Plasmiidide abil geeni paljundamise pôhietapid on järgmised: 1) plasmiidi isoleerimine bakterirakust (tavaliselt kasutatakse E. coli plasmiide); 2) plasmiidi "lôikamine" spetsiifilise restriktaasiga; 3) paljundatava geeni vôi DNA-lôigu "väljalôikamine" kromosoomist sama restriktaasiga- s.o. geeni isoleerimine; 4) isoleeritud geeni "istutamine" plasmiidi 5) plasmiidi viimine bakterirakku ja bakteri kasvatamine, mille käigus paljuneb ka vastav plasmiid. 6) paljundatud geeni isoleerimine plasmiididest DNA sekveneerimise põhimõte DNA sekveneerimine - DNA nukleotiidse järjestuse kindlaks tegemine. Ensümaatilise meetodi puhul kasutatakse DNA-polümeraasi abil toimuva topeltahela sünteesi blokeerimist kindla nukleotiidi kohal. Tulemuseks on erineva pikkusega fragmendid, mille elektroforeesil joonistub välja DNA molekuli NH järj...
Millised on PCR-diagnostikalabori organisatsiooni põhiprintsiibid? Puhas ruum · Puhtas ruumis hoitakse reaktsioonilahuseid · Segatakse kokku reaktsioonisegu nn. mastermix · Puhtas ruumis oma kittel, pipetid, räkid nendega ei tohi liikuda teistesse ruumidesse Mida tehakse patogeeniruumis? · DNA eraldamine proovimaterjalist (seerum, uriin jne) · Rakud lüüsitakse, DNA vabastatakse teda pakkivatest valkudest · Edasi liigub juba mittepatogeenne materjal ehk puhastatud DNA · Siin oht nakatada iseennast ja keskkonda! Segamiseruum · Segatakse kokku patogeeniruumist tulnud DNA ja puhtas ruumis kokku segatud mastermix Siin enam nakkusohtu ei ole, kuid kantakse kummikindaid oht kontamineerida testitav materjal Siin tavalisi desinfektsioonilahuseid kasutada ei saa, pindade puhastamine DNAd lõhkuvate ainetega (kloor!) Siin asub arhiiv proovimaterjalist eraldatud DNA säilitatakse 1 aasta laborikoodide alusel Ma...
Nukleosiid koosneb lämmastikalusest ja suhkrust 2. Nukleotiid Lämmastikalus( puriin v pürimidiin) + suhkur+fosforhappe jääk ( fosforüül) 3. Oligonukleotiid RNA v DNA jupp, mis koosneb mitmest nukleotiidist( tavaliselt kuni 20 nukleotiidi) oligonukleotiid on lühike DNA/RNA järjestus 4. Geen- DNA molekuli funktsionaalne lõik, mis tavaliselt sisaldab informatsiooni ( mRNA vahendusel) ühe VALGU sünteesiks ( rRNA ja tRNA geenid ei kodeerivalgumolekule 5. DNA denaturatsioon - vesiniksidemete katkemine ja polünukleotiidiahelate lahknemine ( kõrge temp. 85 90 ºC)v tugeva aluse v happe mõjul 6. DNA renaturatsioon e noolutamine - termodenatureerunud DNA aeglasel jahutamisel toimuv ahelate reassotsiatsioon 7. DNA sekveneerimine - DNA nukleotiidse järjestuse määramine Lämmastikalused jaotatakse põhistruktuuri alusel - puriin (adeniin, guaniin)...
· Thermoplasma liikidel on membraanides omapärased glükolipiidid (lipopolüsahhariididele sarnased molekulid), mis annavad neile vastupidavuse kõrgele temperatuurile ja madalale pHle. Need glükolipiidid koosnevad tetraeeterlipiidist, millega on seotud mannoosi ja glükoosi jäägid. Genoom on v. väike. Tal on leitud ka histoonid ja aktiinitaoline valk, mis agregeerub rakuskeleti niitideks. Genoomi sekveneerimine lubas oletada, et Thermoplasma ja Sulfolobus solfataricuse vahel on nähtavasti toimunud palju horisontaalset ´geenivahetust. Mõlemad elavad sarnases keskkonnas! · Aastal 2000 kirjeldati Ferroplasma acidophilum, mis on kestata punguv mükoplasmalaadne arhe. Ei ole nii termofiilne, kui Thermoplasma. Membraanis dieeterlipiidid. Oksüdeerib rauda ja mangaani hapnikuga. Kemolitoautotroof. · Arhede evolutsioonipuul hargnevad hästi juure lähedalt....
