1990. aastal asutati Lennuamet ja Nõo keskoolis alustati lendurite koolitusega. 1991. aastal moodustati Aerofloti Eesti filiaalist RAS Estonian Air. 1992. aastal sai Eesti Rahvusvahelise Tsiviillennunduse Organisatsiooni (ICAO) 166-ndaks liikmeks 1993. aastal jõustus esimene taasiseseisvumisjärgne lennundusseadus. Sama aasta 13. aprillil asutati Tartu Lennukolledz 1994. aastal kehtestati Eesti õhuruumis ICAO standarditele vastavad lennureeglid. 1995. aastal sai Eesti Euroopa Tsiviillennunduse konverentsi (ECAC) 33-ndaks liikmeks ja Estonian Air sai esimese Boeingu milleks oli 737-500. 1999. aastal jõustus uus lennundusseadus. Samal aastal sai Eesti Euroopa Ühinenud Lennuametite (JAA) kandidaatliikmeks. 1999. aastal renoveeriti ka Tallinna Lennujaama reisijate terminal. Oktoobris andis Tartu Lennukolledz välja uue Eesti Vabariigi esimesed kopteripiloodi tunnistused. 2001. aasta septembris tähistas Tallinna Lennujaam oma 65
Organisatsioon (ICAO). Organisatsiooni eesmärgiks seati rahvusvahelise koostöö parandamine ning lennundusreeglite ühlustamine liikmesriikides. Seda lepet tuntakse ka kui Chicago Konventsioon (Chicago Convention). Nüüdseks on juba praktiliselt kõik maailma riigid astunud selle organisatsiooni liikmeks ning kuuluvad ICAO liikmete hulka. Liikmesriikides muutuvad automaatselt seaduseks kõik reeglid, mis kehtestatakse ICAO poolt.Chicago Konventsiooni lisades kehtestatakse üldised lennureeglid ning üldiselt ka kogu siseriiklik ning rahvusvaheline lenundusalane seadusandlus ehitatakse üles ICAO standartite lisadena 12. ICAO olemus ja tegevusala. Ehk Rahvusvaheline Tsiviillennunduse Organisatsioon. Arvestades, et rahvusvahelise tsiviillennunduse edasine areng võib tõhusalt kaasa aidata sõprussidemete ning vastastikuse mõistmise loomisele ja säilitamisele maailma riikide ja rahvaste vahel, selle väärkasutus aga
lennutrasse ja abiteenistusi käsitlevate eeskirjade, normide, protseduuride ja korralduste suurim võimalik ühtsus kõikides küsimustes, mis aitaksid hõlbustada ja arendada ühtset lennuliiklust. Sel eesmärgil kehtestab Rahvusvaheline Tsiviillennundusorganisatsioon rahvusvahelised normid, soovitatava praktika ja protseduurid järgmiste küsimuste kohta: a) sidesüsteemid ja aeronavigatsioonivahendid, sealhulgas maamärgid; b) lennujaamade ja maandumisalade omadused; c) lennureeglid ja lennuliikluse juhtimine; d) lennutegevuse ja tehnilise personali litsentseerimine; e) õhusõiduki lennukõlblikkus; f) õhusõiduki registreerimine ja identifitseerimine; g) meteoroloogilise informatsiooni kogumine ja vahetamine; h) lennupäevikud; i) lennukaardid ja -skeemid; j) tolli- ja immigratsiooniprotseduurid; k) hättasattunud õhusõiduk ja õnnetuse uurimine; l) samuti muud lennuliikluse ohutuse, regulaarsuse ja tõhususe küsimused, mille käsitlemine võib osutuda vajalikuks.