Kordamisküsimused geneetikas loeng 8 kohta: 1. Nimeta bakterites leiduvate transposoonide põhilised tüübid? Transposoonid ehk ,,hüppavad geenid" on transponeeruvad ehk mobiilsed geneetilised elemendid. Nii pro kui ka eukarüootides. Jaotatakse kolme põhitüüpi: IS elemendid, Tn elemendid ehk kompleksed transposoonid, Tn3 elemendid ehk replikatiivsed transposoonid. IS elemendid ehk insertion sequences (800 2000 np), suht identse ehitusega, võivad lülituda väga erinevatesse kohtadesse bakteri kromosoomis või plasmiidis, näit. IS50.Iseloomustus: väikesed, alla 2500 np, suht identse ehitusega sisaldavad ainult transpositsiooniks vajalikke geene mõlemas otsas on IR järjestused (inverted repeat) ehk 9 50 bp otsmised pöördkordusjärjestused (vastassuunalised, palindroomsed) IS-elemendi insertsioonil tekivad elemendi otstes 2 13 bp pikad DR- (direct repeat) ehk otsekordusj...
Kordamisküsimused loeng 5 kohta: 1. Mis on pärilikkuse molekulaarne alus? Pärilikkuse molekulaarne alus on geneetilise materjali kordistumine ning ülekanne ühe põlvkonna rakkudest teisele 2. Kirjelda katset ajaloost, mis näitas, et geneetilise info ülekanne toimub DNA abil? Looduses toimub DNA ülekanne surnud rakust elusrakku. 1928 F. Griffith; katse pneumokokiga (S. pneumoniae) - S tüüpi smooth limakapsliga rakud on patogeensed, R-tüüpi rough kapslita rakud ei ole. R elus ja S surnud rakkude seguga süstimisel hiired surid. Surnud rakud olid elus rakke muutnud e. transformeerinud patogeenseks. 1944 O. Avery jt. näitasid, et transformeeriv faktor oli DNA. Smooth rakkudest isoleeriti DNA, mida valikuliselt töödeldi DNA lagundavate ensüümidega. Transformatsiooni võime kadus. 3. Nukleotiidide ehitus DNA-s ja RNA-s? Nukleiinhapped koosnevad nukleotiid...
Geeni regulatsioon prokarüootidel: lac Operon E. coli trp operon E. coli 1. Regulatiivsed geenid Kontrollivad rakkude kasvu ja paljunemist Ekspressiooni reguleeritakse vastavalt raku vajadusele ja keskkonna poolt, ei ole pidev) 2. Konstitutiivsed geenid Ekspresseeritakse pidevalt "Housekeeping" geenid (vajalikud valgu sünteesiks ja glükoosi ainevahetuseks Kõiki geene reguleeritakse teatud tasemetel Operon Geenide klaster, mis reguleeritakse üheskoos ja mis vastutab ühe metaboolse ahela eest · Sisaldab:: Promootor Repressor Operaator ehk kontrolliv sait Kodeerivad järjestused Terminaator järjestus Kõrvuti asetsevad kodeerivad järjestused transkribeeritakse üheskoos, moodustub polügeenne mRNA Induktorid ja induktsioon Induktor keemiline aine (võib tulla ka keskkonnast), mis initseerib tarnskriptsiooni Induktsioon geeniprodukti sün...
Kordamisküsimused geneetikas bioloogia õppesuuna üliõpilastele loeng 11 kohta: 1. Sõnasta molekulaarbioloogia tsentraaldogma? Võib ka joonisena esitada. Geneetilise informatsiooni ülekandumine rakus toimub kindlates suundades: DNAlt RNAle ja RNAlt DNAle ja RNAlt valgule. 2. Nimeta geenide avaldumise kontrolli tasandid (2)? RNA tasand kontroll transkriptsiooni tasandil. valgu tasand - kontroll translatsiooni tasemel, - post-translatsiooniline kontroll. 3. Kus asuvad geeniekspressiooni kontrollpunktid transkriptsiooni tasandil? Esimesel tasandil - kontroll mRNA tekkel ehk transkriptsiooniline kontroll promootor, enhancerid jt. DNA järjestused transkriptsiooni kontrolliks + trans elemendid (regulaatorvalgud) transkriptsiooni käivitamise tasand, kontroll mRNA protsessingu tasemel, kontroll mRNA transpordi tasemel tuumast tsütoplasmasse, kontroll mRNA lagun...
Geenide regulatsioon Geenide ekspressioon = avaldumine Geenide ekspressiooni erinevused võimaldavad erinevaid rakumorfoloogiaid Inimese vananemine on geenide ekspressiooni muutus Kloonimine on geenide avaldumise reprogrammeerimine Mis on geen? • Tänapäeval on geeni mõistet raske defineerida. Varem oli lihtsam: üks geen – üks polüpeptiid. • Geen kui geneetilise informatsiooni üksus • Geen on reeglina (tuumas oleva genoomi või mitokondri) DNA nukleotiidne järjestus, mis on vajalik: a) valgu polüpeptiidi sünteesiks b) RNA molekulide (nagu tRNA ja rRNA) sünteesiks • Eukarüootse genoomi geenid on sagedasti ümbritsetud mittekodeerivate aladega. Homoloogsed, paralo ogsed ja ortoloogsedgeenid Homoloogsed geenid on need, mis on omavahel sarnased. Enamasti on nad evolutsiooni käigus tekkinud ühest ja samast eellasgeenist • Kui homoloo...
Bioloogiline evo-seisneb taimede, loomade ja muu looduse tekkes.Algsemate liikide väljaselgitamises ja vanuse määramises.Füüsikaline evo-areng, mis viis keemiliste elementide tekkeni ja universumi kujunemiseni.uuritakse ka taevakehi nii.Keemiline evo-sesineb molekulide ja ainete tekkes ja arengus.Molekuli areng aatomiteks.Anorg->org, org ühendid liitusid ja moodustasid makromolekule ja siis koonudsid makrom membraani sisse, mis eraldas neid ümbritsevast keskkonnast.Sotsiaalne evo-inimühiskonna areng.suhtlemine. J.B.Lamarck 1807.a.Vanemate elu jooksul omandatud tunnused ja omadused päranduvad järglastele.nt kaelkirjaks->iga järgnev venitab kaela järjest pikemaks.Ch.Darwin 1859.a.-Iga elusolend erineb oma liigikaaslastest.elusolenditel on omadus kiiresti paljuneda.Populatsiooni arvukus on stabiilne.nt. inimene on arenenud algelistest selgriigstest.Teooria põhineb fossiilidel.. Looduslik valik-oma elukeskkonnas kohasemate organismide eelis...