ACTINOBACTERIA (AKTINOMÜTSEEDID) · Grampositiivsed bakterid · Eristatakse 2 hõimkonda: 1) Firmicutes (madal GC sisaldus DNA-s) 2) Actinobacteria (kõrge GC sisaldus DNA-s) 3) Piiriks GC sisaldus 55% · Grampositiivsed bakterid ei eristu evolutsiooniliselt vanima rühmana 16S rRNA puul. Küll aga eristuvad nad vanimate rühmadena valgujärjestuste analüüsi põhjal tehtud puudel (Gupta koolkond). · Gupta järgi on arhed lähedased grampositiivsete bakteritega ja evolutsioneerunud ühisest eellasest (mõlematel ka ühekihiline rakukest rühm Monodermata. Gramnegatiivsed bakterid on keerulisema kahekihilise rakukestaga ja evolutsiooniliselt nooremad rühm Didermata Hõimkond Actinobacteria (aktinomütseetide rühm). Suur ca 130 perekonda · Morfoloogiliselt on siin rühmas 1. ebakorrapärased pulgad ja mikrokokid, 2. bakterid, kelle elutsüklis on pulk-kokk-pulk tsükkel j...
Suhkrute lühiiseloomustus. (CH2On) e süsivesikud on org.ühendid : koostis süsinik, vesinik, hapnik. Lihtsuhkrud monosahhariidid. Liitsuhkrud *oligosahhariidid (2-10 kovalentselt seotud monosahhariidi jääki); *polüsahhariidid (sadu kuni tuhandeid monosahhariidi jääke). Monosahhariidid jagunevad: *C-aatomite arvu järgi (trioos, tetroos); *funk.ühma järgi (aldoosid, ketoonid); *tsüklilise struktuuri alusel (püranoosid, furanoosid). Polüsahhariidid: *homopolüsahhariidid (ühe monosahhariidi jäägid); *heteropolüsahhariidid (mitme monosahhariidi jäägid); *hargnenud või lineaarse ahelaga. Bioloogiline roll: *väga mitmekesine ja looduses laialt levinud org.molekulide klass; *päikese energia salvestatakse fotosünteetiliste organismide poolt süsivesikutesse; *paljude biomolekulide eelühendid;...
[email protected] 1. MIKROORGANISMIDE MITMEKESISUS Traditsiooniliselt phineb koosluste mitmekesisuse hindamine liigilise koosseisu mramisel, konkreetsete liikide arvukuse hindamisel ja iga liigi funktsiooni teadmisel. Mikroorganismide puhul on kigi nende nitajate usaldusvrne mramine hetkel veel vimatu. Miste mitmekesisus kasutamine mikroorganismide puhul on erinev kui makro-organismide korral. Mikroorganismide puhul ei ole vimalik mitmekesisuse hindamiseks kasutada ksnes organismi morfoloogilisi ja anatoomilisi tunnuseid, vaid tuleb kasutada lisaks veel spetsiifilisi fsioloogilisi tunnuseid. Rohkem kui 100 aastat phineski mikroobide mitmekesise hindamine fenotbilistel tunnustel ning mikroobide sarnasuse hindamiseks kasutati numbrilist taksonoomiat. 20 aastat tagasi arvati, et ca 40% prokarootidest on teada, praegusel hetkel on isegi...
väljaarendamisele ? (Nimetage mõned teie arvates olulisemad) 1869 DNA avastamine 1953 kaksikheeliks 1969/70 ensüümid restriktaasid PCR 1989 Taq polümeraas kaksikheeliksite de- ja renaturatsioon nukleotiidide komplementaarsus 11. Milliseid molekulaardiagnostika meetodeid kasutatakse Eestis nakkushaiguste diagnoosimisel? Hübriidimine (sh FISH) PCR sekveneerimine mikrokiip-analüüs 12. Milliseid meetodeid kasutatakse patogeensete mikroorganismide tuvastamiseks (mikroskoopia, isoleerimine ja kultiveerimine, biotestid, immunotestid s.o antigeeni määramine ja antikehade määramine, biokeemilised testid, molekulaarbioloogilised testid) ? Erinevate meetodite plussid ja miinused. Meetodid: 1. mikroskoopia vanim, väga kiire, odav. Paljude patogeenide puhul annab väga hea tulemuse. Valgusmikroskoobid on odavad...
