Mikroobifusioloogia
putida ja P. fluorescens. Samad
bakteriliigid võivad olla nahksete lehtedega sõnajalgade jaoks patogeenid.
Samuti on keeruline kitsa endofüüdi mõiste alla paigutada liike, mis taimedel
võivad olla kommensandid, kuid inimesele ohtlikud patogeenid (nt P. aeruginosa).
Teiseks, patogeensed bakterid võivad olla latentses seisundis ning muutuda
taimpatogeenideks keskkonnatingimuste muutumisel. Kolmandaks, kõik bakterid
pole kultiveeritavad ning traditsiooniliste mikrobiootiliste meetoditega pole
võimalik taimekudedest kirjeldada kõiki baktereid. Sellest tulenevalt
defineeritakse tänapäeval endofüüdiks mikroorganismid elukoha järgi, kus nad
elavad, vaatamata funktsioonile. Seega endofüüdid on kõik mikroorganismid, mis
teatud eluetapil või terve elu elavad taimekudedes.
16.2. Endofüüdid
Endofüütseid baktereid on leitud väga erinevatest taimehõimkondadest:
lehtsammaltaimedest (Bryophyta), sõnajalgtaimedest (Pteridophyta),
annaabi.ee 
