geenide kloneerimine on paljudel juhtudel viinud vähi tekkel osalevate geenide identifitseerimisele. Translokatsiooni või inversiooni tagajärjel võivad proto- onkogeenid aktiveeruda tänu asetumisele antud rakus aktiivse promootori või enhanseri kõrvale. Nii tsütogeneetilised kui ka molekulaargeneetilised uuringud on näidanud, et mõned protoonkogeenid on kasvajakoes esindatud paljude koopiatena. · Madalatasemeline (low-level) amplifikatsioon, mis on tingitud ühe, kahe või enama kromosoomi või kromosoomiõla lisandumisest, on seotud sadade või kümnete tuhandete geenidega (sh. proto-onkogeenid). Kõigi geenide hulk suureneb polüploidiseerumisel (triploidia, tetraploidia), mida leitakse näiteks mõnede leukeemiate puhul. Märksa sagedasem on aga üksikute kromosoomide polüsoomia. · Kõrgetasemeline (high-level) amplifikatsioon avaldub
Imetajate genoomi evolutsioonis on toimunud palju kromosomaalseid ümberkorraldusi. *Segmentaalsed duplikatsioonid on järjestuste (1-100 Mb) ülekanne genoomi ühest regioonist teise (umbes 5% inimgenoomist duplikatsioonid). Nii intra-kui ka interkromosomaalsed. ·Sagedased inversioonid, harvemad translokatsioonid, muutuda võib ka tsentromeerida asukoht InimeseY kromosoom- *Paljud X-seoselised geenid omavad inaktiivseid homolooge Y, enamik on deleteerunud täielikult. *Kordusjärjestuste amplifikatsioon ja lisandumine autosoomidest on arvatavasti päästnud inimese Y kromosoomi. *Mõnedel kukkurloomadel on Y kromosoome limineeritud teatavates somaatilistes kudedes. *Molevoles (Ellobius) on kaotanud Y kromosoomi täielikult. *10 mln.aasta pärast on mees kui selline muutunud ajalooks. *Merohaplodiploidne (XX,X0) soode terminatsioon kujutab endast evolutsiooni lõppmängu Mis eristab meid genoomsel tasandil hiirtest? ·Töö hiire genoomiga Mouse Genome Sequencing Consortium (MGSC)
COPII – vesiiklid transpordivad valke ER-st Golgisse COPI – vesiiklid viivad läbi retrograadset transporti Golgis ja Cis-Golgist Eri Klatriin koos adaptervalkudega – vesiiklid transpordivad valke trans-Golgist ja plasma membraanilt endosoomidesse, lüsosoomidesse Signaaliülekanne I 1. Kirjelda signaaliülekande etappe! 1. Signaali vastuvõtmine raku pinnal spetsiifiliste retseptorite poolt. 2. Signaali edasikandumine tsütoplasmas, signaali amplifikatsioon (madalmolekulaarsed sekundaarsed infokandjate). 3. Vastus: a) Lühiajaline vastus – tsütoplasmas, nt valkude aktiivsuse muutused b) Pikaajaline vastus – tuumasisene etapp – geeniekspressiooni muutmine transkriptsioonifaktorite aktivatsiooni või inaktivatsiooni kaudu. 2. Mida tähendab ligandi-retseptori seondumise afiinsus ja spetsiifilisus? Retseptori seondumise spetsiifilisus viitab sarnaste ligandide seondumisele või mitteseondumisele. Ligandi
DNA sünteesi viib läbi pöördtranskriptaas e. revertaas, mis on viiruse poolt kodeeritud ja on valmiskujul olemas juba viiruspartiklites. dsDNA integreerub raku genoomi viiruse poolt kodeeritud integraasi abil. Integreerunud DNA võib genoomis püsida pikka aega latentsena, proviirusena. Viiruse genoomi paljundamisel muutub ta transkriptsiooniliselt aktiivseks. Viiruse valkude sünteesiks avalduvad viiruse-spetsiifilised geenid. Samuti toimub viiruse genoomi (RNA) amplifikatsioon. (gag kapsiidivalgud, pol-pöördtranskriptaas, integraas ja ribonukleaas, env-ümbrises asuvad glükoproteiinid.) 4. Mi s tüüpi
