Jäi septembris 1944 Läänemaal teadmata kadunuks. 3 Lisa info teenistuskäigule Lisaks eelpool kirjutatule jõudis Johan Pitka Vabadussõja ajal Vabariigi Merejõudude Staabi, Mereväe Tehnika ja Varustuse ameti, Sadamate Valitsuse, Lootside-, Tuletornide- ja Meremärkide Valitsuse, Veeteede-, Sadamate süvendamise ja parandamise ameti, Piirikontrolli-, Rannavalve-, Sideteenistuse ja Peaste jaamamade valitsuse, Laevasõidu ameti, Mereobservatooriumi, Peipsi laevastiku staabi Hüdrograafiaosakonna ja palju teisi osakondi, jaoskoni ja ametkondi korraldada. Selle läbi hoiti korras Vabariigi rannavalve sidevõrk, sadamad, peastejaamad, lootsid, miinidest sõiduteede puhastus, uppunud varanduste päästmine ning sõiduühendus väljamaaga ja oma saarte ning randadadega. Johan Pitkale anti mereväekapteni auaste, kuigi ta ei olnud varem ohvitser. Haridustee 1881 hakkas õppima Seliküla vallakoolis;
Laevastiku viimaseks tegevuseks Eesti Vabadussõjas oli operatsioon Krasnaja Gorka alla. Kogu selle tegevusaja kestel ei kaotanud laevastik mitte ühtegi laeva. Peale selle organiseeris Johan Pitka ka veel merejõudude staabi, mereväe tehnika- ja varustusameti, sadamate valitsuse, lootside, tuletornide ja meremärkide valitsuse, veeteede ja sadamate süvendamise ja remondi ameti, piirikontrolli, rannavalve, sideteenistuse ja päästejaamade valitsuse, laevasõiduaemeti, mereobservatooriumi, Peipsi laevastiku staabi ja veel mitmed teised mereametkonnad. Pitka teened Johan Pitka tegevuse kohta Eesti Vabadussõja päevil võib öelda ta oli kõikjal. K.A. Hindrey kirjutab Pitka kohta: "Sa kuulsid vaid, et ta oli olnud siin tehases ja siis jälle seal vabrikus, ähvardanud sõjakohtuga, korraldanud, käskinud, paisanud palavikulise töö sekka ülesandeid ja jälle läinud, jälle kihutanud mujale." Hinnates tema teeneid Eesti Vabadussõjas, ülendati Johan Pitka 1919