Bio-
ja geenitehnoloogia eksami kordamisküsimused
1.
Mis
on rekombinantne DNA tehnoloogia , selle ajalugu, meetodid ja rakendused .
Rekombinantse DNA tehnoloogia on tehnoloogia, mis võimaldab DNA'd
sünteesida ja manipuleerida mittelooduslikul teel. Mikroobe on
kasutatud toiduproduktide tootmiseks nagu leib, juust ja alkohol.
Tuhandeid aastaid on kasutatud selektiivset ristamist nii taimede kui
loomade puhul. 20ndal sajandil hakkasid teadlased ära kasutama
bakterite loomulikku ainevahetust tootmaks tööstuslikul skaalal butanooli , atsetooni, antibiootikume.
Tänapäeval
on spetsiifilisi geene võimalik eraldada peaaegu ükskõik millisest doonororganismist (nagu nt inimene, taimed või bakterid ) ning viia
(kloneerida) see peaaegu ükskõik millise teise retsipient organismi
genoomi. 1:9-12.
2.
Kirjeldage
võrdlevalt eu- ja prokarüootset geeni.
Prokarüüotsel puuduvad intronid , DNA rõngaskromosoomina ehk
plasmiidina, DNA ei ole liitunud valkudega, replikatsioon algab vaid
ühest puntkist, replikatsioon ja transkriptsioon kiiremad, kiire
paljunemine, iga mutatsioon satub kohe loodusliku valiku alla, kuna
on haploidne kromosoomistik , on RNA, geenide rekombinatsioon
paraseksuaalne, puudub tuum.
3.
Mis
on intronid ja eksonid ja kus neid esineb? Mittekodeerivad
ja kodeerivad geeniosad. Esineb geenides.
4.
50 punkti
Autor soovib selle materjali allalaadimise eest saada 50 punkti.
~ 18 lehte
Lehekülgede arv dokumendis
2019-06-18
Kuupäev, millal dokument üles laeti
25 laadimist
Kokku alla laetud
0 arvamust
Teiste kasutajate poolt lisatud kommentaarid
tc4rolt
Õppematerjali autor
DNA sünteesi käigus, mille läbi viivaks ensüümiks on DNA polümeraas. DNA paljundamiseks kasutab see PCR- meetodit. Reaktsiooni keskkonnaks on veetilga sarnane emulsioon(õlitilk), kus igas üksikus tilgas paljundatakse DNA lõiku. Iga nukleotiidi lisandumisel uude ahelasse vabaneb prüofosfaat. Pürosfaat on substraadiks erinevate reaktsioonide toimumiseks, mille tulemusel vabaneb valguskiirus, mis registreeritakse ja tänu millele saab järjestada terve ahela. Illumina Solexa tehnoloogia puhul algab töö genoomse DNA fragmeteerimisega ultraheli vahendusel, mille tulemusel saadakse suhteliselt ühtlase pikkusega DNA segu. Seejärel liidetakse nende DNA lõikude otstesse adapteroligonukleotiidid ja puhastatakse. Nüüd järgneb DNA amplifitseerimine, mis Illumina platvormi puhul toimub tahkele kandjale seotult. Selleks kasutatakse nn. Flow-Cell-i, kus paiknevad adapteritega komplementaarsed oligonukleotiidid, millele liidetakse DNA fragmendid
fragmentide isoleerimine genoomist ning viimine replitseeruvatesse DNA molekulidesse – kloneerimisvektoritesse. Saadud rekombinantset DNA-d paljundatakse rakkudes – saadakse palju koopiaid ehk kloone. Vastavat protseduuri nimetatakse geenide kloneerimiseks (kloonimiseks). Kloneerimisel on mitmeid rakendusi: o DNA primaarjärjestuse määramine o Geeni(de) avaldumise regulatsiooni uurimine o Geeniproduktide funktsioonide uurimine o Geenitehnoloogia Lisaks geenide kloneerimisele on võimalik DNA-d paljundada nii in vivo kui in vitro – PCR. Kasutatavad ensüümid: o Nukleaasid – ensüümid, mis lagundavad NH-s fosfodiestersidemeid *Eksonukleaasid – lagundavad NH ahelat kas 5’- või 3’-otsast *Endonukleaasid – lagundavad NH-d, lõhkudes fosfodiestersidemeid ahelasiseselt (nt restriktsioonilised endonukleaasid ehk restrikaasid). Restriktaasid tunnevad ära
omadused. Pharmaseq nanotehnoloogia: ülekandjad viiakse lahusesse, igal ülekandjal on erinev oligo küljes. Lahus sisaldab fluorokroomidega ühendatud DNAd. Pärast hübridisatsiooni ergastatakse proovid laseriga, mis põhjustab kindla koodiga raadiosignaali tekke ülekandjal. Nii on võimalik sekveneerida. Põhinevad mitte andmepunktide kogumisele X,Y koordinaadistikus vaid andmepunktid on assotseerunud unikaalsete eri päritolu koodidega, andmeanalüüs kas FACS või mikroskoopia. Pharmaseq tehnoloogia testi ajal viiakse ülekandja lahusesse, mis sisaldab fluorokroomidega ühendatud DNA-d. Pärast hübridisatsiooni ergastatakse proovid laseriga, mis põhjustab raadiosignaali tekke, ja ülekandja identiteedi tuvastamise. 14. Mutatsioonide tüübid · nukleotiidi asendus suhteliselt tavalised. Transversioon (pürimidiin asendus puriiniga ja vastupidi), transitsioon sagedasem (pürimidiin asendus pürimidiiniga ja puriini asendus puriiniga)