annealing 50 oC 30s ja ekstensioon 72 oC 1 min; 20 tsüklit). Alusta PCR'i. Tegime 15 tsüklit. (5) Samal ajal valmista 1,2% geel. 40 ml TBE puhvri kohta on vaja kaaluda 0,6 g agaroosi. Valmistamist vaata tööst nr 3. (6) PCRi lõppedes (<1 tund), analüüsi 1/5 saadud produktist agaroosgeelil. Selleks pipeteeri 10 l 1 x TBE foreesipuhvrit (lilla) + 2 l PCR tuubist kokku 12 l, kanda kõik geelile. Geelile lisada kindlasti molekulmassi marker ja kontroll PCR (amplifikatsioon tühjalt pBS SK+ plasmiidilt). 12 Interpreteeri tulemus. Saadud rekombinantsed plasmiidid on valmis inserdi sekveneerimiseks T7 praimeri ja "kit"i abil (järgmises praktikumis). PCRi tulemused. Marker 100 bp pBS SK+ Kristine Arvidas Hannes Mihkel Heleen Ksenia Marko Okana Jelena Doris Mikk Anna Alex Aare Irina Inna Jana Karl
annealing 50 oC 30s ja ekstensioon 72 oC 1 min; 20 tsüklit). Alusta PCR'i. (5) Samal ajal valmista ...% geel. 40 ml TBE puhvri kohta on vaja kaaluda ... g agaroosi. Valmistamist vaata tööst nr 3. (6) PCRi lõppedes (<1 tund), analüüsi 1/5 saadud produktist agaroosgeelil. Selleks pipeteeri 10 l 1 x TBE foreesipuhvrit (lilla) + 2 l PCR tuubist kokku 12 l, kanda kõik geelile. Geelile lisada kindlasti molekulmassi marker ja kontroll PCR (amplifikatsioon tühjalt pBS SK+ plasmiidilt). Interpreteeri tulemus. Saadud rekombinantsed plasmiidid on valmis inserdi sekveneerimiseks T7 praimeri ja "kit"i abil (järgmises praktikumis). Restriktsiooni tulemused: Minu minipreparatsioonis tuli välja 2 inserti. Üks umbes 2,5 kb pikkune ja teine umbes 6 kb pikkune. Võib olla see on tingitud sellega, et ensüüm Cfr421 ei töötanud väga hästi. 10 Lisaülesanded: 4
Tn3 perekonda kuuluvad transposoonid IS elemente ei sisalda 21. Deinococcus radiodurans (omadused, geneetilised erisused) Talub ioniseerivat kiirgust, UV, kuivamist, oksüdeerijaid jne. Talub 5000 Gy radiatsiooni (5 Gy tapab inimese). Genoomis 2 kromosoomi 2,65 Mbp ja 412 kb, 2 plasmiidi 177 kb ja 46 kb. Genoomi rakus mitu koopiat, kiire DNA reparatsioon DNA pakitud "toroidselt" abistab oluliselt DNA reparatsiooni 22. Isotermaalne DNA amplifikatsioon Nukleiinhappe paljundamine ühel temperatuuril (erinevalt PCR tsüklilisest temperatuuri muutustest) TMA(transcription mediated aplification) ehk transkriptsioon vahendatud amplifikatsioon on süsteem, mis kasutab kahte erinevat ensüümi. Esimene ensüüm on pöördtranskriptaas, mis teeb teeb 2-ahelalise DNA koopia RNA või DNA matriitsist. Teine ensüüm RNA polümeraas, sünteesib tuhandeid koopiaid komplementaarsest RNA
