AMINOHAPPED. PEPTIIDID 9 PRIMAARSTRUKTUUR. VALKUDE ISELOOMUSTUS JA BIOLOOGILINE ROLL 14 VALKUDE RUUMILISED STRUKTUURID 16 SISSEJUHATUS ENSÜMOLOOGIASSE 21 ENSÜÜMIKINEETIKA 25 ENSÜÜMIKATALÜÜSI KEEMILISED MEHHANISMID 30 KATALÜÜSI REGULATSIOON 34 MOLEKULAARMOOTORID 43 LIISI KINK 2 BIOKEEMIA test I I. BIOKEEMIA AINE
ka kõrvalahel sisaldada dissotseeruvaid rühmi (pKaR).
pI valgu isoelektriline punkt, mis iseloomustab tema elektrilisi omadusi. pI on selline keskkonna pH väärtus, mille juures
valgu molekuli summarne laeng võrdub 0-ga . Kui pH=pI: laeng ,,0" ei liigu elektriväljas; kui pH
Katalüüsi soodustavad faktorid. Miks ja kuidas saavutatakse ES kompleksi destabiliseerimine? Siirdeseisund ehk aktiveeritud vaheoleku moodustumine. Siirdeolek on ühendil lähteaine ja produkti vahepealne olek, ebastabiilne. (Kõrgeim punkt reaktsioonikoordinaadil). Katalüüs aktiveeritud siirdeoleku stabiliseerimine. Katalüüsi toimumiseks on vajalik energeetiline barjäär ES kompleksi ja siirdeseisundi kompleksi vahel peab olema väiksem kui barjäär S ja X vahel; Ensüüm peab siduma X tugevamini kui S või P. Katalüüsi soodustavad faktorid: 1)Lähedus ja orientatsioon 2) Entroopia vähenemine ES moodustamisel 3)ES destabiliseerimine mida suurem ES energia, seda suurem kiirus; ES energia tõstmine antud EX energia korral tõstab katalüüsi kiirust. V. ENSÜÜMIKINEETIKA. (Õpik lk 81-88, 100-108) 1. Keemilise kineetika põhimõisted - reaktsiooni kiirus, kiiruskonstandid, reaktsiooni järk
Globulaarsed valgud - Vahendavad rakufunktsioone. Globulaarseid valke on rohkem. Heeliksid ja lehed moodustavad põhistruktuuri. Sissepoole jäävad hüdrofoobsed aminohapped, välja polaarsed. Seespool olevad polaarsed NH ja C=O rühmad neutraliseeritakse paljude H - sidemetega. Valgu pind koosneb paljudest lingudest ja pööretest, mis ühendavad seespool olevaid heelikseid ja lehti. Pinnal olevad elemendid võivad interakteeruda väikeste molekulidega või valkudega. Sellel põhineb ka ensüüm - substraat interaktsioonid, rakkude signaalülekanne, immuunvastus. Kiudvalgud ehk fibrillaarsed valgud - Enamik polüpeptiidahelaist on peaaegu paralleelsed kiu teljega; Kiudvalgud on mehaaniliselt tugevad; Kiudvalgud on harilikult vesikeskkonnas lahustumatud; Bioloogiline roll on peamiselt struktuurne; Olulisemad esindajad:-keratiin, fibroiin, kollageen. Valgumoodulid ehk domeenid - kompaktselt kokku pakitud, kuid teineteisest polüpeptiidahela lõiguga eraldatud ala
Organ struktuurseks/funktsionaalseks tervikuks ühendatud erinavte kudede kogum. Elundkond ühiseks eesmärgiks ühendatud erinevate funkts. organid. Hulkrakne organism kudedest, organitest ja elundkondadest koosnev isend. Populatsioon teatud levilas olevad samaliigliste isendite kogum Kooslus teatud levilas elavad populatsioonide kogum Ökosüsteem bioloogiline kooslus oma füüsikalises/keemikalises kk-s. Biosfäär organismide poolt asustatud ala. RAKKUDES