Apolaarsed aminohapped (0)

Sarnased õppematerjalid

2

docx

Aminohapped

III. AMINOHAPPED. PEPTIIDID. 1. Aminohapped: molekuli ehitus, proteogeensete (valkudes esinevate, harilike) aminohapete üldarv, grupid tulenevalt keemilisest ehitusest, struktuurid, nimetused ning ühe- ja kolmetähelised koodid. Milliseid ebaharilikke aminohappeid teate? Aminorühm mis on seotud valgus on tetraeedrilise kujuga. Proteogeenseid aminohappeid on 20, mida peame teadma. Grupeerumine: Apolaarsed ehk hüdrofoobsed: Leutsiin(Leu,L), Proliin(Pro,P), Alaniin(Ala,A), Valiin(Val,V), Polaarsed ehk neutraalsed: Glütsiin(Gly,G), Seriin(Ser,S), Aspargiin(Asn,N), Glutamiin(Gln,Q), alaliigitus: happelised ja H+ loovutajas on Aspartaat(Asp,D), Glutamaat(Glu,E), Jälle apolaarsed: Metioniin(Met,M), Trüptofaan(Trp,W), Fenüülalaniin(Phe,F), Isoleutsiin(Ile,I), jälle polaarsed ehk laenguta: Treoniin(Thr,T), Tsüsteiin(Cys,C), Türosiin(Tyr,Y), ja aluselised ja h

Üldbioloogia

12

docx

BIOKEEMIA Mõisted

  kõrvuti asetsevad aminohappe jääkide R rühmad on trans - asendis  Peptiidsidemes osalevad C=O ja N-H on polaarsed ja võimelised moodustama H –sidemeid  Tavatingimustes stabiilne, mitteensümaatiliselt hüdrolüüsub vaid tugevate hapete või alustega kuumutamisel  Molekulid võtavad mitmeid sobivaid konformatsioone (vajalikud füsioloogiliste funktsioonide täitmiseks) Proteinogeensed aminohapped: o Neutraalsed:  ALA – alaniin MET – metioniin  PHE – fenüülalaniin GLY – glütsiin  LEU – leutsiin GLN – glutamiin  ILE – isoleutsiin CYS – tsüsteiin  VAL – valiin THR – treoniin

Biokeemia

3

doc

Valkude metabolism

moodustab -80% atmosfäärist. Lämmastiku üldhulk Maal on ~4 x10 15 tonni = ~80 t/m2 LÄMMASTIKU FIKSEERIMINE · Molekulaarne (gaasiline) N2 Assimileerivad ainult mõned mikroorganismide ja vetikate liigid, sh mulla mikroorganismid (Azotobacter, Klebsiella, Clostridium) liblikõieliste taimede juurte sümbiootiline mikrofloora (Rhizobium) vesikeskkonnas elavad tsüanobakterid · Mineraalne N: NO3-, NH4+ Assimileerivad taimed ja mikroorganismid · Orgaaniline N: valgud, aminohapped, nukleotiidid jt. N-ühendid Assimileerivad loomad NB! Osaliselt seotakse ka metabolismis tekkiv NH4+ (NH3) LÄMMASTIKU FIKSEERIMISEKS ON VAJA · Ensüüme - NITROGENAASID · Redutseerijaid - NADH, NADPH · Energiat ­ ATP VALGUD TÄISVÄÄRTUSLIKUD JA MITTETÄISVÄÄRTUSLIKUD Sisaldavad kõiki 10 asendamatut e. essentsiaalset aminohapet Vai Leu Me Thr Met Lys Phe Trp Arg His NB! NB! Valgud ei ladestu organismis! NH3 (NH4+) ASSIMILEERIMINE

Biokeemia

34

ppt

Geeni ekspressioon: translatsioon ja geneetiline kood

Geeni ekspressioon: translatsioon ja geneetiline kood Geeni väljendus on valk; kui rakul on vaja valku, siis tuleb lugeda vastavat geneetilist koodi. 1. Translatsioon mRNAl oleva info konverteerimine a/h järjestuseks ehk polüpeptiidiks Geneetilise info lugemine kahe etapiline: 1. Transkriptsioon ­ sünteesitakse DNA matriitsil üheahelaline RNA molekul DNA matriitsil Valk ehk proteiin: Suure mol.kaaluga, lämmastikku sisaldav orgaaniline ühend Sisaldab ühte või mitut polüpeptiidi. Polüpeptiidid koosnevad aminohapetest Aminohapped: Amino grupp (NH2) Karboksüül grupp (COOH) Tüüpiiselt on laetud kaks rühma a/h (NH3+ and COO) Vesiniku aatom R grupp (igal a/h erinev) 20 erinevat aminohapet: Lühendid kolmetähelised vahel ka ühetähelised Neli gruppi (omadused R grupist): 1. Happelisi (n = 2) 2. Aluselisi (n = 3) 3. Ne

