Tuum, kromosoomid, ribosoomid, membraanide koostis: ester- ja eeterlipiidid, steroolid, histoonid ja rakuskeleti valgud, viburite ehitus, intronid geenides, membraansed organellid eukarüootidel. Tuum kaks membraani, pooride kaudu käib ainete transport tsütoplasmasse, välimine membraanon tihedalt seotud endoplasmaatilise retiikulaga. Tuumas on DNA. Kromosoomid bakteritel rõngas, eukarüootidel pulk, pulka esineb ka mõnel bakteriliigil. Bakteritel on osa DNAst ka plasmiidis, seda tavaliselt ei vajata, aga vahel võib olla vajalik, nt antibiootikume kahjustavate toksiinide ja ensüümide süntees. Virelentsusgeen tekitavad haigusi peremeesorganismis eukarüootidel on histoonid valkudeks, mis pakivad kromosoome kokku, prokarüootidel histoonide homoloogid. Kokkupakkimine mõjutab geeniregulatsiooni kokkupakitud kromosoom on varjestatud ja selle pealt ei saa toimuda transkriptsiooni
keeles non-structured). Makrodomeen on bakteri kromosoomi väga pikk piirkond, milles toimuvad rekombinatsioonid domeeni siseselt, kuid domeenidevahelised rekombinatsioonid on pärsitud, sest liiga suurte DNA ümberkorralduste tulemusena bakteri kohasus väheneb. Kaks bakterit Escherichia coli ja Salmonella enterica on väga sarnased enterobakterid, mis evolutsiooniliselt on lahknenud umbes 100 miljonit aastat tagasi (u 120 miljonit aastat tagasi tekkisid õistaimed). Samas on mõlemal bakteriliigil geenid konserveerunud makrodomeenidesse väga sarnaselt, mis näitab, et geenide asukoht bakteri kromosoomis muutub väga aeglaselt, mis näitab regulatsiooni säilimisele läbi miljonite aastate. Ori-piirkonna makrodomeen koosneb oriC-ga (oriC-lt algab kromosoomi repliaktsioon) piirnevatest aladest, selle vastas asub Ter-piirkonna makrodomeen, mis koosneb replikatsiooni termineeriva piirkonnaga ter külgnevatest aladest. Ter-