Neil on L-konfiguratsioon. Proteiinogeensete aminohapete derivaadid tekivad valgumolekulis juba olevate põhiaminohapete ensümaatilisel modifitseerimisel. (nt. Pro baasil tekib Hyp, Lys baasil Hyl.) Derivaate teke loob aluse valgu mingi spetsfunktsiooni täitmiseks. - Aproteingeensed ei kuulu valkude koostisee. Need on rakus vabalt või mittevalgulistes ühendites. Ornitiin, tsitrulliin, beeta-alaniin, tauriin, homoseriin, betaiin. 2.2 - Asendatavad inimkehas sünteesivad - Asendamatud inimkeha ei sünteesi neid ise ja peab nende vajamineva koguse saama toiduga ( Val, Ile, Leu, Thr, Trp, Lys, Met, Phe, His). Asendamatuid AH-d vastavates hulkades ja sobivates vahekordades sisaldavad näiteks muna, piim, juust ja liha. Taimsed valgud (kaunviljad, pähklid, seemned) on sellised, kus puuduvad osad asendamatuid AH-d. Segatoidus
'
Vabaenergia muudu võrrand: G= G° +RTln([C][D]/[A][B]). Tasakaaluolekus [C][D]/[A][B]=Keq ning G=0, seega
'
G° =-RTlnKeq
III AMINOHAPPED. PEPTIIDID
1. Aminohapped: vaadata struktuur ja nimetused ning grupeering. Ebatüüpilisi aminohappeid: hüdroksülüsiin,
hüdroksüproliin, püroglutamaat, homoseriin, epinefriin jvpt.
2. Aminohapetel dissotseerub nii alfa-karboksüülrühm (pKa1~2) ja alfa-aminorühm (pKa2~9), mõnede aminohapetel võivad
ka kõrvalahel sisaldada dissotseeruvaid rühmi (pKaR).
pI valgu isoelektriline punkt, mis iseloomustab tema elektrilisi omadusi. pI on selline keskkonna pH väärtus, mille juures
valgu molekuli summarne laeng võrdub 0-ga . Kui pH=pI: laeng ,,0" ei liigu elektriväljas; kui pH
Hulgatunnetuse Signaalmolek Retseptor Eritunnusjooned tüüp ul G(-) nagu Rakusisene LuxR-i Bulkholderia, Vibrio, N-atsüül- Autoinduktor 1, homoloogid, Pseudomonas; homoseriin- LuxR/I rühm transkriptsiooni võivad mõjutada laktoon aktivaator inimese geeniekspressiooni Laialt levinud G(-) ja Kahekomponendil G(+) bakterid; võib
Tsüklilised aminohapped(PRo, Phe, Tyr, Trp,His) Asendamatud ja asendatavad aminohapped Asendamatud aminohapped: Inimese organism ise ei sünteesi,peame saama toiduga. (Val,Leu,Ile,Phe(Phe+Tyr), Thr, Cys, (Met+Cys), Met, Trp, Lys, His) Asendatavad aminohapped: -Organism sünteesib ise AH ja teiste ühendite baasil Aproteinogeensed aminohapped. - Esinevad rakus vabalt või mittevalguliste ühendite koostises nt:Ornitiin, beta-alaniin, tauriin, gamma-aminobutüraat, homoseriin, homotsüsteriin, betaiin, tsitrulliin. Aminohapete füüsikalised ja keemilised omadused. Isoelektriline punkt (üldsõnaliselt). Keemilised omadused on määratud eelkõige radikaalidega. AH funktsionnalsed rühmas võivad liita või loovutada H iooni ja omandada seega laengu; Ühe AH COOH ja teise AH NH2 rühma reageerimisel tekib peptiidside: O H C + NR RC N R + H2O
BIOKEEMIA test I Ebatüüpilisi aminohappeid leidub teatud valkudes. Hüdroksülüsiin ja hüdroksüproliin on kollageenis, karboksüglutamaat verehüübimisvalkudes, püroglutamaat bakteriorodosiinis, fosforüleeritud aminohappeid leidub signaaliülekandes. Aprotogeenseid aminohappeid ei leidu valkudes, näiteks histamiin, epinefriin, homoseriin jne. 2. Aminohapete dissotsiatsioon millised ioonsed vormid esinevad? pKa1, pKa2 ja pKa3 (pKaR) mõiste, ligikaudsed väärtused. Aminohappe pI ja kuidas ta avaldub. Keskkonna pH väärtust, mille juures bipolaarsete ioonide kontsentratsioon on maksimaalne (molekuli summaarne laeng võrdub 0), nim aminohappe isoelektriliseks punktiks (pI). Konkreetse aminohappe pI väärtuse määravad ära molekulis sisalduvate dissotsieeruvate
CAP). Globaalse regulatsiooni kirjeldamiseks on võetud kasutusele veel mõiste stimulon. Stimuloni kuuluvad geenid, operonid, regulonid ja modulonid, mille tööd mõjutab üks ja sama keskkonnastiimul. Suur osa neist stiimulitest on tunnetatavad rakusiseselt. Samasse stimuloni kuuluvate regulatoorsete üksuste tööd kontrollivad erinevad regulaatorid. Stiimulite mõjul võidakse sünteesida väikeseid signaalmolekule nagu näiteks cAMP, ppGpp või homoseriin laktoon, mis mõjutavad transkriptsiooni kas otseselt või interakteerudes transkriptsioonifaktoritega. Globaalse regulatoorse võrgustiku uurimine eeldab erinevate meetodite kombineeritud rakendamist: 1. Genoomi järjestuse analüüs võimaldab identifitseerida potentsiaalseid promootoreid ja motiive, mis on konserveerunud sama regulaatori poolt kontrollitavate geenide ees. Regulaatori seondumisala suurem kokkulangevus konsensusjärjestusega esineb geenide puhul, mille
Paljusid raku toitumisega seotud stiimuleid tunnetatakse samuti kaudselt, nende mõju kaudu raku metabolismile. Näiteks ammooniumi olemasolu tunnetatakse glutamiini ja -ketoglutaraadi rakusisese kontsentratsiooni kaudu. Enamuse kataboolsete radade puhul kontrollib substraadi või selle laguprodukti olemasolu rakus seda, kas vastava raja geenid avalduvad või mitte. Stiimulite mõjul võidakse sünteesida väikeseid signaalmolekule nagu näiteks cAMP, ppGpp või homoseriin laktoon, mis mõjutavad transkriptsiooni kas otseselt või interakteerudes transkriptsioonifaktoritega. Signaalne transduktsioon Lisaks rakusiseselt tunnetatavatele stiimulitele on neid, mida tunnetatakse rakupinnal. Sel juhul on tegemist väliskeskkonna otsese tunnetamisega spetsiifiliste transmembraansete retseptorite abil, mis kannavad signaali rakku. Vastavat protsessi nimetatakse signaalseks transduktsiooniks. Tavaliselt toimub signaali ülekandumine kahekomponendilise süsteemi abil
annaabi.ee 
