Paljudel mRNA-del on 3' otsas juuksenõelastruktuur, mis on mRNA-d stabiliseeriva toimega. Erinevalt eukarüootidest on bakteritel kirjeldatud ainult 3' 5' suunas mRNA-d lagundavaid eksoribonukleaase. Endonukleaaside poolt teostatavad atakid määravad sageli mRNA degradatsiooni edasise kiiruse, kuna aitavad kõrvaldada mRNA 3' otsast juuksenõelastruktuure. RNaas E on üks põhilisi mRNA degradatsioonil osalevaid endoribonukleaase. See ttunneb ära spetsiifilisi sekundaarstruktuure, kuid lõikab nende kõrvalt üksikahelalist RNA-d, mille puhul on erinevate mRNA-de degradatsiooni uurides pakutud välja erinevaid konsensusjärjestusi. RNA I 5' otsas olev juuksenõelastruktuur stabiliseerib RNA-d, kuid 5 mittepaardunud, nt enne seda sruktuuri, on destabiliseeriva toimega, võimaldades RNaas E-l mRNA 5' otsale seonduda ja RNA-d lõigata. Olulised on nii mRNA primaarjärjestus kui ka sekundaarstruktuurid.
mRNA fragmentide akumuleerumine. Endonukleaasid Endonukleaaside poolt teostatavad atakid määravad sageli mRNA degradatsiooni edasise kiiruse, kuna aitavad kõrvaldada mRNA 3' otsast juuksenõelastruktuure. Sageli lõikavad nad 5' otsa lähedalt, mille tulemusena mRNA destabiliseerub ja allub edasisele kiirele lagundamisele. RNaas E RNaas E on rne geeni produkt. See ensüüm on üks põhilisi mRNA degradatsioonil osalevaid endoribonukleaase. Kuna RNaas E-defektsetes mutantides pikeneb mRNA-de eluiga, viitab see sellele, et RNaas E poolne atakk on mRNA degradatsiooni kiirust mõjutav etapp. RNaas E tunneb ära spetsiifilisi sekundaarstruktuure, kuid lõikab nende kõrvalt üksikahelalist RNA-d, mille puhul on erinevate mRNA-de degradatsiooni uurides pakutud välja erinevaid konsensusjärjestusi. Enamasti pakutakse konsensuseks järjestust RAUUW, kus R = A või G ja W = A või U ning eelistatult toimub lõige AU dinukleotiidist 5'
annaabi.ee 