järjestus, A. Sama DNA-järjestuse saamine plaatgeeli autoradiograafial ja fluorestsentsmärkega automaatsekveneerimisel, B. DNA radioaktiivse või fluorestsentsmärgistuse viisid: 1) märgistatakse praimer; 2) märgistatud dNTP; märgistatud ddNTP, C. Automaatsekveneerimine. Andmete automaatsalvestus toimub skaneeriva laseri, fluorestsentsdetektori ja arvuti abil. 291. PCR reaktsioon: kindla DNA järjestse amplifikatsioon in vitro tingimustes, mis toimub paljukordse denaturatsiooni, oligonukleotiidsete praimerite hübridatsiooni ja polünukleotiidi sünttesi tsüklite tulemusel 292. Kontiigid: DNA kattuvad alad (segmendid) või kogum kattuvaid kloone, mille põhjal saab moodustada DNA pidevjärjestusecvõi konkreetse kromosoomipiirkonna füüsilise kaardi 293. Fluoresentsmärgistus: Meduusist pärit roheliselt fluorestseeruv valk GFP- GFP-valgu järjestuse saab sisse viia uuritava
DNA sünteesi viib läbi pöördtranskriptaas e. revertaas, mis on viiruse poolt kodeeritud ja on valmiskujul olemas juba viiruspartiklites. dsDNA integreerub raku genoomi viiruse poolt kodeeritud integraasi abil. Integreerunud DNA võib genoomis püsida pikka aega latentsena, proviirusena. Viiruse genoomi paljundamisel muutub ta transkriptsiooniliselt aktiivseks. Viiruse valkude sünteesiks avalduvad viiruse-spetsiifilised geenid. Samuti toimub viiruse genoomi (RNA) amplifikatsioon. Viiruse nukleiinhapet ümbritseb valkkate - kapsiid, millel võib olla ümbris. Genoomi pakkimine kapsiidi on vajalik selleks, et kaitsta nukleiinhapet välismõjude eest. Pakkimisel osalevad spetsiifilised pakkimisvalgud, mis tunnevad nukleiinhappel ära pakkimissignaale. Selleks, et stabiliseerida pakitud nukleiinhapet, vältida negatiivsete laengute tõukumist, jääb nukleiinhape seotuks positiivselt laetud ioonidega, polüamiinide ning valkudega
ahelad on divergentsed ja komplekksed. Kõige sagedamini esineb meeste eesnäärmekasvajat, kaks korda vähem rinnavägi esmasleide naistel ja kopsuvähki mõlemal sugupoolel. 120. Viirusonkogeenide aktivatsioonimehhanismid. LTR pikad otsmised kordusjärjestused. 1. Retroviiruse transduktsioon, 2. retroviiruse insertsioon, 3. DNA-viiruse ekspressioon, 4. viiruseline transaktivatsioon. 121. Rakuliste onkogeenide aktivatsioonimehhanismid. 1. Punktmutatsioonid, 2. geeni amplifikatsioon, 3. translokatsioon aktiivse promootori või enhanseri alla, 4. partneronkogeenide translokatsiooniline ühendamine. 122. Onkogeenid. Geen, mis soodustab ja kontrollib rakkude jagunemist, aga võib põhjustada loomarakkude kasvu täieliku peatamise või ka vohamise koekultuuris ja kasvajate teket in vivo. 123. Pro-onkogeenid. Viirusonkogeenide rakulised eellased. 124. Onkogeenide supressorgeenid. Suruvad kasvaja maha. 125. Pärilikud kasvajad
-Kahe erineva bioloogilise proovi paralleelne võrdlus (n. vähirakud ja normaalne kude, mõjutatud rakud ja normaalsed rakud) -EST-de kasutamine võimaldab uute geenide avastamist Miinused -Vajalik on järjestuste kontroll 22 -Mõõdetakse suhtelist ekspressioonitaset kahe proovi vahel Mikrokiip eksperimendi kuus põhietappi: -Mikrokiibi ettevalmistamine: kloonide kollektsiooni olemasolu (sekveneerimine), PCR amplifikatsioon ja insertide kontroll, spottimine ja QC. -Eksperimendi ettevalmistamine ja referentsi valik: mida võrrelda millega? -Proovide ettevalmistamine (märgistamine) ja hübridiseerimine -Tulemuse salvestamine (pildi skaneerimine) ja kvantifitseerimine (signaalitugevuse väljendamine numbriliselt) -Andmebaasi loomine, normaliseerimine ja filtreerimine -Statistiline analüüs ja andmetöötlus Mikrokiipide kasutamine meditsiinis: -Haigusseoseliste geenide leidmine - Õige ravikuuri määramine