Cappimine- Kui RNAPolII on jõudnud sünteesida uuest transkriptist 25-30 nukleotiidi, siis 7metüülguanosiin ja teised 5'cap komponendid on juba mRNAde 5' otsa küljes. Seda algset staadiumi RNA protsessingus katalüüsib dimeerne capping ensüüm, mis seostub RNAPolII fosforüülitud CTDgaPolI- sünteesib ribosomaalset RNAd. CTD saba polII´l karboksüterminaalne domään, PolII- võib reguleerida väikesi tuuma RNAsid.PolII omab forforüleerivat karboksüterminaalset domääni.Osaleb lühikeste RNAde sünteesis( U6, 7s) Poly(A) saidid- elemendid ( konkreetsed järjestused) mille peale istub RNA sünteesi lõpetav/termineeriv kompleks lisatakse u 200bp adeniini saba. Pre-mRNA- 5'müts, eksonid, intronid, kaitsev 3' saba millel Poly(A) järjestus. Pre-mRNA allutatakse splaissingule-tekib küps mRNA mille tunnuseks on 5' cap ja 3' saba. RNProteins tunnevad ja detekteerivad RNAd tekib RNParticle. AG reegel- Ülavoolu: Int...
1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24486593 Inimese FoxO3a ekspressiooni vähenemine põhjustab neerurakkudes kartsinoomi teket ja kasvajarakkude metastaasi. 2. Pikkus 7341 aluspaari, paikneb kuuendas kromosoomis, lookuses NM_201559. Komponendid: 176-178 upstream in-frame stopp-koodon, arvukalt fosforüleerimis- ja metüleerimissaite, 1040-1093 tuumalokalisatsioonisignaal, 7320-7325 ja 7341 polüadenüleerimissait. 3. Pikkus 124,947 aluspaari, paikneb kuuendas kromosoomis, vahemikus 108 559 823- 108 684 769. Eksonite ja intronite koostist polnud võimalik leida. 4. Pikkus: 673 aminohapet. Koosneb mitmetest fosforüleerimis- ja metüleerimissaitidest, FH (forkhead) saidist, DNA-sidumissaidist ja tuumalokalisatsioonisignaalist. 5. Kuna eksonite ja intronite koostist polnud võimalik leida, polnud võimalik ka arvutada. 6. Rattus norvegicus FoxO3a homoloog on 672 aminohapet pikk, ning koosneb samadest saitidest, mis Homo sapiensi FoxO3a. Fox...
Geen ehk pärilikkustegur Omadused ja paiknemine määrab otse või kaudselt ühe või mitme tunnuse arengu avaldub tihti koostoimes teiste geenidega DNA molekuli funktsionaalne lõik, mis tavaliselt sisaldab informatsiooni ühe valgu sünteesiks hoiab enda sees informatsiooni, mille alusel ehitatakse ning säilitatakse organismi rakke Järglastele pärandab geneetilist materjali Definitsioon Geeni modernne definitsioon kõlab järgmiselt Geen on genoomi järjestuse ümberpaigutatav regioon, mis on päritav. Geenis on regulatoorsed regioonid, transkribeeritud järjestused ja palju muid funktsionaalsete järjestuste regioone Ehitus eksisteerivad struktuurilt ja tihti ka funktsioonilt erinevate alleelide kujul ühe geeni erinevaid variante nimetatakse alleelideks geen on nukleiinhapete järjestus Tähtis meelde jätta: Geenid kodeerivad valk...
DNA replikatsioon 1. Alternatiivsed mudelid 2. Poolkonservatiivne: MeselsonStahli katsed 3. DNA süntees ja elongatsioon 4. DNA polümeraasid 5. Replikatsiooni algus ja initsiatsioon 6. Prokarüootne/eukarüootne mudel (tsirkulaarne/lineaarne kromosoom) 7. Telomeeride replikatsioon Replikatsiooni alternatiivsed mudelid Ultratsentrifuugimine gradiendis 1958: Matthew Meselson ja Frank Stahli katse, milles näidati, et repliktsioon on poolkonservatiivne 1955: Arthur Kornberg Töötas E. coli'ga. Avastas DNA sünteesi mehhanismi in vitro Vajalik neli komponenti: 1. dNTPs: dATP, dTTP, dGTP, dCTP (deoxyribonukleosiid 5'trifosfosfaadid) (suhkuralus + 3 fosfaati) 2. DNA matriits 3. DNA polümeraas I (Kornbergi ensüüm) (DNA polymeraas II ja III avastati veidi hiljem) 4. Mg 2+ (optimeerib polümeraasi aktiivsuse) 1959: Arthur Kornberg (Stanford University) ja Severo Ochoa (NYU) DNA s...
Rakutuum Rakutuum esineb ainult eukarüootsetes rakkudes. Üks suurematest organellidest (5-25 µm). Ümbritsetud kahekordse membraaniga nn tuumaümbrisega. Välimine membraan on sageli seotud ER membraaniga ja kahe membraani vaheline ruum on ER luumeni jätkuks. Tuumamembraanid koosnevad lipiidsest kaksikkihist, milles esinevad teatud tüüpi valgud. Tuumas on eristatav tuumakese piirkond. Tuuma sisemist osa, mis ei ole tuumake, nimetatakse nukleo- e. karüoplasmaks. Tuuma struktuur ja koostis on määratud tuuma funktsioonidega. Tuumas paikneb DNA ja toimub DNA replikatsioon. Tuumas paikneval DNA-l sünteesitakse mRNA, tRNA, rRNA, samuti toimub tuumas ribosoomide subühikute teke. mRNA, tRNA ja ribosoomide subühikud peavad liikuma tuumast tsütoplasmasse. Tsütoplasmast tuuma peavad liikuma tsütoplasmas sünteesitud valgud (histoonid, regulaatorvalgud, DNA ja RNA polümeraasid jt) Seega läbi tuuma membraani peav...
