Replikatsiooni protsess Originid Selleks, et rakk saaks jaguneda, peab ta kõigepealt enda DNAd replitseerima.[4] Seda protsessi alustatakse kindlatelt DNA lõikudelt, mida nimetatakse originideks. Originid sisaldavad DNA järjestusi, mille tunnevad ära replikatsiooni algatavad valgud (näiteks dnaA soolekepikesel ning ORC (Origin Recognition Complex) pärmis). Need valgud seondavad omakorda erinevaid valke (nt helikaasi), et eraldada kahte DNA ahelat ning moodustada replikatsioonikahvleid. Initsiaatorvalkude algatusel keeratakse DNA ahelad lahti ning moodustub n-ö replikatsiooni-mull (DNAd sünteesitakse bidirektsionaalselt ehk mõlemas suunas). Originid on tavaliselt A-T rikkad (sisaldavad palju adeniini- tümiini aluspaare) ja aitavad sellega lahtikeerdumisele kaasa, sest A-T aluspaaridel on kaks vesiniksidet(mitte kolm, nagu C-G paaridel). Seega on A-T sidemeid lihtsam lõhkuda, sest väikesema arvu vesiniksidemete lõhkumise jaoks kulub vähem energiat
-limiteeritud spetsiifiliste initsiatsiooni regioonide-ori regioonide olemasoluga. -on vajalik DNA ahelate lokaalne lahtikeerdumine ning praimeri süntees. -praimerit on vaja selleks et sünteesitaval polünukleotiidahelal oleks vaba 3'OH ots kuhu DNS polümeraas saab liita nukleotiide.Praimeriks võib olla kas DNA või RNA.Praimeri sünteesib kas RNA polümeraas või primaas, DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni toimel või spetsiifiliste initsiaatorvalkude seondumise tulemusena.Kuna DNA dupleksi avamine on kergem A-T rikastes regioonides on ori regioonid alati A-T rikkad. 51)Erinevate DNA polümeraaside funktsioonid bakterites.Mis mehhanismidega on tagatud DNA replikatsiooni täpsus? Bakteril E.Coli on leitud 5 DNA polümeraasi(I,II,III,IV,V) I ja II osalevad DNA vigade parandusel III on põhiline DNA replikatsiooni ensüüm IV ja V on seotud viaderohke DNA sünteesiga olukorras kus DNA polümeraasi III poolt läbiviidav
lõikudest. Kinnitust leidis semikonservatiivne mudel. 50. DNA replikatsiooni initsiatsiooni mehhanism. DNA repl algab ori järjestuselt, kus toimub DNA ahelate lahtikeerdumine ja praimeri süntees. Praimer (võib olla nii DNA kui RNA) on vajalik selleks, et DNA polümeraasil oleks vaba 3' ots, kuhu nukleotiide liitma hakata. DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni teoimel või spetsiifiliste initsiaatorvalkude toimel. Kuna AT vahel on üks vesinikside, on neid piirkondi lihtsam avada ning ori-regioonid on alati AT-rikkad. 51. Erinevate DNA polümeraaside funktsioonid bakterites. Mis mehhanismidega on tagatud DNA replikatsiooni täpsus? Bakteris on põhiliseks DNA replikatsiooni läbiviivaks valguks DNA polümeraas Pol III (replikatiivne DNA polümeraas). See koosneb erinevatest subühikutest (= multiensüümkompleks). Multienskompl on V-kujuline, sisaldab kahte apoensüümi.
molekul. Selleks, et rakk saaks jaguneda, peab ta kõigepealt enda DNAd replitseerima. Seda protsessi alustatakse kindlatelt DNA lõikudelt, mida nimetatakse originideks. Originid sisaldavad DNA järjestusi, mille tunnevad ära replikatsiooni algatavad valgud. Need valgud seondavad omakorda erinevaid valke (nt helikaasi), et eraldada kahte DNA ahelat ning moodustada replikatsioonikahvleid. Initsiaatorvalkude algatusel keeratakse DNA ahelad lahti ning moodustub n-ö replikatsiooni-mull (DNAd sünteesitakse bidirektsionaalselt ehk mõlemas suunas). Originid on tavaliselt A-T rikkad (sisaldavad palju adeniini-tümiini aluspaare) ja aitavad sellega lahtikeerdumisele kaasa, sest A-T aluspaaridel on kaks vesiniksidet (mitte kolm, nagu C-G paaridel). Seega on A-T sidemeid lihtsam lõhkuda, sest väiksema arvu vesiniksidemete lõhkumise jaoks kulub vähem energiat
lõikudest 50. DNA replikatsiooni initsiatsiooni mehhanism. · DNA replikatsioon algab ori (origin of replication) järjestustelt, kus toimub DNA ahelate lahtikeerdumine ja praimeri süntees (praimer on vajalik, et polünukleotiidahelal oleks vaba 3'-OH ots). Ori järjestus on alati A-T rikas. Bakterikromosoomil on ainult üks alguspunkt oriC. DNA dupleksi avamine toimub kas transkriptsiooni toimel või spets. initsiaatorvalkude seondumisel. 51. Erinevate DNA polümeraaside funktsioonid bakterites. Mis mehhanismidega on tagatud DNA replikatsiooni täpsus? · E. coli rakust on eraldatud 5 DNA polümeraasi: I ja II osalevad DNA reparatsioonil III on peamine DNA replikatsiooni ensüüm. IV ja V sünteesivad vigaderohket DNAd olukorras, kus DNA Pol III poolt läbiviidav replikatsioon on blokeerunud algse DNA kahjustuse pärast. IV ja V puudub vigu
