self-MHC ja ei tohi ära tunda oma peptiidi + MHC. Positiivne selektsioon MHC (I/II) peptiidse kompleksiga tüümuse epiteliaalsete rakkude küljes lubab tümotsüüdil minna järgmisesse etappi, kus DP muutub SP (single positive) ehk tekib kahte tüüpi CD4+CD8- või CD4-CD8+ T rakud, mis on vastavalt abistaja ja tsütolüütilised T rakud (vastavalt MHC I / MHC II). Elimineeritakse rakud, kes ei tunne ära oma MHC-d. Pro-T rakk migreerub tüümusesse raseduse 8-9 nädalal, veel ei ekspresseerita pinnaretseptoreid (CD4, CD8, TCR); ei ekspresseerita veel RAG1 ja RAG2 valke, mis vajalik TCR ümberkorraldusteks. MHC VALGUD on kõrgelt polümorfsete geenide produktid, mida ekspresseeritakse erinevate rakkude pinnal. Koosneb ca 100 geenist. Indiviidide vahel erinevad alleelide DNA järjestused 5-10 % st. eri indiviidide poolt ekspresseeritavad geeniproduktid on unikaalset struktuuri erinevustega. MHC alleelide vahel võivad aminohapete erinevused olla kuni 20 aa
rakkudes, kus lacZ lugemisraam on terve, hüdrolüüsib -galaktosidaas X-galis glükosiidsideme, vabanevad galaktoos ja 5-bromo-4-kloro-3-hüdroksüindool, millest viimane dimeriseerub ja oksüdeerub tekib indigosinist värvi dikloro-dibromo-indigo, mis värvib indigosiniseks terve koloonia. Kui lacZ operoni sisestada insert, siis see rikub (suure tõenäosusega) lacZ operoni lugemisraami, -galaktosidaasi ei ekspresseerita, eelkirjeldatud protsessi ei toimu ning kolooniad jäävad valged. See võimaldab vaatluse teel eristada kolooniaid, kus insert on plasmiidi sisenenud, ja kolooniaid, kus on vaid tühi plasmiid. e) Ligeerimisprotokoll: 1. Pipeteerida ligeerimissegu (kokku 5 l): 1 l puhastatud PCR produkti 1 l plasmiidi (9ng/ l) 0,5 l 10x ligeerimispuhvrit 0,5 l e. 5 ühikut T4 DNA ligaasi (5 U/l)(hoida jääl või külmakehas) 2 l Milli-Q vett
Positiivne selektsioon MHC (I/II) peptiidse kompleksiga tüümuse epiteliaalsete rakkude küljes lubab tümotsüüdil minna järgmisesse etappi, kus DP muutub SP (single positive) ehk tekib kahte tüüpi CD4+CD8- või CD4-CD8+ T rakud, mis on vastavalt abistaja ja tsütolüütilised T rakud (vastavalt MHC I / MHC II). Elimineeritakse rakud, kes ei tunne ära oma MHC-d. Pro-T rakk migreerub tüümusesse raseduse 11-dal päeval (hiirel); 8-9 nädalal (inimesel), veel ei ekspresseerita pinnaretseptoreid (CD4, CD8, TCR); ei ekspresseerita veel RAG1 ja RAG2 valke, mis vajal. TCR ümberkorraldusteks. Tümosüüdid varajases arengustaadiumis double negative (DN) ; Samas ekspres. teisi pinnamolekule: c-Kit (tüvirakkude kasvufakt) CD44 (adhesioonimolekul); CD25 IL2 a-ahel. TCR geenid on veel ümberkorraldamata. DN T rakkudes algavad ümberkorraldused esmalt TCR - lookuses (alleelne välistamine), alles hiljem lookuses. Rekombineerumisel kasutatakse samu järjestusi ja
nimetatakse kooreks ning sisemist osa säsiks. Säsi osad on omavahel ühenduses säsiväätide abil, milles kulgevad veresooned ja närvid.Tüümus muutub väiksemaks vanusega. T-lümfotsüütide prekursorid pärinevad maksast (lootel) või luuüdist (täiskasvanul) ning migreeruvad sealt veresooni pidi tüümuse koorde. Tümotsüütide migratsioon ja küpsemine toimub koorest – säsi suunas. Algselt on koores tegemist Pro-T rakkudega (=double negative), millel ei ekspresseerita TCR-i, CD4+ ega CD8+. Koores migreerudes küpseb antud rakk Pre-T rakuks (=double negative), mis endiselt ei ekspresseeri CD4+ ja CD8+, kuid milles on rekombinatsiooni tulemusena raku pinnale ekspresseeritud TCR β- ahel ja pre- ᾶ ahel. Edasi säsi poole migreerudes areneb rakk double positive rakuks, mille membraani pinnal on ekspresseeritud dimeerne TCR ning CD4+ ja CD8+. Sellele järgneb positiivne ja negatiivne selektsioon
viies cup (chaperone-usher pathway) klastris (operonis). Need klastrid on erinevalt reguleeritud ning arvatavasti täidavad raku pinnal erinevaid ülesandeid. 120 Kusjuures cupC klaster koosneb ainukesena kolmest põhivalgu geenidest: piliin, saperon ja värativalk. Teised klastrid on pigem erinevad piliinid. Cup klastrid on P. aeruginosa's rangelt kontrollitud ning vedelsöötmes kasvatades neid ei ekspresseerita. (Pseudomonas putida's fim geenid, millest FimI (piliin) sarnane CupB1 valguga). Cup-geenide ekspressiooni reguleerimine Pseudomonas aeruginosa's. MvaT (H-NS-i analoog P. aeruginosa's) represseerib cup geenide positiivset regulaatorit cgrABC (lokaalsed regulaatorid, siiani kirjeldatud kui teadmata funktsiooniga valgud), lisaks mõjutab positiivselt cupA klastrit Anr (anaerobioosi globaalne regulaator). Lisaks eelnevatele mõjutab cup geenide
annaabi.ee 