Ande Andekas-Lammutaja Matemaatika Kombinatoorika Liitmislauset iseloomustab lause: ,,kas objekt A või objekt B." Kui A = n ja B = m, siis valikuks on n + m. Korrutamislauset iseloomustab lause: ,,nii objekt A kui ka objekt B." Kui A = n ja B = m, siis valikuks on n*m. Permutatsioonid on ühe hulga elemendi kõikvõimalikud järjestused. Permutatsioon nullist on üks. Variatsioonideks n elemendist k-kaupa ( k n ) nimetatakse n-elemendilise hulga kõigi k-elemendiliste osahulkade erinevaid järjestusi. Kombinatsioonideks n elemendist k-kaupa ( k n ) nimetatakse n- elemendilise hulga k-elemendilisi osahulki. Pn = n! n! =1 2 3 ... ( n -2) ( n -1) n n! V nk = n (n -1) ( n - 2) ... (n - k +1) = = C nk + ...
.Transkriptsioon Transkriptsioon- matriiksüntees, mille käigus saadakse DNA molekuli ühe ahela nukleotiidse järjestusega komplementaarne RNA molekul. Transkriptsioonil saasakse mRNA, tRNA ja rRNA molekulid. Transkriptsioon toimub tuumas. Seda viib läbi ensüüm RNA polümeraas. Ensüüm kinnitub () promootorile -DNA nukleotiidne järjestus. Kinnitumiseks vajalik aktivaatorvalgu eelnev kinnitumine. DNA kaksikahel keeratakse lahti sünteesitakse ühe ahelaga komplementaarne RNA molekul. Süntees lõppeb kui DNA jõuab terminaatorini (nukl. järjestus). Repressorvalgud võivad takistada ensüümi seostumist promootoriga. Kui geenilt toimub transkriptsioon, nim seda geeni avaldumiseks. Avaldumise järgi jaotatakse geenid 4 gruppi: Samaaegselt kõigis rakkudes avalduvad geenid- rRNA, tRNA. Kindla koe rakkudes avalduvad geenid- insuliini geen kõhunäärmerakk udes. Rakkude mingil kindlal elutegevuse etapil avalduvad geenid. N: loote elundkondade väljaarenemin...
Pseudogeenid ja geenifragmendid Geeniperekondadesse kuuluvad sageli defektsed geenikoopiad (pseudogeenid), sisaldades tervet kodeerivat järjestust või selle osi ehk geenifragmente (puuduvad 3` või 5`otsad). Kanal 51, inimesel 19000 pseudogeeni, arvukalt tsentromeersetes piirkondades! Protsessimata pseudogeenid on tekkinud genoomse DNA tasemel duplikatsioonide tagajärjel, fragmenteeritud geenide osad aga ebavõrdse ristsiirde või õdekromatiidide vahetuse kaudu. Protsesseeritud pseudogeenid ja retrogeenid tulenevad RNA transkriptide pöördtranskriptsioonist (LINE-1 elemendid) ja integratsioonist genoomi. Protsesseeritud pseudogeenid sisaldavad funktsionaalse geeni eksoneid ja omavad tavaliselt ühes otsas oligo (dA)/(dT) järjestusi. Tekkinud retrotranspositsiooni tagajärjel cDNA-dest (üle 2000 ribosomaalse valgu protsesseeritud pseudogeeni). Tavaliselt ei ekspresseeru. Ekspresseeritud protsesseeritud geenid ehk retrogeenid on samuti tekkin...
1. DNA replikatsioon * DNA replikatsioonikahvli struktuur Replikatsioonikahvel on Y-kujuline aktiivne struktuur, mis moodustub sünteesilookuse juures, kus 2-ahelaline DNA läheb üle 1-ahelaliseks. See tekib rakutuumas DNA replikatsiooni ajal. Selle loovad helikaasid, mis lõhuvad kahte DNA ahelat koos hoidvaid vesiniksidemeid. Selle tulemusena tekib kaks üksikahelat, mis moodustavadki kahvli harud. Need üheahelalised harud on aluseks juhtiva ja mahajääva ahela tekkele. * Imetaja DNA replikatsiooni kahvel (vt ka seminari materjali) 3` 5` 3` Topoisomeraas I liudklamber liugklamber Keerab ahela lahti 3 5 ` ` Klaambri laadur 5 ` Inimese rakutuumas sünteesitakse juhtiv ja mahajääv ahel Pol ja Pol abil...
Muutlikkus-organismide võime üksteisest erineda. Geen-DNA lõik, mis määrab ühe RNA molekuli. Geen osaleb mingi päriliku tunnuse kujunemises. Alleel-geeni esinemisvorm.Dominantsed-A Retsesiivsed-a Genotüüp-ühe organismi geenide kogum Mutatsioon-muutus DNA ehituses Mutageen-mutatsiooni põhjustav tegur Meioos- on rakujagunemise viis, mille käigus eellasrakust tekib neli haploidse kromosoomistikuga tütarrakku. Nii tekivad sugurakud. Replikatsioon-DNA kahekordistumine Muutlikuse vormid. Mittepärilik muutlikus-põhjus-keskkond, sõltub geenidest. NT:Suvel tumedama nahaga, talvel heledama. Pärilik e. Geneetiline a)kombinatiivne, ei tekita uusi tunnuseid. Nt: Silmad nagu emal, juuksed nagu isal. b)mutatsiooniline-uued DNA järjestused. Mutatsioonid. Muutuse ulatuse järgi: 1.geenimutatsioonid- kui muutub üksiku geeni struktuur 2.kromosoommutatsioon-46 kromosoomi, aga kromosoomi Kuju võib olla muutunud.nt. kassikisa sündroom. 3.geenimutatsioon-kro...
Bioinformaatika ülesanded II Fülogeneetilised puud. 1. DNA järjestuste fülogeneetiliste puude käsitsi koostamine kasutades kaugusmeetodeid (UPGMA, NJ). a. Moodustada antud 5 järjestuse kaugusmaatriks ning joonistada kvantitatiivne juurtega fülogeneetiline puu kasutades UPGMA meetodit. 1 ACAAACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTGGG 2 ACAAACAGTT TCTAGCGATT GCAGTCAGGG 3 ACAGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTCGG 4 ACTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGAG 5 ATTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGGA b. Koostada eelpool toodud järjestuste fülogeneetiline puu kasutades Neighbour Joining meetodit. c. Valida 4 järjestust (ülevalt) ja leida informatiivsed positsioonid (ML meetod). Koostada kõik võimalikud sugupuud (ML meetod) kasutades ainult informatiivsetest positsioonidest koosnevaid järjestusi, märkida mutatsioonide arv igale puuharule, leida kõige tõenäolisem sugupuu. d. Võ...
