Euroopa ja loodusgeograafia
Suured ohud on seotud
naftatranspordiga ja võimaliku nafta- ning õlireostusega. Merre sattunud nafta püütakse küll
kiiresti koristada, kuid tahes-tahtmata avaldab seegi mõju veekogu seisundile ja
veeorganismidele. Suurenenud reisiliiklus häirib veeloomi ja -linde, merre satub prahti ja
mitmesugust reostust. Lisaks sellele on oht, et laevade ballastveega tuuakse siia võõrliike
maailma teistest piirkondadest.
Märkimisväärset mõju avaldab ökosüsteemile kalastustegevus. Mõnede liikide varud on
seetõttu tugevasti vähenenud kas üle- või röövpüügi tõttu. Mõned kalastusviisid, nt traalimine,
võivad kahjustada või hävitada mereasukate elupaiku või püütakse koos soovitud liikidega
välja ka mittevajalikud liigid.
Läänemere ökosüsteemile avaldavad üha suuremat toimet ka veealuste kaablite ja
torujuhtmete paigaldamine (näiteks piki merepõhja kulgevad Nord Streami gaasijuhtmed),
merepõhja süvendamine, kaevandamine, avameretuulepargid jms.