Geeni ekspressioon: translatsioon ja geneetiline kood (0)

Sarnased õppematerjalid

79

doc

BIOinformaatika kodutöö 5

http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=eco&mapno=00010 Drosophila glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=dme&mapno=00010 Homo sapiens glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00010 aldodaas: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?enzyme+4.1.2.13 püruvaatkinees: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?enzyme+2.7.1.40 b. Leida vastavad geenid ­ KEGG-i entry numbrid, geeni nimed, nukleotiidsed järjestused ning asukohad geenikaardil. Aldolaas : Escherichia coli K12 MG1655: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?eco+b2097 Drosophila melanogaster: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?dme+Dmel_CG6058 Homo sapiens: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?hsa+226 Püruvaatkinaas : Escherichia coli K12 MG1655: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?eco+b1676 Drosophila melanogaster: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?dme+Dmel_CG7069

Bioinformaatika

38

pdf

Molekulaarbioloogia konspekt

katalüüsib DNA sünteesi RNA matriitsilt ja seega sai selgeks, et DNA'd sünteesitakse nii DNA kui RNA alusel. Revertaas leiti esialgu imetajate RNA viirustest (retroviirustestest), aga hiljem selgus, et see ensüüm on looduses väga laialt levinud nii eu- kui prokarüootides. Geneetilise informatsiooni ülekande kolm põhilist protsessi on: 1. Replikatsioon - päriliku materjali (mis võib olla nii DNA kui RNA) kahekordistumine. Elusorganismide geneetiline informatsioon on säilitatud kaheahelalise DNA kujul. Erandi moodustavad mõned RNA viirused, mille geneetilise materjali kandjaks on RNA. RNA viiruste puhul on replikatsioon RNA kahekordistumine. Ülejäänud organismidel on replikatsioon DNA kahekordistumine. Replikatsioon on DNA süntees. DNA süntees toimub liskas replikatsioonile veel rekombinatsiooni ja reparatsiooni käigus. Teiselt poolt on replikatsioon laiem mõiste

Molekulaarbioloogia

8

pdf

Apolaarsed aminohapped

Apolaarsed (hüdrofoobsed) aminohapped Leutsiin (Leu,L) Proliin (Pro, P) Alaniin (Ala, A) Valiin (Val, V) Kaks ülemist happelised Aspartaat (Asp, D) Glutamaat, Glu, E) Neli alumist Metioniin, Met, M) Trüptofaan (Trp, W) apolaarsed Fenüülalaniin (Phe, F) Isoleutsiin (Ile, I) Kolm Treoniin (Thr, T) Tsüsteiin (Cys, C) esimest polaarsed, neutr. (laenguta) Türosiin, Tyr, Y) Histidiin (His, H) Kolm viimast aluselised Lüsiin Arginiin (Lys, K) (Arg, R) Biokeemia 3 Loeng 3 N. Samel  Polaarsed neutraalsed (laenguta) aminohapped Glütsiin (Gly, G) Seriin (Ser, S) Asparagiin (Asn, N) Glutamiin (Gln, Q) 

Keemia

3

doc

Valkude metabolism

VALKUDE METABOLISM Valkude metabolism - üks osa lämmastikuringest. Gaasiline lämmastik (N2 ) moodustab -80% atmosfäärist. Lämmastiku üldhulk Maal on ~4 x10 15 tonni = ~80 t/m2 LÄMMASTIKU FIKSEERIMINE · Molekulaarne (gaasiline) N2 Assimileerivad ainult mõned mikroorganismide ja vetikate liigid, sh mulla mikroorganismid (Azotobacter, Klebsiella, Clostridium) liblikõieliste taimede juurte sümbiootiline mikrofloora (Rhizobium) vesikeskkonnas elavad tsüanobakterid · Mineraalne N: NO3-, NH4+ Assimileerivad taimed ja mikroorganismid · Orgaaniline N: valgud, aminohapped, nukleotiidid jt. N-ühendid Assimileerivad loomad NB! Osaliselt seotakse ka metabolismis tekkiv NH4+ (NH3) LÄMMASTIKU FIKSEERIMISEKS ON VAJA · Ensüüme - NITROGENAASID · Redutseerijaid - NADH, NADPH · Energiat ­ ATP VALGUD TÄISVÄÄRTUSLIKUD JA MITTETÄISVÄÄRTUSLIKUD Sisaldavad kõiki 10 asendamatut e. essentsiaalset aminohapet Vai Leu Me Thr Met Lys Phe Trp Arg His NB! NB! Valgud ei ladestu organi