TOIMUVAD KEEMILISED REAKTSIOONID: · Funktsionaalsete rühmade ülekanne · Oksüdeerumine / redutseerumine · C-C sideme teke/katkemine · Funktsionaalsete rühmade ümberpaigutamine ühe või enama süsinikuaatomi pmber · Molekulide kondenseerumine H-O-C-N vahelised sidemed on kovalentsetest tugevaimad. (H-H; C-H; C-O; C-C tugevuse järjekorras). MITTEKOVALENTSED SIDEMED: · Van der Waalsi jõud tekivad indutseeritud elektrilistest interaktsioonides
Ensümoloogia alused. Kordamisküsimused Ensüüm kui valk: valgu struktuur, aminohapped, mittekovalentsed interaktsioonid, vesilahused ja unikaalsed vee omadused. Valgu funktsioneerimise tagab tema struktuur. Ensüüm kui katalüsaator: keemiline reaktsioon, termodünaamika, kineetika, katalüüs, mehhanism, ensüümide kasutamine tööstuses. Ensüüm kui bioloogiline katalüsaator: sidustatud reaktsioonid, bioenergeetika, metabolism, regulatsioon, klassifikatsioon ja nomenklatuur. Ensüümid on organismide tööhobused. 1) Ensüümkatalüüsi põhimõisted ja printsiibid + Ensüümkatalüüsi peamised tunnus- jooned. · Ensüümkatalüüs põhineb rangelt füüsikalistel ja keemilistel vastasmõjudel. · Kõik ensüümid on evolutsioonilise arengu produktid ja kujunenud selliseks, nagu me
Tuletis on tan . on funktsioonile antud punktis tõmmatud puutuja (sirgjoon) tõusunurga tan. Avaldub kui, Hetkkiirus väheneb antud näites, sest substraati jääb vähemaks. Punase joone tõus on algkiirus, rohelise joone tõus on hetkkiirus 30 min järel, sinise joone tõus on hetkkiirus 1 h järel. Kiirus tee endale hästi selgeks!! Ensüümid mõjutavad reaktsiooni kiirust ainult, ei saa panna midagi tekkima, kui seda ei ole, siis pole, ensüüm ei aita sellisel juhul! 1 Reaktsiooni skeem aA+bBuU+rR. Suured tähed ained ja väikesed stöhhiomeetria kordajad. Biokeemias enamasti need 1 ehk 1 molekul ühes reaktsiooni tsüklis. Pärisuund vasakult paremale, vastasuund paremalt vasakule. v(päri)=reaktsiooni skeem+massitoimeseadus, seega vpärivõrdeline[A]a[B]b, vpäri=kpäri[A]a[B]b. Vaata edasi massitoimeseaduse juurest! vvastas=kvastas[U]u[R]r
kolmvesiniksidet C RNA koostises esinevad samad lämmastikalused välja arvatud see, et üks pürimidiin T on asendatud teise pürimidiiniga, uratsiil (U). 13.(109) Kas DNA esineb eukarüootses rakus reeglina ühe või kaheahelalise molekulina? DNAkaheahelalise molekulina, RNAüheahelalisena 14.(110) Miks toimub DNA ahela süntees alati 5´otsast 3`otsa suunas? (sama küsimus ka RNA kohta). Replikatsiooni läbi viiv ensüüm DNA (või RNA) polümeraas saab nukleotiide liita vaid 3'C külge. Seega jääb DNA/RNA "ülemisse" otsa nukleotiid vaba 5'OHrühmaga ja reaktsiooni saabki nimetada 5'3' suunaliseks. 15.(111) Millise sideme kaudu on ühendatud nukleotiidijäägid DNA ahelas? a) fosfodiesterside Nukleotiid lämmastikalus + suhkur + monofosfaat Nokleotiidid on ühendatud lineaarseks polümeeriks nukleiinhappeks 3'5' fosfodiestersidemega 16
Kõik kommentaarid