3)Mikrosatelliit DNA 1)Satelliit DNA: koosneb väga pikkadest tandeemsetest DNA korduvjärjestustest, mis võivad olla lihtsad ja keskmiselt keerulised.*Moodustab peamise osa heterokromatiinist ning paikneb peamiselt peritsentromeerselt. Esineb kolme tüüpi I, II, III, mida saab eraldada tiheduses gradient tsentrifuugimisega. Tüübid jaotatakse omakorda alamklassideks. *Eraldi klass alpha satelliit DNA (alphoid DNA). Koosneb 171 bp tandeemsest kordusest tsentromeerses heterokromatiinis. Funktsioon teadmata (tsentromeeri seostumisvalgu CENP-B sait) 2)Minisatelliit DNA: *Keskmise suurusega tandeemsed DNA kordusjärjestused. *Hüpervariaabel minisatelliit DNA on kõrge polümorfsusega ja organiseeritud <1000 (0.1-20 kb pika) blokina. *Omavad põhikonsensust GGGCAGGAXG. *Mõned üksikud ka transkribeeritavad (MUC1lookus). On rekombinatsiooni "hot spots". *Kasutatakse geneetiliste markeritena. *Paljud paiknevad telomeeride lähedal. 3-20 kb tandeemsed
Minisatelliit DNA ja Mikrosatelliit DNA. Satelliit DNA: koosneb väga pikkadest tandeemsetest DNA korduvjärjestustest, mis võivad olla lihtsad ja keskmiselt keerulised, Moodustab peamise osa heterokromatiinist ning paikneb peamiselt peritsentromeerselt, Esineb kolme tüüpi I, II, III, mida saab eraldada tiheduses gradient tsentrifuugimisega. Tüübid jaotatakse omakorda alamklassideks, Eraldi klass alfa satelliit DNA (alphoid DNA). Koosneb 171 bp tandeemsest kordusest tsentromeerses heterokromatiinis. Funktsioon teadmata (tsentromeeri seostumisvalgu CENP-B sait). Minisatelliit DNA: Keskmise suurusega tandeemsed DNA kordusjärjestused, Hüpervariaabel minisatelliit DNA on kõrge polümorfsusega ja organiseeritud <1000 (0.1-20 kb pika) blokina, Omavad põhikonsensust GGGCAGGAXG, Mõned üksikud ka transkribeeritavad (MUC1 lookus), On rekombinatsiooni "hot spots", Kasutatakse geneetiliste markeritena, Paljud paiknevad telomeeride lähedal. 3-20 kb tandeemsed heksanukleotiidsed kordused TTAGGG
teatud piirkond võib omandada heterokromatiini struktuuri ja selle uuesti kaotada. Eksperimentaalselt on näidatud, et kui geen viia eukromatiini piirkonnast üle heterokromatiini, tema ekspresseerumist ei toimu, geen on vaigistatud. Heterokromatiini tekkes osalevad ülalkirjeldatud histoonide kovalentsed modifikatsioonid (deatsetüülumine, metüülumine). Arvatakse, et heterkromatiin võib olla kaitseks mobiilsete DNA elementide vastu. Heterokromatiinis sageli esinevad korduvad DNA järjestused (telomeeris, tsentromeeris). Üksteise järel esinevad mobiilsed DNA järjestused võivad tekitada heterokromatiini struktuuri ja selles piirkonnas olevad geenid on vaigistatud, ei ekspresseeru. DNA kokkupakkimise tähtsust geenide ekspressiooni regulatsioonis ja fenotüübi kujunemises illustreerib nn X inaktivatsiooni näide. Emaste imetajate kahest x kromosoomist üks kondenseerub (heterokromatiini struktuur) ja tema DNA ei ole transkribeeritav
Übmer nukleosoomi südamiku on keerdunud 166bp pikkune DNA lõik. Kahe nukleosoomi vahele jäävat DNA lõiku nim. linker-DNA-ks, sinna seondub histoon H1, mis vastutab DNA pakkimise eest järgmisse kõrgema järgu struktuuri (30 nm kiud). Suur osa kromatiini rakutuumas ongi kokku pakitud kõrgema järgu struktuuridesse. Heterokromatiin. Aktiivne ja inaktiivne kromatiin. Osa inaktiivsest kromatiinist on rakutuumas tugevasti kokku pakitud ja moodustab nn. heterokromatiini. Heterokromatiinis on kromatiin pakitud kõrgema järgu struktuuridesse. Heterokromatiin lokaliseerub tuuma ümbrise läheduses ja paistab elektronmikroskoobis hästi tumedana. Molekulaarbioloogilised uuringud on näidanud, et enamik heterokromatiini koostises olevat DNA-d on kõrgkordus DNA, mida praktiliselt üldse ei transkribeerita. Aktiivne kromatiin erineb ülejäänust selle poolest, et ta pole nii tugevasti kokku pakitud ning seetõttu on ta kergemini kättesaadav nukleaasidele (DNase I)
