Keskkonnakaitse
jääb aga Natura-alasse, on võimalik tulevikus saada toetusi EL-st
loodusväärtuste säilimiseks vajaminevate hooldustööde tegemiseks või ka
kompensatsioone millegi tegemata jätmise eest.
Eesti on taotlenud erandit EL-s kaitse all oleva hundi, karu, kopra ja ilvese
kohtlemisel. Vastavalt läbirääkimistel saavutatule ei pea Eesti karu, ilvese,
hundi ja kopra kaitseks loodushoiualasid määrama, samuti võib endiselt
jätkata hundi ja kopra küttimist. Läbirääkimised karu- ja ilvesejahi osas
jätkuvad.
Vastavalt Eesti Natura 2000 programmile valmisid Natura-alade nimekiri,
andmebaas ja kaardid EL-ga liitumise hetkeks. 2000-2004 on toimunud
kõikide andmete (sh. mitmesugused välitööandmed) koondamisel koostatud
andmebaaside põhjal Natura-alade valik.
Eesti Natura-alade nimekiri on kinnitatud Vabariigi Valitsuse poolt ja
saadetud koos andmebaasi ja kaartidega Euroopa Komisjonile.
2004.a.-st jätkub töö Natura-alade kaitse korraldamisel, tagamaks nende
annaabi.ee 