KOMBINATOORIKA k soodsate võimaluste arv P(A) = n = kõigi võimaluste arv Liitmislause – A või B, siis võimalusi n + m Korrutamislause – A ja B, siis võimalusi n m Permutatsioonid – ühe hulga erinevate järjestuste arv Faktoriaal – n! = n (n-1) (n-2) ... – 3 2 1 = n! nt 4! = 4 3 2 1 = 24 NB! 0! = 1, 1! = 1 3,7! – ei saa (-8)! – ei saa ÜLESANDED 1. 8 õuna, 13 ploomi, 6 pirni Mitu võimalust on, kui võtta.. a) Üks õun või üks ploom või üks pirn? Liitmislause (või) – 8 + 13 + 6 = 27 võimalust b) Üks õun kui ka üks pirn kui ka üks ploom Korrutamislause (ja/kui ka) – 8 13 6 = 624 võimalust 2. Tähestikus on 27 täht, mitu võimalust on kahetähelise kombinatsiooni moodustamiseks? a) Sama ei saa olla. 26 27 = 702 b) Sama sa...
VAADELDAV VALK: Forkhead box protein O3 Transkriptide võrdlus Homo Sapiens FoxO3 järjestusega Kattuvad Organism Järjestuse ID Pikkus järjestused Identsed alused Tühikud Pan troglodytes Simpans ref|XM_003311514.2| 7946 1 7076/7133(99%) 18/7133(0%) Sumatra Pongo abelii Orangutan ref|XM_002817219.2| 7812 1 7190/7343(98%) 46/7343(0%) Gorilla gorilla gorilla Gorilla ref|XM_004044495.1| 7595 1 7024/7175(98%) 73/7175(1%) Macaca mulatta Reesusmakaak ref|XM_001093593.2| 7300 1 7079/7328(97%) 66/7328(0%) Papio anubis Anubis baboon ref|XM_003898343.1| 7775 1 7094/7353(96%) 60/7353(0%) Dasypus 4216/4873(8...
LIISI KINK 1 VIROLOOGIA Grupp III dsRNA viirused Ehkki kõik need viirused erinevad, lisaks erinevate peremeesorganismide kasutamisele, teineteisest oluliselt ka genoomide ning virionide organisatsiooni poolest, leidub nende elutsüklites küllalt palju ühiseid jooni. 1. SUGUKOND BIRNAVIRIDAE Birnaviirustel on kahest segmendist koosnev dsRNA genoom, mille ahelate 5'-otstes asub kovalentselt kinnitunud genoomiga seotud valk (VPg, terminaalne valk) ning seetõttu moodustab birnaviiruste genoomne RNA VPg kaudu iseloomulikke mittekovalentseid tsirkulaarseid struktuure. Üks genoomi segment transleeritakse polüproteiinina, mis lõigatakse valmis valkudeks...
KLASSIKALINE GENEETIKA 1. Kas tütarkromatiidid on geneetiliselt identsed vi ei ja miks? On, sest nad tekkisid replikatsiooni tulemusel (samad geenid, samad alleelid). 2. Kas homoloogilised kromosoomid on geneetiliselt identsed vi ei ja miks? Ei, sest üks on saadud isalt ja teine emalt. 3. Millisteks osadeks jaotub rakutsükkel? Interfaas (G1, S, G2), profaas, metafaas, anafaas, telofaas (meioosi puhul jagunemisi 2). 4. Mis on mitoosi bioloogiliseks funktsiooniks? Organismi kasv, mittesuguline paljunemine, hävitatud rakkude asendamine; geneetiliselt identsete tütarrakkude saamine. 5. Mis on meioosi bioloogiliseks funktsiooniks? Geneetilise materjali ümberkombineerimine suguliselt sigivatel organismidel. 6. Miksa on mehed geneetiliselt kaitstud, naised aga mitte? Geneetiline konsultatsioon. Naistel munarakkude eellasrakkude arv määratud juba sünnihetkel ja elu jooksul neid juurde ei moodustu, seega vib sinna kuhjuda kikvimalikke muta...
Kuidas konstrueerida üht transgeenset looma? Transgeenne loom- loom, mille kõikide rakkude DNA järjestused sisaldavad võrra DNA- järjestuse. Et saada ühet transgeenset looma võib: 1) võtta viljastatud munarakku ja viia selle tummasse plasmiidi abil laboris valmispandud DNA-lõigu.Siis viia munarakk asendusema emakasse ja oodata laste sündimist. 2) võtta looma emakast blastotsüsdid, eralda neist tüvirakud ja lisada neile plasmiid DNA´d. Kui plasmiid DNA integreerub tüvirakkude kromosoomidesse, viia need tagasi blastotsüsti ja blastostüst viia aesendusema emakksse.Oodata laste sündi.Sellisel juhul sündivad nn kimäärsed loomad, milleosa rakkudest on transgeensed ja osa rakkudest on ,,normaalsed". Mis on embrüonaalsed tüvirakud? Tüvirakud on diferentseerumata algrakud, millest on võimalik kasvatada kudesid, elundeid ja organisme. Embrüonaalsed tüvirakud on kultuurina kasvatatavad raku...
Geneetika I kordamisküsimused (2012) 1. Molekulaargeneetika põhimõisted (mis on DNA, RNA, aminohapped jne) DNA -desoksüribonukeliinhape, kannab edasi pärilikku infot. Koplementaarsus ja antiparalleelsus- 5´ 3´ Sekundaarstruktuur- iga ahela täispööre e suur vagu(10 nukleotiidi), vahemaa N-aluste vahel e. väike vagu. RNA- ribonukeliinhape, viib läbi valkude sünteesi, geneetilised regulatsiooni protsessid RNA-analüüsi kasutatakse diagnostikas palju vähem, kuna RNA on palju ebastabiilsem (nii säilitamise, kui analüüsi suhtes). Vajadusel (RNA-viiruste analüüs) kasutatakse näiteks revertaasi polümeraas mis sünteesib RNA pealt DNA. Valgud- koosnevad ah, nende kaudu jõuab pärilik info tunnustesse Replikatsioon, transkriptsioon, translatsioon- matriitssüsteemireaktsioonid Nukleosiid- suhkur + lämmastikalus Nukleotiid- suhkur+ lämmastikalus+ fosfaatrühm ( lisaks nukleiinhappe mood. On teisi ül: ATP, koensüümide koostises...
