Populatsioonigeneetika 2014
Nüüdseks on väga populaarne ADMIXTURE, sest see on kiire. Konstrueerib uurija poolt defineeritud arvu
hüpoteetilisi algpopulatsioone (k) ja hindab igale uuringusse kaasatud proovile tõenäosuse, millega ta pärineb
igast ühest neist hüpoteetilistest algpopulatsioonidest. Visualiseerimine toimub tulpdiagrammina, iga indiviidi
kohta üks tulp. Tavaliselt sooritatakse analüüs läbi paljude k väärtustega, et jälgida struktuuri muutumist läbi
erinevate k väärtuste. Selle struktuuri hierarhilisuses sisaldub ka fülogeneetiline info, kuid kahjuks mitte ainult.
Mida me näeme, on siiski lihtsalt erinevuste struktuur erinevatel resolutsiooni astmetel.
7. Kirjelda Patterson’i D (või ABBA – BABA) testi. (Ahto)
Kasutame välisgrupi genoomi, et määrata eelasseisund igas genoomi positsioonis. Seejärel loeme kokku
mitmes positsioonis jagab testgenoom sama nukleotiidi populatsiooniga A või B. Saame teada kummaga on
testpopulatsioon sarnasem.
Näide:
annaabi.ee 
