Kivilõpe ja Tamme) Võrtsjärv on koduks paljudele loomaliikidele. Võrtsjärve loomastik on mitmekesine ning liigirohke. ZOOPLANKTON Zooplankton ehk loomne hõljum on mikroskoopilised, vabalt järves või meres ujuvad loomad Toituvad detriidiosakestest, bakteritest või teistest zooplanktoni isenditest ja vetikatest Peamiseks toiduks kalamaimudele Eristatakse ainurakset ehk protozooplanktonit ja hulkrakset ehk metazooplanktonit ZOOPLANKTON Metazooplanktoni tähtsaimad rühmad on keriloomad, vesikirbulised ja aerjalalised Protozooplankterite hulka kuuluvad ripsloomad ehk tsiliaadid, viburloomad ja juurjalgsed Võrtsjärves on kindlaks tehtud 268 metazooplanktoni taksonit: keriloomi 172, vesikirbulisi 47, aerjalgseid 14, ainurakseid ehk protiste 34 ja rändkarbi purjukvastne PÕHJALOOMASTIK Põhjaloomastik ehk zoobentos hõlmab selgrootuid loomi, kes vähemalt osa aega oma elutsüklist elavad
Vesikirbulised on zooplanktoni tähtsaim rühm. Toitudes vetikatest ja olles ise toiduks planktontoidulistele kaladele, on nad põhilised veekogu orgaanilise aine ja energia transportijad vetikatest kaladesse. Vähesel hulgal ilmusid nad Peipsi planktonisse juba mais, kuid intensiivne arend algas juunis ja saavutas enamasti maksimumi juulis-augustis. Sellest peale hakkas nende hulk vähenema ning kahanes talvise miinimumi. Keriloomad on metazooplanktoni loomadest kõige väiksemad. Kõige arvukam keriloom on Keratella cochlearis. (J. Haberman, T. Timm, A. Raukas, 2008) Arvukuselt domineerivad kogu aasta keriloomaliigid, biomassilt aga vesikirbulised ja aerjalalised. (web.zone.ee, 26.03.2012) Aerjalgsed on vähkide alamklass. Neile on iseloomulikud hästi arenenud alalõuad, millega kurnatakse veest toiduosakesi. (http://www.kalapeedia.ee, 13.03.2012) Kõige rohkem on
zooplankonit mõjutav keskkonnategur toiduks sobivate vetikate hulk. Võrtsjärve zooplankton sööb vetikaproduktsioonist 12%, millest kaladeni jõuab 3% , Peipsi zooplankton tarbib vetikaproduktsioonist 50% ning kaladeni jõuab sellest 6%. Sellest järeldub, et Võrtsjärves on vetikate poolt fotosünteesil fikseeritud päikeseenergia transformeerimine kalatoodangusse vähetõhus ning zooplankton vilets energia transformaator. Kui keriloomad, vesikirbulised ja aerjalalised on metazooplanktoni tähtsaimad rühmad, siis protozooplanktoni tähtsamad rühmad on ripsloomad, viburloomad ja juurjalgsed. Kuna suur osa vetikatest ei ole veeloomadele elusana toiduks tarvitatavad ja nende elu lõppeb nn vanadussurmaga. Surnuid vetikaid lagundavad ja lahustavad bakterid, kes on aga peamiseks toiduks protozooplankteritele. Nemad siis muudavad lahustunud orgaanilisse ainesse akumuleerunud energia taas kättesaadavaks toitumisahela järgmistele lülidele.