dsRNA – reoviirused (hingamisteede haigused) ssRNA – gripiviirus, HIV Mõnedel viirustel on genoomiks RNA Tubaka mosaiigiviirus TMV Gripiviiruse genoom koosneb mitmest ssRNA segmendist HIV on retroviirus – tema genoomiks on ssRNA, millelt pöördtranskriptaas sünteesib DNA Viiruse kapsiid on sümeetriline – helikaalne või ikosaeedriline Kapsiidi võib katta ümbris – viiruspartiklid võivad olla pleomorfsed (erineva kujuga) Kapsiid lisastruktuuridega (näit. baktteriofaag T4) nm Mimiviirus (Mimicing microbe) Kirjeldati ajakirjas “Science” 2004. aastal Viiruspartikkel > 400 nm – pikka aega peeti graam- positiivseks kokiks
chaperonid Hsp 70 molekulaarne mehanism Molekulaarsed chaperonid on ATPaasid Hsp70-tsütosoolne Bip- ER Dnak- bakteriaalne homoloog Hsp 40- chaperonid, mis on kompleksis Hsp70-ga >85% eukarüootsetest valkudest kasutavad seda rada foldimisel GroEL struktuur GroEL/TCiP valgud koosnevad 14/8 subühikust (55 kDa) ATPaasid, kasutavad energiat valkude korrektseks foldimiseks GroEL molekulaarne mehanism -Ekvatoriaalne osa (243 AA) põhiliselt helikaalne- ATPd siduv domään - vaheosa lühike, hüdrofiilne osa- ruum ATP/ADP difusiooniks -apikaalne domään (191-376 AA) koosneb kahest B sheedist, välimised domäänid pole selgelt struktueerunud ja moodustavad hüdrofoobseid klastreid Valkude degradeerimine Ekstratsellulaarselt toimub valkude lagundamine proteaaside abil: endoproteaasid, eksoproteaasid
Pilid (fimbriad) § Valgulised torud, mis lähtuvad tsütoplasma membraanist § Leiduvad pea kõigil Gram-negatiivsetel bakteritel, Grampositiivsetel harva § Pili lõpus on adhesiivne struktuur, mis vastab makroorganismi glükoproteiinidele ja glükolipiididele § Teatud pilid osalevad geneetilise materjali ülekandel bakterite vahel Nukleoid § Bakteri genoom ehk kromosoom. § Puudub tuumamembraan. § Nukleoid ei pooldu mitoosiga. § Kaheahelaline, helikaalne ja hästi keerdunud DNA molekul § Plasmiidid - väikesed tsirkulaarsed DNA molekulid, paiknevad tsütoplasmas genoomist sõltumatult Eosed § Nimetata ka spoorideks, endospoorideks. Valmistavad raskusi steriliseerimisel, sest väga resistentsed kemikaalidele, temperatuurile. § Eosed ei ole mitte paljunemiseks, vaid aitavad säi-luda ebasoodsates keskkonnatingimustes. Haigustekitajatest esinevad Bacillus spp. ja Clostridium spp
Tavalisel geelelektroforeesil eristuvad valgu massi ja laengu järgi – mida väiksem mass ja suurem laeng, seda kiiremini liiguvad geelis. Isoelektriline fokuseerimine – elektroforeesi geeli on moodustatud pH gradient; sellel geelil liiguvad valgud seni, kuni on jõudnud sellise pH-ga geeli ossa, mis vastab nende isoelektrilisele puntkile (pI) e. kui valgu summaarne laeng muutub nulliks ja kui laeng on null ei ole võimalik enam elektriväljas edasi liikuda. α – heeliks – valgu helikaalne sekundaarstruktuur, mida stabiliseerivad keskteljega paralleelset asetsevad vesiniksidemed aminohapete amino ja karboksüülrühmade vahel. Paralleelne ja antiparalleelne β – leht – teine võimalik valgu sekundaarstruktuur, kus aminihapped moodustavad pikki „linte“, mis seonduvad vesiniksidemete abil külgepidi teiste lintide külge (tekivad laiad „lehed“). Antiparalleelsed teineteise suhtes on kaks kõrvutiasetsevat lehte siis, nende C- ja N-terminus asetsevad eri suundades
Selleks, et stabiliseerida pakitud nukleiinhapet, vältida negatiivsete laengute tõukumist, jääb nukleiinhape seotuks positiivselt laetud ioonidega, polüamiinide ning valkudega. Valgu monomeerid kapsiidis moodustavad kapsomeeri. Kapsiidi struktuurüksused on omavahel ühendatud mittekovalentsete sidemetega. Viiruspartiklite arv ja nende infektsioonivõime on vaid harva 1:1 vastavuses. Mitte kõik virioonid ei sisalda kogu viiruse geneetilist informatsiooni. Kapsiidi sümmeetria: 1. Helikaalne (TMV, faag M13;) TMV (Tubaka Mosaiigiviirus): 6400 nt, 2130 identset valgu subühikut pakitud helikaalselt ümber ssRNA, iga valgu subühik interakteerub 3 nt-ga. Assambleerumise ühikuks 34 subühikut. 1955. a. näitasid Fraenkel-Conrat ja Williams, et dissotseerunud valgud ja NH on võimelised spontaanselt reassambleeruma. 2. Ikosaeedriline - 12-nurkne 20 võrdkülgse kolmnurgaga hulktahukas. Näit. faag X174, adenoviirused, pikornaviirused