systems designed to clone large genomic DNA fragments. They have multiple applications in the preparation of genomic and cDNA libraries. 15. Kirjelda kloneerimise protseduuri. Mis on kloneerimiseks hädavajalikud komponendid ning tingimused? Geeni kloonimine (ingl. gene cloning) eeldab mitut järjestikust protseduuri, milledeks on uuritava geeni: 1) isoleerimine; 2) viimine isereplitseeruvasse geneetilisse elementi (plasmiidi või viirusgenoomi); 3) amplifikatsioon ehk paljundamine; 4) uuritava geeniga rekombinantsete kloonide selektsioon. 16. Mis on geeniraamatukogud? 1:43. Geeniraamatukogu on bakteri või faagikloonide kogumid millest iga kloon sisaldab meid huvitavast geneetilisest materjalist ühte konkreetset alamosa. 17. Kirjelda polümeraasi ahelreaktsiooni läbiviimist detailselt (komponendid, temperatuurid, aparatuur, metoodika, eesmärk, tüübid). 2:6-10. Polümeraasi ahelreaktsioon (PCR) on on tänapäeva
naisi. Haigel mehel on tütred, mitte pojad haiged. Y-seoseline – haigestuvad ainult mehed, haiel poisil alati haige isa. HW valemi kohaselt vabalt ristuvas populatsioonis, mis on geneetilises tasakaalu seisundis on alleeli- ja genotüübisagedused konstantsed. Valem: p2 + 2pq + q2 =1, kus p ja q on alleelisagedused. Kasutatakse genotüüpide ja alleelisageduste väljaarvutamiseks. 52. DNA amplifikatsioon: PCR ja PCR-l põhinevad mutatsioonianalüüsi meetodid (3 erinevat), nende eelised ja puudused, restriktaasid ja nende kasutamine DNA analüüsil. Kasutatakse puhastatud DNA polümeraasi, oligonukleotiidseid parimereid ja dNTP-sid. Põhineb kolmel järjestikulisel reaktsioonil erinevatel temperatuuridel ning tsükleid korratakse umbes 30 korda. Kõigepealt denatureeritakse temperatuuri tõstmisega (tavaliselt 95C kraadi). Mahajahtumisel saavad praimerid seonduda
Selle formaadi korral on nii sondina kui ka sihtmärgina kasutatav nukleiinhappe ahel vedelas keskkonnas. Vedel keskkond soodustab hübriidide teket, mistõttu reaktsioon kulgeb kiiremini võrreldes tahke formaadiga. HÜBRIDISATSIOONIREAKTSIOON TAHKEL KANDJAL. Sellisel juhul seotakse kas sihtmärgina või sondina kasutatav nukleiinhape tahkele kandjale. Seejuures säilib seotud ahela võime moodustada komplementaarne side teise ahelaga. . Nukleiinhapete amplifikatsioon Kuigi nukleiinhapete hübridisatsioon on väga spetsiifiline reaktsioon, on tema üheks miinuseks ebapiisav sensitiivsus, s.t. kui sihtmärk-nukleiinhapete arv on allpool kriitilist piiri, võib hübridisatsiooni signaal olla niivõrd nõrk, et seda ei suudeta registreerida. Seetõttu on vajalik mikroorganismide eelnev isoleerimine söötmel, suurendamaks DNA hulka. Probleemi lahenduseks on nukleiinhapete paljundamine, selle asemel et paljundada mikroorganisme. DNA või RNA