Suhkrute lühiiseloomustus. e süsivesikud on org.ühendid : koostis süsinik, vesinik, hapnik. Mono oligo polüsahariidid Mono: madalmol. Ained süsinike arv (enamasti) 36 5e süsinikulised monosahariididest on olulised riboos ja desoksüriboos Need kuuluvad nukleotiidide koostisesse, millest koosnevad nukleiinhapped. 6e süsinikulised suhkrud (C6H12O6) glükoos(viinamarja suhkur) & fruktoos(puuviljasuhkur) Nii glükoos kui fruktoos on organismis põhilised energia allikad. Roh. Taimedes valmib glükoos fotosünteesi tulemusena. Glükoosi järkjärgulisel oksüdatsioonil CO2 ja H2O´ks vabaneb energia (17,6KJ/g) Oligosahhariidid on madalmolekulaarsed ühendid, mis on enamasti mood. 23 monosahariidi seostumisel. Ntx glükoos + fruktoos = sahharoos(roo ja peedisuhkru põhiosa) Sahharoos Maltoos(linnasesuhkur) koosneb kahest glükoosi jäägist. laktoos(piimasuhkur) kuulub ka oligosahhariidide hulka Polüsahh...
Die Gentechnik, -en - geenitehnoloogia 2. der Aminosauer, -äure- aminohape 3. die Biosynthese, -n - biosüntees 4. der Bakteriophag, -en - bakteriofaag 5. der Genexpression, -en - geeniekspressioon, -väljendumine 6. das Bronchialkarzinom, -e kopsuvähk 7. der Krebs, -e - vähk 8. die Epidemologie, -n -epidemoloogia 9. der Lungentumor, -en - kopsukasvaja 10. die Kanzerogene, -en - kantserogeen ( vähki põhjustav geen) 11. der Prävention, -en - ennetamine 12. der Antikörper- antikeha 13. der Biotransformation, -en - biotransformatsioon 14. die Enzyme, -en - ensüüm 15. ensymatisch- ensümaatiline 16. der Hämoglobin, -e - hemoglobiin 17. der Gerinnungsfaktor, -en - hüübimisfaktor 18. klonen- kloonima 19. die Genkartierung- geeni kaardistus 20. der Mikroorganismus- mikroorganism 21. die Zelle- rakk 22. der Allel- alleel 23. anaerob- anaeroobne 24. das Antigen, -e - antigeen 25. der Startcodon- star...
0779 ARETUSÕPETUS ÕPPEVAHEND EMÜ ÜLIÕPILASTELE Koostajad: A. Lüpsik E. Orgmets H. Viinalass TARTU 2009 GENEETIKA KUI TEADUS JA SELLE KOHT BIOLOOGIAS Geneetika on teadus organismide pärilikkusest. Mõiste geneetika tuleneb kreeka keelest ja tähendab sünnisse, põlvnemisse või tekkesse puutuvat. Tänapäeval on geneetika kujunenud bioloogia üheks keskseks haruks, sest ta uurib kõikidel organismidel esinevat nähtust pärilikkust ja selle muutumist ning geneetilise informatsiooni edastamise ja realiseerumise seaduspärasusi organismi elutsükli jooksul. Geneetika arengust sõltuvad elusorganismide soovikohase muutmise, valkude biosünteesi kontrolli ja ka...
Suhkrute lühiiseloomustus Suhkrud e süsivesikud- orgaanilised ühendid, mille koostisesse kuuluvad süsinik, vesinik ja hapnik. Suhkruid jagatakse 3 rühma: 1)Monosahhariidid e lihtsuhkrud (üks tsükkel)- kõige lihtsamad süsivesikud, mis koosnevad 3-6 süsinikuaatomist. Tähtsamad neist on: · 5-süsinikuga e pentoosid i. riboos (C5H10O5)- kuulub RNA (nukleotiidi) koostisesse. ii. desoksüriboos (C5H10O4)- kuulub DNA (nukleotiidi) koostisesse. · 6-süsinikuga e heksoosid i. glükoos e viinamarjasuhkur (C6H12O6)- tähtis energiallikas. Taimedes moodustub glükoos fotosünteesi käigus ja tihti talletatakse see tärklisena. Loomad saavad glükoosi toiduga nt tärklise lõhustamisel seedeelundkonnas. ii. Fruktoos e puuviljasuhkur (C6H12O6)- puuviljades ja mees esinev monosahhariid. Seda samu...