II, mis on eukarüootsed tsütosoolsed. Chaperoninid moodustavad kambrikese, kuhu sisse pääseb voltimata valk, mis pannakse seal ATP hüdrolüüsi abil õigesse konformatsiooni ja pakitud valk vabaneb. Bakteriaalse chaperonini moodustavad Hsp60 ehk GroEL. GroEL valgud koosnevad 14/8 subühikust (55 kDa). ATPaasid, kasutavad energiat valkude korrektseks foldimiseks Jaguneb: -Ekvatoriaalne osa (243 AA) põhiliselt α-helikaalne: ATPd siduv domään - vaheosa lühike, hüdrofiilne osa- ruum ATP/ADP difusiooniks -apikaalne domään (191-376 AA) koosneb kahest β- sheedist, välimised domäänid pole selgelt struktueerunud ja moodustavad hüdrofoobseid klastreid GroEL moodustab kaks heptameerset ringi, mis mõlemad on kambrid, kuhu valk saab siseneda ning GroES moodustab kaane, mis siis selle kambri katab. Pärast ATP seondumist toimub chaperonis konformatsiooniline muutus läbi mille osa
6. Transmembraansete valkude membraani suunamine signaalankurjärjestus on signaaliks SRPle ja peatab translokalisatsiooni ja "stop-transfer" ankurjärjestus peatab translokalisatsiooni. 7. Kuidas viiakse membraani intra- N-terminusele lähim hüdrofoobne järjestus initsieerib vastsünteesitud ahela sisestamise ER membraani nii, et N-terminus on tsütosooli poole orienteeritud; seega see -helikaalne segment funktsioneerib kui signaalankurjärjestus ja ekstratsellulaarse N-terminusega transmembraanseid valke? N-terminusele lähimale hüdrofoobsele järjestusele järgneb grupp positiivselt laetud aminohappeid; tulemusena sisestab esimene -heeliks vastsünteesitud ahela translokonisse nii, et N-terminus ulatub luumenisse. 8. Mitokondriaalsed signaaljärjestused on signaaliks vastavatele retseptorvalkudele, mis
loomulikuma kaitse, sh sIgA ja rakuline immuunsus. Seda soovitatakse vanuses 5-50. Viirused mõmm :) 05/06 Rabiese viirus (rabdoviirused) Struktuur. Lihtsad viirused, kodeerivad ainult viit valku. Kuulikujulised, ümbrisega. Diameeter 50…95 nm, pikkus 130…380 nm. Pinnal on trimeersest glükoproteiinist (G) ogad, millega viirus kinnitub. Antikehad ka G vastu. Nukleokapsiid on helikaalne, RNA on üheahelaline (-) umbes 12000 aluspaarist. Nukleokapsiidis veel nukleoproteiin N, suur (L) ja mittestruktuused (NS) valgud. Maatriksivalk (M) ümbrise ja nukleokapsiidi vahel. N kaitseb RNAd ribonukleaaside eest ja hoiab transkriptsiooniks sobilikku konfiguratsiooni. L ja NS teevad RNA-sõltuva RNA-polümeraasi. Epidemioloogia. Viirus-indutseeritud agressiivne käitumine loomadel promob viiruse levikut. Inkubatsiooniperiood on pikk, asümptomaatiline.
seotuks tuuma ümbriku fragmentidega, A-tüüpi lamiinid on mitoosis lahustunud. 21. Mis on iseloomulik intermediaarsetele filamentidele? Läbimõõt on 10-12 nm, koespetsiifilised, loomarakkudes nt keratiin. Need annavad mehaanilise tugevuse. Asetsevad enamast tsütoplasmas. Peamine struktuur on konserveerunud, igal valgul on globulaarsed tuumad N- ja C-terminuses, mille vahele jääb alfa-helikaalne varras. Peamine ehitus on anti-paralleelne (pole laengut) ja dimeerne. Dimeerid tulevad varda osa interaktsioonidest, mis moodustavad keritud spiraali. Neil pole sidumissaiti NTP-dele. 22. Kuidas mõjutab fosforüleerimine intermediaarsete filamentide struktuurseid omadusi? Toimuvad sarnased asjad nagu tuuma lamiinidega fosforüleerides laguneb osadeks, fosforit eemaldades saab jälle kokku. 23. Millel põhineb mikrotorukeste stabiilse struktuuri säilimine? Treadmill efekti olemus.
Artubuliinid (Nitrosoarchaeum genoomis on teubuliini geene, mis kõige sarnasemad eukarüootide vastavatele geenidele). Aktiin. Aktiinifilamendid koosnevad eukarüootidel kahest aktiininiidist, mis moodustavad helikaalse struktuuri. Niitide assambleerimine vajab ATP energiat. Aktiin osaleb eukarüootides lihaste töös, raku liikumises, raku jagunemises. Prokarüootidest (bakterid, eurüarhed) on leitud aktiinile sarnaseid valke, näiteks MreB, mis ka agregeerub niidiks, kuid niit pole helikaalne. MreB niidid paiknevad rakumembraani all, enamasti spiraalina ja vastutavad raku kuju eest. Kreaktiin- arhede ürgne aktiin. Väga sarnane eukarüootide aktiinile. Moodustab rakus spiraalse filamendi, vajab momomeeride polümeriseerumiseks ATPd. Ilmselt vajalik raku kuju hoidmiseks Rakukest. Kaks komponenti- struktuurifibrillid ja nendevaheline maatriks. Struktuurifibrillid koosnevad taimerakul tselluloosist, seenerakul 1,3- beeta-glükaanidest, bakterirakul aga peptidoglükaanist
annaabi.ee 