Übmer nukleosoomi südamiku on keerdunud 166bp pikkune DNA lõik. Kahe nukleosoomi vahele jäävat DNA lõiku nim. linker-DNA-ks, sinna seondub histoon H1, mis vastutab DNA pakkimise eest järgmisse kõrgema järgu struktuuri (30 nm kiud). Suur osa kromatiini rakutuumas ongi kokku pakitud kõrgema järgu struktuuridesse. Heterokromatiin. Aktiivne ja inaktiivne kromatiin. Osa inaktiivsest kromatiinist on rakutuumas tugevasti kokku pakitud ja moodustab nn. heterokromatiini. Heterokromatiinis on kromatiin pakitud kõrgema järgu struktuuridesse. Heterokromatiin lokaliseerub tuuma ümbrise läheduses ja paistab elektronmikroskoobis hästi tumedana. Molekulaarbioloogilised uuringud on näidanud, et enamik heterokromatiini koostises olevat DNA-d on kõrgkordus DNA, mida praktiliselt üldse ei transkribeerita. Aktiivne kromatiin erineb ülejäänust selle poolest, et ta pole nii tugevasti kokku pakitud ning seetõttu on ta kergemini kättesaadav nukleaasidele (DNase I)
linker-DNA-ks, sinna seondub histoon H1, mis vastutab DNA pakkimise eest järgmisse kõrgema järgu struktuuri (30 nm kiud). Suur osa kromatiini rakutuumas ongi kokku pakitud kõrgema järgu struktuuridesse. Kromatiin raku tuumas on kahes eri seisundis: 10 % aktiivne (sisaldab DNA-d, mida antud rakus transkibeeritakse); 90 % inaktiivne. Osa inaktiivsest kromatiinist on rakutuumas tugevasti kokku pakitud ja moodustab nn. heterokromatiini. Heterokromatiinis on kromatiin pakitud kõrgema järgu struktuuridesse, lokaliseerub tuuma ümbrise läheduses. Heterokromatiin on üks osa inaktiivsest kromatiinist. X-kromosoomi heterokromatiniseerumine e. X-inaktivatsioon. Kõikide emaste imetajate teine X-kromosoom kondenseerub ning seal olevad geenid inaktiveeruvad. X-kromosoomi inaktiveerumine algab kromosoomi kindlast piirkonnast, inaktivatsiooni tsentrist ja see levib lineaarselt üle kogu kromosoomi
fraktsioonid. Neis sisalduvat DNA nimetatakse satelliit-DNA-ks. Näiteks hiirel on isoleeritud satelliit-DNA, mis hiljem in situ hübridisatsiooni abil lokaliseeriti heterokromatiini regiooni tsentromeeride kõrvale. Hiire genoomis on seda ligi 400 aluspaari pikkust kordusjärjestust 10 6 koopiat, mis moodustab ~10% genoomist. Ka teiste liikide satelliit-DNA-de puhul on leitud, et need lokaliseeruvad valdavalt tsentromeeri läheduses heterokromatiinis või siis telomeerides. 59 11. DNA replikatsioon Replikatsioonist üldiselt Nukleiinhappe (DNA või RNA) ahel kasvab 5'3' suunas. Fosfodiesterside moodustub kasvava nukleiinhappe ahelas oleva viimase nukleotiidi suhkrujäägi 3'-OH rühma ja lisanduva nukleotiidi suhkrujäägi 5' C-ga seotud fosfaadi vahel. Nukleiinhappe sünteesil lülituvad sünteesitavasse ahelasse nukleotiidid, mis on komplementaarsed matriitsahela nukleotiididega
fraktsioonid. Neis sisalduvat DNA nimetatakse satelliit-DNA-ks. Näiteks hiirel on isoleeritud satelliit-DNA, mis hiljem in situ hübridisatsiooni abil lokaliseeriti heterokromatiini regiooni tsentromeeride kõrvale. Hiire genoomis on seda ligi 400 aluspaari pikkust kordusjärjestust 10 6 koopiat, mis moodustab ~10% genoomist. Ka teiste liikide satelliit-DNA-de puhul on leitud, et need lokaliseeruvad valdavalt tsentromeeri läheduses heterokromatiinis või siis telomeerides. 11. DNA replikatsioon Replikatsioonist üldiselt Nukleiinhappe (DNA või RNA) ahel kasvab 5'3' suunas. Fosfodiesterside moodustub kasvava nukleiinhappe ahelas oleva viimase nukleotiidi suhkrujäägi 3'-OH rühma ja lisanduva nukleotiidi suhkrujäägi 5' C-ga seotud fosfaadi vahel. Nukleiinhappe sünteesil lülituvad sünteesitavasse ahelasse nukleotiidid, mis on komplementaarsed matriitsahela nukleotiididega. Sünteesi viivad läbi polümeraasid.
annaabi.ee 