50.(kromosoommutatsioonid) Inversioon- kromosoomi pöördumine 180° võrra. Kromosoom peab ühest kohast katkema, et eraldunud geenide plokk umber pöördux. Geenide jrk. Muutub normaalsega võrreldes vastupidisex Translokatsioon- krom või DNA osade ümberpaiknemine. Kromosoomifragment liitub mittehomoloogse kromosoomiga. Tagajärjel muutuvad aheldunud geenirühmad. Duplikatsioon- kromosoomi mitmekordistumine Deletsioon- kromosoom kaotab osa gene. Krom. lõik kustutataxe Amplifikatsioon- kordistamine. Teatava geeni, plasmiidi või DNA järjestuse koopiate arvu suurendamise protsess. 51.Mobiilsed geenid e. transposoonid- genoomi ühest osast teise liikuvad lõigud. 52.Transformatsioon- geneetilise informatsiooni ülekandumine ühest bakterirakust teise rakust isoleeritud DNA abil. Võib toimuda ka looduslikes tingimustes. Sel juhul kandub elusrakkudesse surnud rakkudest vabanenud DNA. Transduktsioon- faagide poolt vahendatud geneetilise informatsiooni ülekanne ühest
X submetatsentriline 160 Mb, Y kromosoom akrotsentriline - 50 Mb, suur osa heterokromatiinne . Eripäraks X ja Y puhul suure hulga reproduktsiooniga seotud geenide koondumine. Suured regioonid homoloogsed, algselt homomorfsed. Võimelised paarduma tänu pseudoautosomaalsetele regioonidele (inimesel PAR1 ja PAR2). Y kromosoomid liigiti väga erinevad. Paljud X-seoselised geenid omavad inaktiivseid homolooge Y-s, enamik on deleteerunud täielikult, Kordusjärjestuste amplifikatsioon ja lisandumine autosoomidest on arvatavasti päästnud inimese Y kromosoomi, Mõnedel kukkurloomadel on Y kromosoom elimineeritud teatavates somaatilistes kudedes, Mole voles (Ellobius) on kaotanud Y kromosoomi täielikult, 10 mln. aasta pärast on mees kui selline muutunud ajalooks, Merohaplodiploidne (XX, X0) soo determinatsioon kujutab endast evolutsiooni lõppmängu. 28. Võrdlev genoomika. Molekulaarne fülogeneetika kasutab nukleiinhapete ja
50.(kromosoommutatsioonid) Inversioon- kromosoomi pöördumine 180° võrra. Kromosoom peab ühest kohast katkema, et eraldunud geenide plokk umber pöördux. Geenide jrk. Muutub normaalsega võrreldes vastupidisex Translokatsioon- krom või DNA osade ümberpaiknemine. Kromosoomifragment liitub mittehomoloogse kromosoomiga. Tagajärjel muutuvad aheldunud geenirühmad. Duplikatsioon- kromosoomi mitmekordistumine Deletsioon- kromosoom kaotab osa gene. Krom. lõik kustutataxe Amplifikatsioon- kordistamine. Teatava geeni, plasmiidi või DNA järjestuse koopiate arvu suurendamise protsess. 51.Mobiilsed geenid e. transposoonid- genoomi ühest osast teise liikuvad lõigud. 52.Transformatsioon- geneetilise informatsiooni ülekandumine ühest bakterirakust teise rakust isoleeritud DNA abil. Võib toimuda ka looduslikes tingimustes. Sel juhul kandub elusrakkudesse surnud rakkudest vabanenud DNA.
Replisoom on replikatsiooni aparaat, mis koosneb DNA polümeraas III holoensüümist, mile üks apoensüüm sünteesib juhtivat ahelat ja teine mahajäävat ahelat (+ praimosoomi). 53. DNA replikatsiooni veereva ratta mudel. Milliste DNA molekulide replikatsiooni puhul seda on kirjeldatud? 1. Paljude viiruste genoomi replikatsioon. 2. Geneetilise info ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil. 3. Ribosomaalse RNA ekstrakromosomaalne amplifikatsioon amfiibide oogeneesis. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3' otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. Teine ahel sünteesitakse Okazaki fragmentide abil. 54. Molekulaarbioloogia põhidogma.