Geneetika

79

doc

BIOinformaatika kodutöö 5

Bioinformaatika 5 Andmebaasid (KEGG, NCBI, RCSB), järjestuste (SMS, BioEdit) ja struktuuride (SPdbV) analüüs 1. KEGG-i kasutamine (http://www.genome.jp/ a. Leida liikide Escherichia coli K12 MG1655, Drosophila melanogaster ja Homo sapiens glükolüüsi rajad ning ensüümid aldolaas ja püruvaatkinaas. Escherichia coli glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=eco&mapno=00010 Drosophila glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=dme&mapno=00010 Homo sapiens glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00010 aldodaas: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?enzyme+4.1.2.13 püruvaatkinees: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?enzyme+2.7.1.40 b. Leida vastavad geenid ­ KEGG-i entry numbrid, geeni nimed, nukleotiidsed järjestused ning asukohad geenikaardil. Aldolaas : Escherichia coli K12 MG1655: http://www.kegg.com/dbget-

Bioinformaatika

15

docx

Molekulaar - ja rakubioloogia I kontrolltöö kordamisküsimused

Happelised: Aspartaat, Glutamaat. Hüdrofoobsed: Alaniin, Valiin, Leutsiin, Metioniin, Isoleoutsiin, Fenüülalaniin, Trüptofaan, Tyrosiin. Hüdrofiilsed: Arginiin, Lüsiin, Aspargiin, Glutamaat, Proliin, Aspartaat. Polaarsed: Türosiin, Histidiin, Lüsiin, Arginiin, Aspartaat, Glutamaat, Treoniin, Seriin, Aspargiin, Glutamiin. Mittepolaarsed: Alaniin, Valiin, Leutsiin, Isoleutsiin, Fenüülalaniin, Metioniin, Proliin, Trüptofaan. 2. Valemid Hüdrofiilsed aminohapped Hüdrofoobsed ja mittepolaarsed aminohapped  3. Peptiidside, C-ja N-terminus Peptiidside - kovalentne amiidside aminohapete vahel. Valkude primaarstruktuuri alus. Kondensatsioonireaktsioon, eraldub vesi. . Peptiidside on planaarne, osaliselt kaksiksidemelise olemusega- tänu resonantsefektile. Tagab ka peptiidsideme pikkuse 1,33A (vs.1,45A tavaline). Peptiidside on jäik ja samatasapinnaline- trans peptiidside. Osaliselt laetud: amiidrühma N on osaliselt

Molekulaar - ja rakubioloogia loengud

5

docx

Ainete tuvastamine kvalitatiivsete reaktsioonidega, valkude reaktsioonid

amiid- ehk peptiidsidemetega. Peptiidside moodustub aminohappe karboksüülrühma reageerimisel teise aminohappe aminorühmaga, mille käigus eraldub vesi- seetõttu, nimetatakse taolist reaktsiooni ka kondensatsioonireaktsiooniks. Valkude koostises on 20 üldlevinumat aminohapet, mida nim. ka proteogeenseteks aminohapeteks. Lisaks neile on mõnedes valkudes ka nn ebaharilikke aminohappeid, mis on üldjuhul levinud aminohapete derivaadid. Tuntud on ka aminohapped, mida valkude koostises pole, kuid mis täidavad siiski olulisi funktsioone (-alaniin). Proteogeensed aminohapped jaotatakse struktuuri ja polaarsuse järgi: · Polaarsete mitteionogeensete radikaalidega: Gly(Glütsiin), Ser(Seriin), Asn(Asparagiin), Gln(Glutamiin), Thr(Treoniin), Cys(Tsüsteiin), Tyr(Türosiin) · Ionogeensete radikaalidega aluselised: Arg(Arginiin), Lys(Lüsiin), His(Histidiin)

Biokeemia

10

docx

Biokeemia kordamisküsimuste vastused 2

struktuuri? Üheahelalised polünukleotiidid võivad sõltuvalt nende primaarstruktuurist ja keskkonnatingimustest esineda rea erinevate kõrgemat järku struktuuridena. 21. Joonistage võimalik kõrgemat järku struktuur, mille antud oligonukleotiid võib moodustada. (erinevad järjestused) UCAGUUGGAGCUUCCAACAUU AGUCAACCUGAAGGUUGUAA 22. Mis on valgu monomeerideks? Kõik valgud on polümeerid, mille monomeerideks on a-aminohapped. 23. Millised aminohapped on toodud joonisel? (kolm aminohapet 20 hulgast) 1. Valniin 2. Türosiin 3. Glutamiinhape 24. Joonistage -aminohappe üldine struktuur. H2N-C(R,H)=O(-OH) 25. Milline on nimetatud aminohapete kõrvalahela laeng pH 7 juures? a) asparagiinhape b) alaniin c) arginiin Vaatan kõrvalahelat, kui on COOH, kaob ära H ning tekib negatiivne laeng. Kui on =NH3+, siis kaob üks H ära. Kuna algselt on pluss laeng, siis see käitub aluselisena. 26. Nimetage kuus hüdrofoobse kõrvalahelaga aminohapet.

Analüütiline keemia

Meedia

Kommentaarid (0)