Suhkrute lühiiseloomustus. Org ühendid, mille koostises esinevad C, H ja O; jaotat mono-, oligo- ja polüsahhariidideks. Monosahhariidid e lihtsuhkrud on madalmolekulaarsed org ühendid, milles C arv 3-6, neist olulisemad riboos ja desoksüriboos kuuluvad nukleiinhapete koostisesse. Glükoos ja fruktoos on organismide põhilised energiaallikad. Oligosahhariidid moodustuvad 2-3 monosahhariidi omavah ühinemisel, nt sahharoos, maltoos, laktoos; madalmolekulaarsed. Polüsahhariidid on kõrgmolekulaarsed org ühendid, mille ehituslikeks lülideks on monosahhariidid; nt tärklis, tselluloos ja glükogeen. Sahhariidide põhiül: energeetiline ja ehituslik. 2. Lipiidide lühiiseloomustus. Org ühendite klass, kuhu kuuluvad rasvad, õlid, steroidid, vahad jt vees enamasti mittelahustuvad ühendid. Nad lahust org lahustites, nt alkoholis ja eetris. Organismide energ...
© MIHKEL HEINMAA, kevad 2010 BIOKEEMIA | I TESTIKS | Mihkel Heinmaa YAGB22 | TTÜ | veebruar 2010 I BIOKEEMIA AINE. RAKU EHITUS 1. Bioelemendid: H, O, C, N + P, S moodustavad üle 99% kõikidest aatomitest inimekehas. H, O, C, N on nii sobivad elukeemiale, kuna neil on võime moodustada kovalentseid sidemeid elektronpaaride jagamise teel. Bioloogilised makromolekulid: valgud, nukleiinhapped, polüsahhariidid, lipiidid. Kovalentsete sidemete abil lihtsatest molekulidest konstrueeritud biomolekul. - Molekulaarne hierarhia rakus: Anorgaanilised eellased (CO2, H2O, NH3, N2 NO3 ) > metaboliidid (püruvaat, tsitraat, suktsinaat...
TTÜ | MIHKEL HEINMAA | SÜGIS MMIX GEENITEHNOLOOGIA YTG0011 LOENGU KONSPEKT SÜGIS 2009 LUGES ERKKI TRUVE TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL | MATEMAATIKA-LOODUSTEADUSKOND |GEENITEHNOLOOGIA MIHKEL HEINMAA |YAGB11 VALGUD 24/09/09 Miks üldse rakkudel on vaja DNAd? Elusa raku muudab elusaks rakuks kõik need biokeemilised reaktsioonid, mis nendes rakkudes toimuvad ja need biokeemilised reaktsioonid toimuvad neis rakkudes ainult tänu sellele, et meil on olemas valgud, katalüsaatorid, mis neid reaktsioone teostavad. Ehk teisisõnu, valgud on tegelikult need, mis teevad elusast rakust elusa raku. DNA ainuke roll on säilitada infot, kuidas need valgud kokku panna. Me juba teame, et nukleiinhapped on polümeerid, millede monomeerideks on nukleotiidid. Valgud on ka polümeerid, millede monomeerideks on aminohapped. Kui nukleotiidid polümeriseerusid, siis nende vahele mood...
Mida tähendab mõiste ,,prokarüoot" ? Kolm domeeni:arhed, bakterid ja eukarüoodid. Prokarüoodid kuuluvad arhede ja bakterite domeeni. Prokarüoot: eeltuumne. Arhed, nende erilisus, sarnasus bakteritega ja eukarüootidega. Arhede peamiseks erinevuseks bakteritest on nende sarnasused eukarüootidega. Veel: metaani moodustamine, Sarnasused bakteritega: rõngaskromosoom, genoomi suurus, operonide esinemine, mRNA intronite puudumine, 70s ribosoomid, metabolismiensüümide aminohappeline järjestus. Sarnasused eukarüootidega: Histoonid, rakuskelett, DNA-seoseline RNA polümeraas kompleksne ja koosneb paljudest subühikutest, transkriptsioonifaktorid homoloogsed eukarüootide omadega. Arhede erilised elupaigad: mustad suitsetajad, ülisoolased veekogud. Mustadel suitsejatel elavad hüpertermofiilid, nagu nt Pyrodictium occultum- meelist 105 kraadi, ra...