GEENITEHNOLOOGIA KORDAMISKÜSIMUSED 1. Bioteaduste meetodika Loodusseadused on teaduslike faktide üldistused, mis võimaldavad samaaegselt selgitada mitmeid loodusnähtusi. Bioteaduste uurimisobjektid pärinevad loodusest : biomolekulid, rakud, organismid, populatsioonid, liigid, ökosüsteemid. Kasutatavad meetodid jaotatakse : vaatlus, võrdlus (võrdlev anatoomi, geenijärjestuse võrdlus), katse (kui muudetakse üht tingimust ja võrreldakse tulemusi nii muudetud kui muutmata tingimustega katse puhul) TEADUSLIKUD FAKTID ∨ Uurimisobjekt < PROBLEEMI PÜSTITAMINE > muutuja ∨ TAUSTAINFO KOGUMINE > teadusinfo ∨ Probleemi oletatav vastus < HÜPOTEESI SÕNASTAMINE ...
GEENITEHNOLOOGIA KORDAMISKÜSIMUSED 1. Bioteaduste meetodika Loodusseadused on teaduslike faktide üldistused, mis võimaldavad samaaegselt selgitada mitmeid loodusnähtusi. Bioteaduste uurimisobjektid pärinevad loodusest : biomolekulid, rakud, organismid, populatsioonid, liigid, ökosüsteemid. Kasutatavad meetodid jaotatakse : vaatlus, võrdlus (võrdlev anatoomi, geenijärjestuse võrdlus), katse (kui muudetakse üht tingimust ja võrreldakse tulemusi nii muudetud kui muutmata tingimustega katse puhul) TEADUSLIKUD FAKTID Uurimisobjekt < PROBLEEMI PÜSTITAMINE > muutuja TAUSTAINFO KOGUMINE > teadusinfo Probleemi oletatav vastus < HÜPOTEESI SÕNASTAMINE ...
Mitoos: vajalik organismi hukkunud rakkude asendumiseks ja vigastuste paranemiseks, kasvamiseks. Esmalt toimub rakutuuma jagunemine ehk karüokinees. Selle käigus tagatakse kromosoomides oleva geneetilise info võrdne jaotumine tuumade vahel. Karüokineesi lõpus algab tsütoplasma jagunemine ehk tsütokinees, mille tulemusena moodustub kaks tütarrakku. Päristuumsete rakkude jagunemise viisi, millega tagatakse kromosoomide arvu püsivus tütarrakkudes nim mitoosiks. Kahe mitoosi vahele jäävat raku eluperioodi nim interfaasiks. Raku eluringi ühe mitoosi lõpuni nim rakutsükliks. Interfaasis: organellide arv suureneb, toimub ATP ja teiste makroergiliste ühendite süntees, DNA kahekordistumine, raku mõõtmed suurenevad, jagunimisel on oluline, et tütarrakkudesse jääks ühesugune kromosoomistik. Selle lõpus on kromosoomid kahekromatiidilised. Nende koostisse kuulub kaks DNA molekuli, mille nukleotiidsed järjestused on üldjuhul identsed ja sisaldavad sa...
Meeldetuletuseks.. · DNA ehk desoksüribonukleiinhape · On enamikus elusorganismides pärilikku informatsiooni säilitav aine · Keemiliselt desoksüriboosist, lämmastikalustest ja fosforhappejääkidest koosnev polümeer · Harilikult koosneb adeniinist (A), guaniinist (G), tsütosiinist (C) ja tümiinist (T). DNA-analüüse kasutatakse · Isikute identifitseerimiseks · Bioloogilise põlvnemise tuvastamiseks, peamiselt isaduse määramiseks · Kurjategijate paljastamiseks · Meditsiinis geneetiliste haiguste diagnoosimiseks DNA-analüüs polümeraasi (PCR) ahelreaktsiooni meetodil · Tänapäeva molekulaarbioloogia üks põhimeetoditest · Meetodi aluseks on DNA-s olevad STR järjestused · Leiab rakendamist fundamentaaluuringutes, kliinilises ja ka kohtupraktikas · Võimaldab mõne tunniga tekitada miljoneid koopiaid DNA järjestusi PCRi etapid · DNA denaturatsioon - kaksikheeliks laguneb kaheks ük...
Kordamisküsimused 2015 Sissejuhatus 1. Molekulaarse evolutsiooni olemus ja seos teiste teadusharudega. Põhiprobleemid, millega molekulaarne evolutsioon tegeleb. Molekulaarsete ja morfoloogiliste tunnuste erinevus evolutsiooni uurimisel. Molekulaarne evolutsioon kirjeldab molekulaarsel tasemel toimuvaid evolutsioonilisi muutusi, uurib evolutsiooniprotsessi käimalükkavaid molekulaarseid mehhanisme ja geenide, genoomide ja nende produktide (sh valkude) muutusi evolutsiooniprotsessis. Peamisteks aladeks on makromolekulide evolutsiooni uurimine, geenide ja organismide evolutsioonilise ajaloo uurimine ehk molekulaarne fülogeneetika, elu tekke ja päritolu uurimine. Molekulaarne evolutsiooniga seotud teadusharudeks on molekulaarbioloogia (andmed) ja populatsioonigeneetika (teooria). Molekulaarset evolutsiooni uuritakse liikidevaheliste erinevuste ja liigi...
