1/(2N), siis asenduskiirus on võrdne mutatsioonikiirusega: r(0,N) = μ ehk sõltub mutatsioonikiirusest. Valiku all olevate alleelide puhul: Igas põlvkonnas tekib 2Nμ uut alleeli ja fikseerumise tõenäosus on u(s,N) ning asenduskiirus on r(s,N) = 2Nμu(s,N) Neutraalsete alleelide asenduskiirus on võrdne mutatsiooni-kiirusega, valiku all olevate alleelide puhul sõltub ka selektsioonikoefitsiendist. 21. Mis on koodonikasutuse kallutatus? Kas see suurendab või vähendab neutraalsete positsioonide arvu? Miks? Mõnda koodonit kasutatakse mõnedel liikidel oluliselt rohkem kui teisi. Nii ongi koodonikasutus erinevatel liikidel erinev. Koodonikasutuse kallutatus vähendab tõeliselt neutraalsete saitide arvu. 22. Selgitage selective sweep’i nähtust. Mis on osaline sweep? Kas selective sweep suurendab või vähendab heterosügootsust valiku all oleva lookuse läheduses? Mis tüüpi valikuga on tegu?
Suuremas populatsioonis aga hakkab nende käekäiku mõjutama valik. 10. Kolmel geenil on järgmised sünonüümsete (dS) ja mittesünonüümsete (dN) asenduste suhted - dN/dS= a)0.2; b) 1; c) 10. Mida võib sellest nende geenide evolutsiooni kohta järeldada? a. Puhastav valik (ilmselt suurema funktsionaalse piiranguga geen). b. Kas negatiivse (puhastava) valiku lõdvenemine või positiivne valik. c. Positiivne valik. 11. Kas sünonüümsed asendused on päris neutraalsed? Kirjelda koodonikasutuse kallutatuse valiku-mutatsioon-triivi (Selection-mutation-drift) hüpoteesi. tRNAde kättesaadavus on olulisem intensiivselt transleeritavate valkude jaoks. Nende geenides on koodonikasutuse kallutatus (codon bias) suurem ja sünonüümseid asendusi vähem. Selection-mutation-drift hüpotees: erinevused kõrgelt (valik) ja madalalt (mut./triiv) ekspresseeritud geenides. Kõrgelt ekspresseeritud geenides toimib puhastav valik vastavalt tRNA-de hulgale rakus
● peaaegu neutraalsete alleelide asenduskiirus peaaegu μ ● tugevalt kasulike alleelide asenduskiirus r(s,N) = 4Nμs ● tugevalt kahjulike alleelide asenduskiirus põhimõtteliselt 0 Asenduskiiruseid on kaks: sünonüümne (ei muuda valgu järjestuses aminohapet) ja mittesünonüümne (muudavad valgu järjestuses aminohapet). 21. Mis on koodonikasutuse kallutatus? Kas see suurendab või vähendab neutraalsete positsioonide arvu? Miks? Agnes Mutatsiooniline surve, kui mõne nukleotiidi muteerumine mõneks teiseks on tõenäosem kui teised mutatsioonid (nt metüleeritud CG>TG). Koodonkasutuse kallutatus vähendab tõeliselt neutraalsete positsioonide arvu. 22. Selgitage selective sweep’i nähtust. Mis on osaline sweep? Kas selective sweep suurendab või vähendab heterosügootsust valiku all oleva lookuse läheduses
Madalaim 23 %-line GC-sisaldus on teoreetiliselt minimaalne väärtus, mis veel võimaldab kodeerida normaalse aminohappesisaldusega valke. Koodoni 3. positsioonis kasutavad mükoplasmad enamasti A-d või U-d. Mycoplasma ja Spiroplasma liigid kasutavad universaalset stop- koodonit UGA trüptofaani koodonina nagu mitokondrid. Acholeplasma's on UGA stop- koodoniks, trüptofaani kodeerib UGG nagu tavaliselt. Selle erineva koodonikasutuse tõttu ei saa mükoplasmadest kloneeritud geene ekspresseerida E. coli's. E. coli ei lülita UGA kohal valku Trp, vaid termineerib ahela sünteesi. Tekivad mittetäielikud valgud. Füsioloogia Mükoplasmad jagatakse fermentatiivseteks ja mittefermentatiivseteks. Mittefermentatiivsetel mükoplasmadel puudub heksokinaas, fosfofruktokinaas ja aldolaas ja EMP (Embden- Meyerhofi) rada neil ei funksioneeri. Küll aga saavad nad kasutada rasvhappeid ja alkohole ja neid aeroobselt lagundada
annaabi.ee 
