilt kattuvad geeni. Arengutsükkel – 9 päeva embrüost kärbseni.
annaabi.ee 