Eukarüootide riigid ja nende peamised tunnused · Taimed -autotroofsed organiismid -olemas plastiidid (hloroplaastid) - rakukest koosneb tselulloosist · loomad - rakukest puudub - heterotroofse toitumisega organiismid - hulkrakksed päristuumsed organiismid · protistid - tavaliselt üherakkulised organismid (puudub liitsruktuur) - võivad olla nii heterotroofsete kui ka autotroofsete organismidena - mõnedel protistidel puuduvad mitokondrid - tavaliselt elavad vees, niiskuses maapinnas ja loomadekehas - erinevad kehavormid · seened -rakukest koosneb kitiinist -heterotroofsed organiismid - osmotroofiline toitumine Seeneraku ehitus Seeneraku tsütoplasmas on samad organellid, mis on loomarakuehituses (tuum, ribosoomid,mitokondriid, Lüsosoom, Golgi kompleks, Tsütoplasma, Tsütoplasmavõrgustik). Kuna seened...
Kordamisküsimused geneetikas. Loeng 3: 1. Millised analüüsimeetodid klassikalises geneetikas võimaldavad ennustada ristamise tulemusi ja arvutada lahknemissuhteid? Punnetti ruutmeetod, hargnemismeetod, tõenäosusmeetod, sugupuu analüüs. 2. Millised statistilised meetodid võimaldavad hinnata, mil määral eksperimentaalsed andmed teoreetiliselt arvutatud oodatavatega sobivad? Hii ruut meetod, t-test 3. Mis eesmärgil geneetilistes uuringutes kasutatakse hii - ruut testi? Valem arvutamiseks? Testi väljund ja selle piirväärtus, mille alusel tehakse otsus kehtiva hüpoteesi kohta? Kasutatakse, et võrrelda geneetilise ristamise vaadeldavaid (tegelikke) tulemusi geneetilisest suhtest oodatavate tulemustega. H0 nullhüpotees: tunnused on sõltumatud H1 alternatiivhüpotees: tunnused on sõltuvad p < 0,05 H1 hüpotees on tõestatud p > 0,05 H0 hüpotees on tõestatud...
NUKLEIINHAPPED Nukleiinhapped - kõrgmolekulaarsed biopolümeerid, mis koosnevad nukleotiididest.(primaarne struktuur.) Nukleiinhape = polünukleotiid. DNA desoksüribonukleiinhape. RNA ribonukleiinhape. Lämmastikalused- Aromaatsed tsüklilised ühendid, mis lisaks süsinikule sisaldavad ka lämmastiku aatomied, (N- alused) tuleneb keemilistest omadustest. NUKELIINHAPETE STRUKTUUR: Primaarne:Lämmastikaluste järjestus polünukleotiidahelas. Sekundaarne Polünukleotiidahel ruumiline struktuur DNA: *Lineaarne kaksikspiraalne (biheeliks). *Tsükliline kaksikspiraalne (tsirkulaarne biheeliks). *Üheahelaline RNA: *Vabakujuline ahel, *osaliselt (iseenda ümber) spiraliseerunud ahel, *Spetsiifilise kujuga ahel Tertsiaaerne Polünukleotiidahela "pakend" rakus või rakutuumas: *Superspiraliseerunud, *Kokkukägardunud, *Spetsiifilise vormiga. LINEAARSE DNA TERTSIAARNE STRUKTUR: Kromatiini (DNA + valgud) kokkupakkimise tulemusena formeeruvad kromosoomid. DNA ...
Nukleiinhapped Helerin Margus 11.05.2008 Sissejuhatus 1. Mis on DNA? 2. DNA kromosoomides 3. Mitokondriaalne DNA 4. Mis on RNA? Mis on DNA? DNA -desoksüribonukleiinhape DNA Molekul, mis kannab endas kogu pärilikku ehk geneetilist informatsiooni (1944) DNA struktuur (avastamine) 1953 James D. Watson ja Francis H. C. Crick DNA kaksikheeliksi struktuur DNA struktuur DNA on kaksikahelaline polümeer, mis koosneb nukleotiididest Nukleotiid 1. suhkrujääk 2. Fosfaatrühm 3. tsükliline lämmastikalus DNA struktuur Nukleotiid 1. Suhkrujääk 2. Lämmastikalus 3. Fosfaatjääk Nukleosiid 1. Suhkrujääk 2. Lämmastikalus DNA struktuur Lämmastikalused: Adeniin (A), Tümiin (T), Tsütosiin (C) ja Guaniin (G) DNA struktuur 1. Selgroog ehk ühesuguse lüli kordus suhkrujä...
Transkriptsioon · Toimub tuumas. · Seda viib läbi ensüüm RNA polümeraas. · Ensüüm kinnitub promootorile -DNA nukleotiidne järjestus. · Kinnitumiseks vajalik aktivaatorvalgu eelnev kinnitumine. · DNA kaksikahel keeratakse lahti · Sünteesitakse ühe ahelaga komplementaarne RNA molekul. · Süntees lõppeb kui DNA jõuab terminaatorini(nukl. järjestus) · Repressorvalgud võivad takistada ensüümi seostumist promootoriga. Kui geenilt toimub transkriptsioon, nim seda geeni avaldumiseks. Avaldumise järgi jaotatakse geenid 4 gruppi: 1. Samaaegselt kõigis rakkudes avalduvad geenid- rRNA, tRNA. 2. Kindla koe rakkudes avalduvad geenid- insuliini geen kõhunäärmerakkudes. 3. Rakkude mingil kindlal elutegevuse etapil avalduvad geenid. N: loote elundkondade väljaarenemine. 4. Geenid, mis ei avaldu mitte kunagi evolutsioonis kaotanud oma tähtsuse. Geenide aktiivsu...
Dominantsus - domineerimine ehk ühe tunnuse prevaleerumine tunnusepaaris teise üle · Näide: silmade värv Retsessiivsus - ühe tunnuse varjuvus tunnusepaaris heterosügootse genotüübi puhul; tunnuse avaldumine ainult homosügootsuse (aa) korral. Fenotüüp - indiviidi (morfoloogiliste, füsioloogiliste, keemiliste, etoloogiliste, arenguliste) tunnuste kogum Genotüüp - indiviidi kogu geneetiline informatsioon, mis koostoimes keskkonnatingimustega määrab tema fenotüübi Homosügoot - lookustes on identsed alleelid · Homosügoot retsessiivse tunnuse osas (aa) · Homosügoot dominantse tunnuse osas (AA) Heterosügoot - diploidse või polüploidse indiviidi genotüübi seisund, kus homoloogiliste kromosoomide samas lookuses asuvad erinevad alleelid (nt. Aa). Kromosoom - eukarüootse organismi genoomi struktuurselt individuaalne element, milles asuvad lineaarses järgnevuses ja kindla paiknevusega geenid ning mitmesugused mittegeensed nukleotiidijärjestus...