komplementaarsusel põhinevat üksikahelate paardumist) o Geelis lahutatud DNA/RNA kantakse üle (nailon) membraanile nii , et nad oleksid üksikahelad. o Meid huvitav järjestus märgistatakse radioaktiivselt vm meetodil o Lastakse üksikahelatel omavahel paarduda o Mittepaardunud proov pestakse maha ja NA asukoht tuvastatakse märgise järgi · Sekveneerimine järjestuse määramine o Praegu kasutusel ensümaatiline meetod, kus DNA polümeraas lisab vahel ahela sünteesi käigus dNTP asemel didesoksünukleotiidi, mis lõpetab antud ahela pikenemise. Märgistatud DNA ahelda geel-elektrofreesis pikkuse järgi. Geenikogud 1. Genoomse DNA kogud 2. cDNA kogud (eri liigid ja koed) ainult eksoneid sisaldav, annab infot geenide avaldumise kohta. PCR(polümeraasi ahelreaktsioon...
Kirjutage võrrand, mis seob omavahel difusiooniga seotud vabaenergia muutuse ja kontsentratsiooni gradiendi (aine kontsentratsioon rakus sees jagatud aine kontsentratsioon rakust väljas). G = RTln 2. Aine A liigub rakku passiivse difusiooni teel. Milline on difusiooniga seotud vabaenergia muutus olukorras, kus aine A kontsentratsioon rakus ja rakuvälises keskkonnas on võrdne. a) ei saa öelda b) 0 c) negatiivne d) positiivne 3. Millise ühendi passiivne difusioon läbi rakumembraani on kõige aeglasem ja millise kõige kiirem? (erinevad ühendid) a) glükoos b) H2O c) Na+ Na aeglane H2O kiire Kiiresti hüdrofoobsed ained O2; H2O; EtOH jne Kõige aeglasemad ioonid 4. Kirjutage võrrand, mis seob omavahel difusiooniga seotud vabaenergia muutuse ja kontsentratsiooni gradiendi (aine kontsentratsioon rakus sees jagatud aine kontsentratsioon rakust väljas) ning arvestab ka membraanpotentsiaali. G = RTln + ZFoutin Z laengute arg F = 9650...
See on mikrosatelliitse kordus DNA määramine. Mikrosatelliidid on kiiresti muteeruvad mittekodeerivad DNA lõigud, mis koosnevad tandeemselt korduvatest nukleiididest. Kuna nad muteeruvad suhteliselt kiiresti, siis populatsioonid erinevad korduste arvu poolest. Esmalt koguti üle Aafrika eri elevantide fecest, eraldati sealt DNA ja määrati referents proovid. Seejärel eraldati spetsiaalse meetodiga salakaubana konfiskeeritud elevandiluust DNA ja võrreldi mikrosatellitide korduseid referntsiga. Genotüüp = organismi geenide (alleelide) kogum Fenotüüp = organismi tunnuste kogum Monohübriidne = kahe erineva homosügoodi ristamine (erinevad tunnused) Vastastikune ristamine (retsiprookne) = tunnused vahetatakse ristamiseks erinevatel sugupooltel (kui tulemus ei muutu, siis tunnus ei ole seotud sooga) Dihübriidne ristamine = ristatakse kahe tunnuse suhtes erinevaid homosügoote F1 x F1 ristamine: Mendel avastas, et t...
Molekulaarbioloogia I praktikumi töö (2012 a) Nimi: Inimese genoomi CpG "saarekestel" paiknevate geenide kloneerimine (genoomse DNA restriktsioon Cfr42I (SacII) abil, fragmentide kloneerimine pBS SK+ plasmiidi, E.coli transformatsioon, rekombinantse klooni eraldamine, restriktsioon-analüüs, PCR, sekveneerimine , bioinformaatiline analüüs) Imetajate genoomides on mitmed geenid koondunud nn. CpG saarekestele (CpG islands). CpG saareke on vähemalt 200 bp pikkune DNA lõik, milles on dinukleotiidi GC sisaldus vähemalt 50 %. Tavaliselt leidub CpG saarekesi (eriti koduhoidja-)geenide transkriptisooni alguspunktides või nende lähedal. Mujal genoomi piirkondades on CpG dinukleotiidi vähe, sest sellise dinukleotiidi tsütosiin metüleeritakse (replikatsioonijärgselt aitab eristada värskelt sünteesitud DNA ahelat vanast ahelast). Ekspresseeruvate geenide promootorpiirkondi ei metüleerita. Metüleeritud tsütosiin...