mõjutavad paljusid rakusiseseid protsesse on: cAMP, Ca-ioonid, diotsüülglütserool (DAG), cGMP, ionistool-trisfosfaat. 4. Joonistage cAMP struktuur ja selgitage kuidas see ühend tekib adenülaadi tsüklaasi reaktsioonis. Adenülaadi tsüklaas katalüüsib cAMP teket ATPst. Signaali tansduktsiooni protsessiga kaasneb hormooni sidumise efekti amplifikatsioon. Ühe hormooni molekuli sidumise tagajärjel tekib palju cAMP molekule. 5. Fosforülaas a ja fosforülaas b, T ja R vorm, allosteeriline aktiivsuse kontroll. 6. Fosforülaasi kinaasi ja valgu (glükogeeni) fosfataasi aktiivsused Glükolüüs SISSEJUHATUS 1. Defineerige glükolüüs. Selgitage milline on glükolüüsi roll energeetilises metabolismis. Glükolüüs on rada, millega glükoos konverteeritakse püruvaadiks
läbiminekul jaotub nukleosoom ajutiselt kaheks alaosaks; 4)kromosoomid on lineaarsed DNA molekulid ja nende otstest lühenemist kaitsevad telomeerid. 54. DNA replikatsiooni veereva ratta mudel. Milliste DNA molekulide replikatsiooni puhul seda on kirjeldatud? Replitseeruvad rõngaskromosoomid. Paljude viiruste genoomi replikatsioon; geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil; ribosomaalse RNA ekstrakromosomaalne amplifikatsioon amfiibide oogeneesis. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3’-OH otsast ning 5’-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. Teine ahel sünteesitakse Okazaki fragmentide abil. 55. Molekulaarbioloogia põhidogma
niisugune DNA molekulide/molekuli osade kopeerimine ongi DNA kloneerimine. DNA kloonimiseks kasutatakse kõige enam baktereid ja plasmiide. Plasmiidid on väiksed rõngasjad bakteriaalsed DNA molekulid, mis replitseeruvad bakterikromosoomist eraldi. Etapid: Uuritava geeni isoleerimine, fragmentatsioon- valitud lõigu eraldamine DNAst Viimine isereplitseeruvasse geneetilisse elementi (kloonimisvektor), ligeerimine Amplifikatsioon- DNA molekulide paljundamine Uuritava geeniga rekombinantsete kloonide selektsioon 42. Mis on cDNA? cDNA ehk komplementaarne DNA on RNA matriitsilt in vitro sünteesitud DNA molekul. In vitro on bioloogilise protsessi katseline läbiviimine või vaatlus organismiväliselt, katseklaasis. Isoleeritakse avalduvate geenid mRNA ning sünteesitakse pöördtranskriptaasiga komplementaarne DNA koopia ehk cDNA,
DNA segmenti, mille replikatsiooni kontrollitakse ühe replikatsiooni alguspunkti ja 2 termineeriva järjestuse poolt, nimetatakse replikoniks. 54. DNA replikatsiooni veereva ratta mudel. Milliste DNA molekulide replikatsiooni puhul seda on kirjeldatud? Veereva ratta mudeli alusel toimub paljude viiruste genoomi replikatsioon, geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil ning ribosomaalse RNA ekstrakromosomaalne amplifikatsioon amfiibide oogeneesis. Selle mudeli alusel replitseeruvad tsirkulaarsed DNA molekulid. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Replikatsioon algab, kui järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3'-OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. See ots nagu "veereks" rõngalt maha.
