Kirikute ja kloostrite teke ning tegevus keskaegses Eestis
kuni lõpetasid oma tegevuse nimetatud sõja käigus. Kõige kauem (1629. aastani) tegutses
täielikult vasallide tütarde varjupaigaks ja kasvatusasustuseks reorganiseeritud Miikaeli
nunnaklooster Tallinnas.
Eesti suurim ja vanim kloostrikeskus oli Kärkna (Falkenau), mis paiknes Emajõe lähistel
Amme jõe ääres. Kloostri rajas Tartu piiskop Hermann, seetõttu oli klooster üsnagi tihedalt
seotud piiskop ja tema vasallidega.
Pea sada aastat hiljem kui Kärknat asuti rajama tsisterlaste linnuskloostrit Padisel (Padis).
1305. aastal saadi Taani kuningalt Erik Menvedilt ehitusluba, et rajada klausuur (kinnine
sisehoovi ja nelja tiivaga kloostrihoone, kus elatakse oma reeglite järgi ja kuhu ei lasta
võõraid), mille järel saadi hakata varuma kohapealset kristalliteralist paasi. Ehitus kestis
vaheaegadega üle kahesaja aasta, kusjuures põhihooned pühitseti 1448. aastal. Nii nagu
mitme teisedki kloostrid, sekulariseeris Liivi ordu ka Padise kloostri Liivi sõja algul 1559.
annaabi.ee 
