Peamine oht vooluveekogude seisundile on reostumine ja selle ärahoidmiseks tuleb vältida puhastamata kanalisatsioonivee juhtimist vooluveekogudesse. Rebäse järv. Sood ja rabad Karula rahvuspargi pindalast moodustavad sood 6%. Suuremad sood on Äestamise, Arukülä ja Pautsjärve soo. Madalsoodest väärivad esiletõstmist Ähijärve läänekalda, Väike-Apja, Palo taguse ja Kaugjärve edelakalda sood. Õõtsiksood asuvad Õdrejärve, Kaatsi järve, Küüdre järve, Viitkajärve jt. järvede kallastel. Haruldane on Ähijärve loodekaldal asuv allikasoo. Suuremad rabad on Äestamise soo, Sikksaare soo, Saarjärve raba, Küünimõtsa soo, Tiganiku soo jt. Karula maastike kõige eripärasemad ning ainulaadsemad on kuplistikes paiknevad järvetekkelised väikesood. Märgalade säilimist ohustavad veetaseme muutused, suunamata külastatavus, sobimatu raie ja
Järvede kinnikasvamise tagajärjel tekkinud soode osakaalu rahvuspargis hinnatakse umbes kahele kolmandikule soode koguarvust. Enim esineb järvetekkelisi soid kuplistike piirkondades. Ka üle poole oosmõhnastike soodest on kujunenud järvede kinnikasvamisel. Vaid tasandikel on domineerinud maismaaline soostumine. Kohati on suurepinnaliste kuplite järskudel nõlvadel ka allikasoid. Madalsoodest väärivad esiletõstmist Ähijärve läänekalda, Väike-Apja, Palo taguse ja Kaugjärve edelakalda sood. Õõtsiksood asuvad Õdrejärve, Kaatsi järve, Küüdre järve, Viitkajärve jt. järvede kallastel. Haruldane on Ähijärve loodekaldal asuv allikasoo. Suuremad rabad on Äestamise soo, Sikksaare soo, Saarjärve raba, Küünimõtsa soo, Tiganiku soo jt. Karula maastike kõige eripärasemad ning ainulaadsemad on kuplistikes paiknevad järvetekkelised väikesood Märgalade säilimist ohustavad veetaseme muutused, suunamata külastatavus, sobimatu raie ja traditsiooniliselt
annaabi.ee 