Bioinformaatika ülesanded Järjestuste võrdlemine, otsingud andmebaasidest (BLAST, FASTA, SW). 1. BLAST programmide kasutamine tundmatu valgujärjestuse identifitseerimiseks või sarnaste valgujärjestuste leidmiseks (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/). Programmide kasutamisel tutvuda tutorialite ja juhenditega!!! (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html). a. Otsida sarnaseid järjestusi antud valgujärjestusele. Valida sobiv programm vastavalt NCBI juhendile valgujärjestuse võrdlemiseks valgujärjestuste seast. Valida otsimiseks Refseq andmebaas, sooritada otsing, tulemuste formaat 500 joondamise jaoks. GTESPLLTDPSTPNFFWLAWQARDFMSKKYGQPVPDRAVSLAINSRTGRTQNHFHIHISCIRPDVRKQLDNNLAN ISSRWLPLPGGLRGHEYLARRVTESELVQRSPFMMLAEEVPEAREHMGRYGLAMVRQSDNSFVLLATQRNLLTLN RASAEEIQDHQCEILRMRHPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGVAGCAVAIAPPEM...
Elu teke Allikas: Vikipeedia Elu tekke all mõeldakse bioloogilise elu teket mittebioloogilistest nähtustest. Elu tekke aeg, koht ning viis on teadusliku uurimise teema. Elu eeldused Elu tekkis vesikeskkonnas. Esimesed isepaljunevad ehk replitseeruvad molekulid olid RNA- molekulid. Kuna teatud RNA järjestused omavad autokatalüütilist toimet ja mõned neist järjestustest töötavad kui polümeraasid, siis said nukleotiididest tänu sellele tekkida biopolümeersed RNA-molekulid. Isereplitseerumise võime oli elu tekkimise võtmeküsimus. Kõikide elusorganismide ühine eellane kasutas RNA-d oma päriliku materjalina, andes alguse kolmele erinevale organismide domeenile: · prokarüoodid · arhed · eukarüoodid. Arhed ja eukarüoodid on omavahel lähedalt seotud, mida näitab translatsiooniprotsessi sarnasus nende vahel. Samal ajal on aga genoomi organisatsioon ja transkriptsiooniprotsess prokarüootidel ja eukarüootidel erinevad. Sell...
Kordamisküsimused Geenitehnoloogia I Restriktaasid. Restriktaasid on ensüümid, mis lõikavad DNA-d spetsiifilise nukleotiidse järjestuse järgi. Nad teevad seda kõikide DNA’de puhul samamoodi. Neid spetsiifilisi järjestusi nimetatakse restriktsiooni aladeks. Selliseid ensüüme on leitud bakteritest kaitsmaks neid kahjulike viiruste eest. DNA kloneerimine baseerub restriktaaside avastamisel. DNA järjestuse äratundmine varieerub erinevate restriktaaside vahel, lõigates tekivad eri pikkusega “kleepuvad” üleulatuvad osad. “Kleepuvad” üleulatuvad osad võivad olla nii peaahelal kui “komplementaarsel” ahelal. Selliste otstega DNA ahelaid on komplementaarsuse tõttu võimalik mugavalt liita, tekib rekombinantne DNA. Restriktaasid on ensüümid, mis katkestavad hüdrolüüsi fosfordiester sidemel, tunnevad ära 6 järjestust iga restriktaas tunneb erineva. DNA kloneerimise etapid. Peremeesorganismi ja kloonimisvektori valik Vektor-DNA e...
KORDAMISKÜSIMUSED Talpsep 1. Millisel juhul on LCR eelistatud meetod PCR ga võrreldes LCR on suurema spetsiifilisusega kui PCR. Seda on kaval kasutada tuntud järjestuste ja punktmutatsioonide tuvastamiseks kui kasutada oleva DNA kogus on limiteeritud. 2. Milline meetod võimaldab RNA amplifitseerimist DNA juuresolekul? NASBA on RNA tuvastamiseks eriti hea meetod: RNA ahelale saab panna pöördtranskriptaasiga praimeri juurde, sünteesitakse uus ahel, RNAas lõhutakse H-ga ära ja sünteesitakse uuesti jne kuni saadakse detekteeritav kogus nukleiinhappe molekule. Tal on ka see omadus, et töötab DNA juuresolekul ei pea proovi ära puhastama, mis RNA puhul on väga keeruline. Kasutatakse ka ekspressiooniproduktide määramiseks. 3. Millised ensüümid on vajalikud TMA meetodil amplifitseerimiseks? TMA- transcription mediated amplification. RNA polümeraas ja pöördtranskriptaas ...
Geenitehnoloogia eksam 1. Suhkrute lühiiseloomustus. Süsivesikud=sahhariidid. On orgaanilised ühendid, mille koostises esinevad süsinik, vesinik ja hapnik. Süsivesikud säilitavad rakusiseselt keemilist energiat. Rakk saab energiat suhkrumolekulide lagunemisel lihtsateks ühenditeks, aeroobidel veeks ja süsihappegaasiks. I Monosahhariidid ehk lihtsuhkrud on madalamolekulaarsed ühendid, milles süsinike arv on enamasti kolmest kuueni- riboos ja desoküriboos (5 süsinikulised). Glükoos ehk viinamarjasuhkur- kiire energiaallikas, näitab veresuhkrutaset. Funktsioon- energeetiline, DNAs ja RNAs ehituslik (6 süsinikuline). Rohelistes taimedes moodustub glükoos fotosünteesi tulemusena, loomorganismid saavad seda toidust. Fruktoos ehk puuviljasuhkur. II Polüsahhariidid on kõrgmolekulaarsed orgaanilised ühendid (polümeerid), mille ehituslikeks lülideks (monomeerideks) on mono...