Agressiivsus agressiivsus (ingl. Aggressive)- Oluline käitumuslik kõrvalekalle, ründevalmidus. 9. PPT 1. Sekvenaatorid ja sekveneerimine sekveneerimine (ingl. Sequencung)- Järjendamine. Koondnimetus meetoditest, millega määratakse nukleiinhapete nukleotiidne järjestus ja polüpeptiidide aminohappeline järjestus. 2. PCR, olemus polümeraasi ahelreaktsioon (PCR) (ingl. Polymerase chain reaction, PCR)- Kindla DNA-järjestuse amplifikatsioon in vitro tingimustes, mis toimub paljukordse denaturatsiooni, oligonukleotiidsete praimerite hübridatsiooni ja polünukleotiidi sünteesi tsüklite tulemusel. 3. Fluorestsentsmärgistamine 4. Kontiigid kontiig (ingl. Contig)- DNA kattuvad alad (segmendid) või kogum kattuvaid kloone, mille põhjal saab moodustada DNA pidevjärjestuse või konkreetse kromosoomipiirkonna füüsilise kaardi. 5. Genoomide assambleerimine 1
andurid, intratsellulaarsed retseptorid, transkriptsiooni faktorid, raku tsükli kontroll valgud, DNA parandu valgud, apopoosi valgu. Geeniekspressiooni regulatsiooni tasemed rakus. Kontroll transkriptsiooni tasemel – kontrollitakse kui sageli ja millal transkribeeritakse vastavat geeni (transkriptsioonifaktorid, steroidhormoonid ja nende retseptorid, DNA promootor- ja enhanserpiirkonnad, heterokromatiniseerumine, DNA metüleerimine, geenide selektiivne amplifikatsioon). Kontroll RNA protsessingu tasemel – kontrollitakse, kuidas toimub primaarse transkripti splaissing (RNA transkriptist eemaldatakse intronid ja seejärel ühendatakse eksonid) või mõni muu modifikatsioon. Kontroll RNA transpordi tasemel – kontrollitakse, milliseid mRNA molekule viiakse tsütoplasmasse, kus toimub valkude süntees. Kontroll translatsiooni tasemel – kontrollitakse, milliste tsütoplasmas leiduvate mRNA
suhtes suures osas trisoomne ning Downi sündroomiga. Duplikatsioonid esinevad looduses sagedamini kui deletsioonid ja nad on harva letaalsed. Duplikatsioonide kaudu on võimalik uurida geenide kvantitatiivset toimet - nende arvu (doosi) suurenemisega kaasnevaid fenotüübilisi muutusi. Duplikatsioon kromosoomis tekib tavaliselt sellega homoloogse kromosoomi deletsiooni arvel (ühe homoloogse kromosoomi osa liitub teisega).homoloogse kromosoomi fragmendi liitumisel teise kromosoomiga. Amplifikatsioon - rohkema kui normaalse arvu (tavaliselt kaks) geeni koopiate olemasolu rakus. Praktilistel põhjustel on see HER2 puhul defineeritud kui > 5 koopia. Selle tulemusel rakud jagunevad ja kasvavad kiiremini kui norm. Kromosoomi segmendi puudumist nimetatakse deletsiooniks. Geneetilise materjali kaotsiminek, seda sõna võib kasutada nii geeni kui ka kromosoomi puuduva osa kirjeldamiseks. Suuri deletsioone on võimalik tsütoloogiliselt tuvastada
lahtikeerdumist. Kui güraas on inhibeeritud näiteks nalidiksiinhappe või koumermütsiini poolt, bakterites DNA replikatsiooni ei toimu. Veereva ratta replikatsioonimudel Veereva ratta mudeli alusel toimub paljude viiruste genoomi replikatsioon, geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil ning ribosomaalse RNA ekstrakromosomaalne amplifikatsioon amfiibide oogeneesis. Nagu juba nimi vihjab, replitseeruvad selle mudeli alusel tsirkulaarsed DNA molekulid. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Replikatsioon algab, kui järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3'-OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. See ots nagu "veereks" rõngalt maha
lahtikeerdumist. Kui güraas on inhibeeritud näiteks nalidiksiinhappe või koumermütsiini poolt, bakterites DNA replikatsiooni ei toimu. Veereva ratta replikatsioonimudel Veereva ratta mudeli alusel toimub paljude viiruste genoomi replikatsioon, geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil ning ribosomaalse RNA ekstrakromosomaalne amplifikatsioon amfiibide oogeneesis. Nagu juba nimi vihjab, replitseeruvad selle mudeli alusel tsirkulaarsed DNA molekulid. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Replikatsioon algab, kui järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3'-OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. See ots nagu "veereks" rõngalt maha
annaabi.ee 
