Bach töötas ühe aasta Mühlhausenis Blasiuse kiriku organistina. Kahjuks polnud sealsed tingimused kuigivõrd head. Kiriku orel oli vana ja vajas remonti, linnas valitsenud pietism taunis kunstmuusikat, 1707. aastal puhkenud tulekahju, milles hävines osa linnast, laostas Mühlhausenit majanduslikult. Kõik see sundis Bachi juba järgmisel aastal töölt lahkuma. Weimaris sai Bach sealse hertsog Wilhelm Ernsti õukonna lossikiriku organistiks Lisaks sellele mängis ta kammeransamblis klavessiini, viiulit ja vioolat .Weimaris olles kandideeris ta ka Halle Liebfraukirche organistiks, kuid loobus sellest, kuna palgaküsimuses ei jõutud kokkuleppele. Hertsogis põhjustas Bachi lahkumissoov kartust ning selleks, et viimane kindlasti Weimarisse jääks, lõi hertsog spetsiaalselt Bachi jaoks kontsertmeistri ameti. Aastal 1717 läks Bach Köthenisse , kus temast sai vürst Leopoldi õukonna kapellmeister ja kammermuusikadirektor
Kahjuks polnud sealsed tingimused kuigivõrd head. 1707. aastal puhkenud tulekahju, milles hävines osa linnast, laostas Mühlhauseni majanduslikult. Kõik see sundis Bachi juba järgmisel aastal töölt lahkuma. Mühlhausenis elades abiellus J.S.Bach Maria Barbara Bachiga. Weimar (17081717) Weimaris sai Bach sealse hertsog Wilhelm Ernsti õukonna lossikiriku organistiks. Lisaks sellele mängis ta kammeransamblis klavessiini, viiulit ja vioolat. Kui Bach 1717. aastal lahkumisavalduse andis, pandi ta ligi kuuks ajaks arestikambrisse, sest hertsog oli keelanud ansambliliikmetel mängida Ernst Augusti heaks, viimane keelas aga muusikutel õukonnast lahkuda, ähvardades neid karistusega. Weimari perioodil sündisid Bachi kaks vanemat heliloojatest poega Wilhelm Friedemann Bach (1710) ja Carl Philipp Emanuel Bach (1714). Sel perioodil puutus Bach kokku Antonio Vivaldi loominguga, mis mõjutas tema
muusikaga mitteseotud ülesandeid. Igatahes lahkus Bach Weimarist juba aasta pärast sinna saabumist. 1705. aastal tegi ta õppereisi Lübeckisse, et kuulata Dietrich Buxtehude orelimängu. Dietrich Buxtehude looming oli paljuski mõjutanud Johann Sebastian Bachi varajast loomingut. Bach viibis Lübeckis lubatud nelja nädala asemel neli kuud. 1708. aastal läks Bach Weimarisse ning sai sealse hertsog Wilhelm Ernsti õukonna lossikiriku organistiks. Lisaks sellele mängis ta kammeransamblis klavessiini, viiulit ja vioolat. Weimaris olles kandideeris ta ka Halle Liebfraukirche organistiks, kuid loobus sellest, kuna palgaküsimuses ei jõutud kokkuleppele. Hertsogis põhjustas Bachi lahkumissoov kartust ning selleks, et viimane kindlasti Weimarisse jääks, lõi hertsog spetsiaalselt Bachi jaoks kontsertmeistri ameti. Tänu sellele tõusis Bachi töötasu, kuid see-eest pidi ta iga kuu komponeerima ja kapellile selgeks õpetama ühe kirikukantaadi.