olemasoluga. Nimetus ori tuleneb inglisekeelsest terminist "origin of replication". Replikatsiooni initsiatsiooniks on vajalik DNA ahelate lokaalne lahtikeerdumine ning praimeri süntees. Erinevate DNA molekulide replikatsiooni puhul võib praimeriks olla kas DNA või RNA, samuti valguga seondunud nukleotiid. Praimeri sünteesib kas RNA polümeraas või primaas (ingl. k. primase). DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni toimel või spetsiifiliste initsiaatorvalkude seondumise tulemusena (DnaA oriC puhul, O oril puhul). Kuna DNA dupleksi avamine on lihtsam A- T rikastest regioonidest, on ori regioonid alati A-T rikkad. DNA ahelate lahtisulamise tulemusena ilmneb struktuur, mida nimetatakse replikatsiooni mulliks ehk silmaks (lokaalne denaturatsiooni ala). E.Coli'l alguspunktiks oriC (13mer, 13bp jarjestus on 3-s tandeemses korduses ja 9-mer 4-s korduses replikatsioonivalkudega seondumiseks). Eukarüootidel algus on ARS (50 bp A:T rikast 11bp järjestust)
Ribosoomist sõltuv GTPaas ja ATPaas. eIF2 A, B, C – homoloogne prokarüoodi IF-2-ga. Koosneb mitmest subühikust. Olulisim A subühik – GTP sait, põhiline regulatsiooni märklaud, fosforüleeritav. B ja C osalevad nukleotiidi vahetusel. Ribosoom seob eIF2A, eIF1, eIF3. Eukarüootides initsiatsiooni tRNA: met-tRNA, mis seostub 40S subühikuga. 60S seostub peale AUG-i. mRNA skaneerimine – põhiline initsiatsioon. Paljude initsiaatorvalkude mRNA-l on initsiaatorpiirkond kaugel 5’ otsast. Siin ei toimu skaneerimine vaid sisemine initsatsioon. Oluline on mRNA ruumiline struktuur, mis määrab ära 40 subühiku seondumise saidi. üks universaalne terminatsioonifaktor: eRF – põhjustab terminatsioonikoodonist sõltuvat valgusünteesi terminatsiooni. Paljudel eukarüootsetel mRNA-del on AUG koodon cap’ist kaugel (kuni 1000 nukleotiidi). Need mRNA-d sisaldavad 5’ mittekodeerivas osas tugevaid RNA
nukleotiide (vt. fosfodiestersidemete moodustumine DNA ahelas!). Erinevate DNA molekulide replikatsiooni puhul võib praimeriks olla kas DNA või RNA, samuti valguga seondunud nukleotiid. Praimeri sünteesib kas RNA polümeraas või primaas (ingl. k. primase). DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni toimel (faagid T4, T7, mõned ColE1 replikoni sisaldavad plasmiidid E. coli´s) või spetsiifiliste initsiaatorvalkude seondumise tulemusena (DnaA oriC puhul, O ori puhul). Kuna DNA dupleksi avamine on lihtsam A-T rikastest regioonidest, on ori regioonid alati A-T rikkad. Bakterikromosoomi replikatsioon toimub rakutsükli teatud etapil. DNA replikatsiooni alguspunkt bakteritel oriC on 245 aluspaari pikkune ning eubakterites tugevalt konserveerunud. Funktsionaalne oriC sisaldab kindlaid DNA järjestusi, mis esinevad kordustes: 1) DnaA boksid initsiaatorvalgu DnaA seondumiseks (4 koopiat)
nukleotiide (vt. fosfodiestersidemete moodustumine DNA ahelas!). Erinevate DNA molekulide replikatsiooni puhul võib praimeriks olla kas DNA või RNA, samuti valguga seondunud nukleotiid. Praimeri sünteesib kas RNA polümeraas või primaas (ingl. k. primase). DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni toimel (faagid T4, T7, mõned ColE1 replikoni sisaldavad plasmiidid E. coli´s) või spetsiifiliste initsiaatorvalkude seondumise tulemusena (DnaA oriC puhul, O ori puhul). Kuna DNA dupleksi avamine on lihtsam A-T rikastest regioonidest, on ori regioonid alati A-T rikkad. Bakterikromosoomi replikatsioon toimub rakutsükli teatud etapil. DNA replikatsiooni alguspunkt bakteritel oriC on 245 aluspaari pikkune ning eubakterites tugevalt konserveerunud. Funktsionaalne oriC sisaldab kindlaid DNA järjestusi, mis esinevad kordustes: 1) DnaA boksid initsiaatorvalgu DnaA seondumiseks (4 koopiat)
annaabi.ee 