edasi terve geen. 57. Miks on oluline teada organismide genoomide täispikki järjestusi?' Genoom organismi rakus olev täielik DNA järjestus. Genoomi täispikka järjestust on vaja teada, et näha võimalike mutatsioonide asukohti genoomis, arvestades seda, et ainult 10% geenidest avaldub. Selle abil on võimalik prognoosida, millised haigused võivad avalduda ja on võimalik kasutada teaduslikes uuringutes. 58. Miks on soolekepike ning pärmid head geenitehnoloogia mudelobjektid? Soolekepikese ehk soolebakteri järgi on mugav uurida bakterite geneetikat, füsioloogiat ja biokeemiat. Soolekepike on odav, väike ja seda on lihtne paljundada Pärmide järgi uuritakse raku organelle ja pärm on põhimudel eukarüootide molekulaarsete ja rakuprotsesside uurimiseks. Pärmid on odavad, neid on lihtne paljundada ja nad on väikesed. Pärmide uurimisel on saadud selgust sündmuste
1. Selgita ,,tömbi" ja kohessiivse otste põhimõtet (,,blunt" ja ,,sticky ends") Need otsad saadakse erinevate restriktsiooni tüüpide tulemusena. Tömbi otstele on iseloomulik komplimentaarse aluste baaspaari olemasolu. Lihtsam ligeerida vektoriga. Probleemiks DNA võib endast ümber pöörata ning valesti sisse minna. Kohessiivsed otsad ilmuvad astmelise katkestuste tõttu (trepi sarnased otsad.). Väga kergesti kleepuvad omavahel: aitavad bakteriofaagile moodustada rõbjast struktuuri. 2. Mis rolli mängib DNA metüleerimine restriktsiooni analüüsis? Metüleerimise abil kaitstakse DNA restriktsiooni eest. Nii nt.kaitseb E.coli oma genoomset DNA enda poolt toodetud restriktaaside eest. Sellega v
LOMR.01.005 Kordamisküsimused 2015-03-09 1. Mis on imputeerimine? Statistikas tähendab imputeerimine puuduolevate andepunktide täitmist. Geneetilistes uuringutes tähendab imputeerimine puuduolevate genotüüpide ennustamist. 2. Mis kasu on imputeerimisest? Analüüsi võimsuse kasv Tihedam markerite katvus Meta-analüüs Haplotüübianalüüsid – võimalik analüüsida markereid, mida pole olemas ei genotüpiseeritud kui imputeeritud markerite hulgas. CNV (copy number variation) ja indel’ite analüüsid Genotüpiseerimisel tekkinud vigade ja puuduolevate genotüüpide täitmine – genotüpiseerimisel jääb osa inimeste genotüüpe määramata. Selliseid puuduolevaid markereid saab imputeerimise abil taastada. 3. Mille poolest erineb harvade variantide analüüs GWAS analüüsidest? Harvade variantide analüüs võimaldab saada informatsiooni variantide koht
Kordamisküsimused Geenitehnoloogia I 1. Millised molekulid on polümeerid? Polümeerid ehk kõrgmolekulaarsed ühendid on ained, mille molekulid koosnevad kovalentsete sidemetega seotud korduvatest struktuuriühikutest elementaarlülidest. Looduslikud polümeerid: polüsahhariidid (tselluloos, kitiin, tärklis), valgud, nukleiinhapped (DNA, RNA). Polümeerid on väga suured molekulid, moodustunud kui sajad monomeerid liituvad pikkadeks ahelateks. 2. Nukleotiidide lühiiseloomustus. Nukleotiidid on orgaanilised molekulid, mis moodustavad suuri biopolümeere- nukleiinhappeid, näiteks DNA ja RNA. Nukleotiidid on DNA ja RNA molekuli alaüksused, mis koosnevad lämmastikalusest (N-alus), suhkrust (riboos või desoksüriboos) ja fosfaatrühmast. Lämmastikalused on kas puriini või pürimidiini derivaadid. Puriinid: kahte lämmatikku sisaldava tsükliga ühendid, aden
kasvaja võib siirduda algkoldest teistesse kudedese, kuid heamloomuline seda ei tee. 60. Mis on onkogeenid, mis tuumorsuppressorid? Onkogeen on geen, mis soodustab ja kontrollib rakkude jagunemist. Kuid ta võib põhjustada ka loomarakkude kasvu täieliku peatumise või vohamise ja kasvajate teket. Tuumorsuppressorid on geen, mille produktid pidurdavad mitoosi pärssimise teel raku jagunemist. Nende inaktiveerumine põhjustab kasvajaid. 61. Miks on soolekepike ja pärmid väga head geenitehnoloogia mudelobjektid? Geneetilistes katsetes tuleb teha ristamisi, jälgima tunnuste pärandumist ja analüüsima suurt hulka järglaskonda. Ristamise eeldiseks on, et ka alamatel organismidel oleksid sugulise sigimise mehhanismid. Katsete tarvis peab olema võimalik kasvatada uuritavaid organisme odavalt laboratoorsetes tingimustes. Soolekepike vastab kõigile nendele tingimustele. Lisaks paljuneb ta uskumatult kiiresti, andes järglaspõlvkonna 20 minutiga. E
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
Kõik kommentaarid