Vees olevate mineraal- ja biogeensete ainete kontsentratsioon sõltub valgala suurusest ja veevahetuse intensiivsusest. Temperatuurimuutused järvedel on märkimisväärsemad mais ja oktoobris (kiire soojenemine ja kiire jahtumine). Tugevam temperatuuri kihistus esineb sügavamates ja väiksemates järvedes, eriti metsajärvedes ning vähese läbipaistvusega järvedes. Vesi seguneb järvedes täielikult 2 korda aastas. Eestis on avastatud ka täielikult segunemata veega ehk meromiktseid järvi, kus sügavamates veekihtides täielikku segunemist ei toimu, näiteks Rõuge Kaussjärves ja Koosaste Linajärves. Eesti väikejärvedel tekib püsiv jääkate harilikult novembris, suurematel detsembris ning jääkate sulab aprillis. Kõige paksem on jää märtsis. Vee värvus varieerub rohekassinisest kuna punakaspruuni ja tumepruunini. Enamiku järvede vesi on kollakasroheline või rohekaskollane. Suvel on vesi rohekame tooniga, ülejäänud aastaaegadel valdavad
sügavamal. Pinnavee temperatuur on Eesti väikejärvedes juulis-augustis 1920°C, kuid võib ulatuda 27 29°C. Põhjalähedase veekihi tempertatuur sügavates kihistunud järvedes on sageli 4°C piires. Järvedes seguneb kogu vesi täielikult 2 korda aastas (aprillis-mais ja oktoobris-novembris), mil kogu veesamba temperatuur on ligikaudu 4°C. Eestis on avastatud ka täielikult segunemate veega ehk meromiktseid järvi, kus sügavamates veekihtides täielikku segunemist ei toimu. Sellised on näiteks Rõuge Kaussjärv ja Kooraste Linajärv. Püsiv jääkate tekib Eesi väikejärvedel harilikult novembris, suurematel detsembris. Jääkate sulab aprillis. Jää on kõige paksem märtsis (3050 cm, harva enam). Vee värvus varieerub rohekassinisest kuni punakaspruuni ja tumepruunini. Enamiku järvede vesi on kollakasroheline või rohekaskollane