Reformatsiooni algus Liivimaal
kirikus, teemaks Jumala armust usu läbi õigeksmõistmine. Riia raad asus Knopkenit igati
toetama, kuid Riia toomkapiitel vaatas tema tegevust ja kasvavat populaarsust hirmuga. 1522.
aasta sügisel määrati ta magistraadi poolt Peetri kiriku evangeeliumiumiõpetajaks.1524. aastal
ilmusid trükist Wittenbergis Knopkenilt usuteesid ja evangeelne kommentaarium Pauluse
Rooma kirjast, millele kirjutas eessõna Melanchthon. Knopken polnud oma õpetuses
sajaprotsendiline evangeelne võitlev luteriaan, pigem katoliku kiriku suhtes diplomaatilisema
Melanchthoni õpilane (Arbusow 1921:249). 1529. aastal koostas Knopken koos Johannes
Briesmanniga Riia linna kirikukorralduse, mis 1533. aastal võeti üle ka Tallinna ja Tartu rae
poolt. Knopken tegutses aktiivselt ka evangeelse koolikorralduse sisseseadmise juures, mida
võib ka pidada Melanchthoni mõjuks, kelle juhtidee oli, et kiriku reformimine ja
koolisüsteemi uuendamine käivad kokku, "religioon ja haridus kuuluvad kokku, toetavad ja
annaabi.ee 