Biokeemia

31

ppt

Valgu sünteesi geneetiline kontroll

Valgu sünteesi geneetiline kontroll 1942: George Beadle ja Edward Tatum Uurisid hallitusseenel, mis on haploidne kas geenid määravad valku. Üks geen ­ üks ensüümOne GeneOne Enzyme Hypothesis Iga geen kontrollib ühe ensüümi aktiivsust Hiljuti: üks geen ­ üks polüpeptiid Praegu: "üks geen ­ palju geeni produkte 1958: George Beadle (Cal. Tech); Edward Tatum (Rockefeller Instituut) Neurospora crassa elutsükkel: 1. Neurospora paljuneb mittesugulisel teel koniidiumite abil (spoorid) 2. Neurospora on haploidne, seega iga mutatsioon avaldub (vastandina diploidne) 3. Lühike elutsükkel, kasvab lihtsal söötmel (N, C, biotin). · Sünteesib praktiliselt kõik eluks vajaliku nendest lihtsatest ühenditest 4. Levib vegetatiivselt mütseeli teel ja spooridega 5

Geneetika

2

docx

Aminohapped

III. AMINOHAPPED. PEPTIIDID. 1. Aminohapped: molekuli ehitus, proteogeensete (valkudes esinevate, harilike) aminohapete üldarv, grupid tulenevalt keemilisest ehitusest, struktuurid, nimetused ning ühe- ja kolmetähelised koodid. Milliseid ebaharilikke aminohappeid teate? Aminorühm mis on seotud valgus on tetraeedrilise kujuga. Proteogeenseid aminohappeid on 20, mida peame teadma. Grupeerumine: Apolaarsed ehk hüdrofoobsed: Leutsiin(Leu,L), Proliin(Pro,P), Alaniin(Ala,A), Valiin(Val,V), Polaarsed ehk neutraalsed: Glütsiin(Gly,G), Seriin(Ser,S), Aspargiin(Asn,N), Glutamiin(Gln,Q), alaliigitus: happelised ja H+ loovutajas on Aspartaat(Asp,D), Glutamaat(Glu,E), Jälle apolaarsed: Metioniin(Met,M), Trüptofaan(Trp,W), Fenüülalaniin(Phe,F), Isoleutsiin(Ile,I), jälle polaarsed ehk laenguta: Treoniin(Thr,T), Tsüsteiin(Cys,C), Türosiin(Tyr,Y), ja aluselised ja h sidujad: Histidiin(His,H), Lüsiin(Lys,K), Arginiin(Arg,R). Veel saab grupeerida, nagu biokeemia praktikumiraamatus oli: ali

Üldbioloogia

16

docx

Aminohapete metabolism

1. Valkude seedimise ja imendumise põhiaspektid Valkude seedimise bioloogilised põhiülesanded on: • lõhustada valgud imenduvateks aminohapeteks, • kaotada valkude antigeenne struktuur, • kindlustada vabade aminohapete fondi täienemist ja lämmastiku tasakaalustatud bilanssi. Valkude seedimist suuõõnes ei toimu. Seedimine hakkab maos soolhappe ja pepsiinide tõttu. Soolhape – maoseina venitus ja ärritus toidu poolt vallandavad närvilõpmetest atsetüülkoliini -> indutseerib gastriini vabanemise G rakkudest -> aktiveerib histidiini dekarboksülaasi -> muudab histidiini histamiiniks -> karboanhüdraasi aktivatsioon -> toodab süsihapet, mille üheks lõhustumisproduktiks on prootonid -> annavad sekretoorsetes kanalikes kloor-ioonidega soolhappe. Soolhappe biofunktsioonid on: toiduvalkude denaturatsioon, osalemine aktiivse pepsiini tekkes pepsinogeenist, sekretiini vallandumise initsieerimine. Pepsiinid – tekib pepsinogeenidest HCl toimel, nad on happekindlad protea

Keemia

64

docx

“Valgu biosüntees 2012” loengute põhipunktid

sagedus peegeldab konkreetse piirkonna translatsiooni kiirust. Rakkudest eraldatakse polüsoomid. Ribosoome töödeldakse ribonukleaasiga. Tekivad 36-40 nt pikkused fragmendid, mis suunatakse sekveneerimisse. Kõik sobivate pikkustega fragmentide järjestused saadakse teada ja paigutakse genoomidesse. Vaadates palju sarnaseid fragmente on, saame määrata nende aktiivsuse tase. Mida rohkem ühte lõiku, seda aeglasem on sealkohal translatsioon. Saame ribosoomide profiili mRNA-de peal. Töödeldes polüsoome nukleaasiga, muutuvad nad kõik 70S-ks. Kui mRNA sisaldab Shine-Dalgamo järjestsutega sarnased, siis jääb sel kohal translatsioon seisma, katkeb.  Kvantitatiivne mass-spemktromeetria valgusünteesi uurimisel Füüsikaline meetod, mis võimaldab väga täpselt määrata mingisuguste osakeste massi ja laengust (selle suhet). Nt peptiidide hulka segus. Põhineb stabiilsete isotoopidega märkimisel.

Valgu biosüntees

Meedia

Kommentaarid (0)