Onkogenees Põhjus viga geeni ekspressiooni kontrollmehhanismides * kasvajad * loote väärarengud Kasvaja üldnimetus tuumor Kasvajavorme sadu: * erinevad paiknemise kohad * erinev edasikandumise ulatus * erinevad tekkemehhanismid Healoomuline kasvaja rakud ei levi ümbritsevatesse kudedesse * polüüp epiteelkoes * adenoom näärmekoes * müoom emaka lihaskoes Pahaloomuline kasvaja ehk vähk rakud levivad ümbritsevatesse kudedesse uued kolded * kartsinoom epiteelkoes * sarkoom näärmekoes Healoomuline kasvaja võib üle minna pahaloomuliseks vähk Vähktõbedel üks ühine tunnus rakkude kontrollimatu kasv Muutusteni geenide ekspressioonis võib organism jõuda erinevalt: * parandamata jäänud replikatsiooni vead * mutatsioon päritu...
Kordamisküsimused MOLEKULAAR- JA RAKUBIOLOOGIA KT2 2020 Mõisted: • Kromosoom on eukarüootsetes rakkudes mitoosi ja meioosi ajal valgusmikroskoobis nähtavad valkudega kondenseerunud DNA-molekulid (nukleoproteiinsed kepjad kehakesed). • Kromatiid on geneetiliselt identse informatsiooniga koopia kromosoomist, mis on ühendatud sellesama kromosoomiga tsentromeeri kaudu. • Kromatiin on eukarüootse organismi kromosoomide DNA ja valkude kompleks, mis värvub kromosoomide diferentsiaalvärvimisel eri moodi sõltuvalt kromosoomide kokkupakituse astmest ja DNA-järjestusstruktuurist. • Telomeer on on DNA ahela piirkond enamiku liikide eukarüootse raku kromosoomi kummaski otsas. • Nukleosoom on DNA ja histooni kompleks, peamised kromatiini struktuurühikud. • Histoonid on aminohappest koosnevad aluselised valgud, mille ümber keerdub DNA. • Histooni kood on histooni kindlas kohas paiknev kindel amoinohape, mille ats...
GENEETIKA AJALUGU 19. sajandil tegutses Brno kloostris munk Gregor Mendel, kes viis läbi katseid aedhernega. 1865. aastal sõnastas ta pärilikkuse üldprintsiibid. Sellega sai alguse ka teadusliku geneetika periood. Mendeli I seadus ehk esimese hübriidse põlvkonna ühtlikkuse seadus: homosügootsete vanemate ristamisel saadakse esimeses järglaspõlvkonnas genotüübiliselt identsed ja fenotüübiliselt ühtlikud järglased. Mendeli II seadus ehk alleelide lahknemise seadus: monohübriidse ristamise teises hübriidpõlvkonnas saadakse genotüübiline lahknemissuhe 1:2:1 ja fenotüübiline lahknemissuhe 3:1 või 1:2:1. Mendeli III seadus ehk sõltumatu lahknemise seadus: erinevad alleelipaarid segregeeruvad ja kombineruvad üksteisest sõltumatult. Polühübriid moodustab võrdse sagedusega 2n haplotüübiga gameeti, kus n on heterosügootsete geenipaarde arv. Ganeetide ühinemisel võib tekkida 3n erineva g...
PALJUNEMINE JA ARENG Agoonia teadvusehäired, südame rütmihäired, kopsuturse, krambid; Allantois ehk kusekott- sellest kujuneb nabaväät, mis ühendab loodet ja platsentat Amnion ehk vesikest- kõige lootepoolsem kest, mis koosneb 99% veest Bioloogiline surm ajusurm, kehatemperatuur langeb, lihased kangestuvad, vere ümberpaiknemine, limaskestade kuivamine, algab pehmete kudede lagunemine. Blastoderm ehk kattekoe rakkude kiht. Blastotsööl ehk õõs, mis on täidetud vedelikuga; Blastotsüst ehk põisloode, blastotsüstist areneb gastrula kahe rakukihiga: ekto- ja entodermiga, hiljem moodustub mesoderm; gastrula ei ole veel loode, kujunevad elundid ja elundkonnad; Diploidne kromosoomistik/Diploidsus - kromosoomikomplekti kahekordsus kromosoomistikus. Ektoderm - välimine looteleht Ektoderm välimine looteleht, milles areneb närvisüsteem, meeleelundid, nahk, küüned, suuepiteel. Emaka limaskest ehk platsenta kujuneb välja kuuvan...
Kordamisküsimused (nukleiinhapped, aminohapped, valgud, lipiidid) 1. Joonistage RNA koostisesse kuuluva monosahhariidi struktuur (ka DNA kohta). 2. Milline suhkur kuulub DNA koostisesse (ka RNA kohta)? DNA koostisesse kuulub suhkur, millel OH on asendunud H-ga. Samuti on see viie lüliline suhkur. Pentoos. 3. Joonistage DNA ahelas nukleotiidijääke ühendav keemiline side (ka RNA kohta). 4. Kas DNA on füsioloogilise pH juures: a) laenguta b) positiivse laenguga c) negatiivse laenguga 5. Milline nukleotiid on kujutatud joonisel, kas ta kuulub DNA või RNA koostisesse (kõik neli NMP-d ja neli dNMP-d)? Joonisel on kujutatud guanosiin-5-monofosfaat. Kuulub DNA koostisesse. 6. Kas joonisel toodud nukleotiidis esineb puriin või pürimidiin lämmastikalus? (kokku 5 erinevat). Joonisel esineb pürimidiin lämmastikalus. Puriin on suurem molekul. 7. Kas nukleotiidides on lämmastikalus su...
Geenitehnoloogia I käsitletavad teemad – 2013 sügsissemester. NB! Nii loengute kui ka Tago Sarapuu gümnaasiumiõpiku peatükid 1-4 ja Mart Viikmaa õpikust see materjal, mid üles laetud geen.ttu.ee ‘’Õppematerjalid’’ alla Bioteaduste metoodika Loodusteaduslikud sh bioloogiliste protsesside uurimisel kasutatavad meetodid jaotatakse: VAATLUS (ing k observation) nt anatoomia, kirjeldav embrüoloogia) VÕRDLUS (ing k comparison) - nt võrdlev anatoomia, geenijärjestuste võrdlus KATSE (ing k experiment) – kui muudetakse üht parameetrit/tingimust, ja võrreldakse tulemusi nii muudetud kui muutmata (st kontroll) tingimustega katse puhul Biokeemilised meetodid Biofüüsikalised meetodid (nt valkude struktuuri analüüs) Mikroskoopia (valgus- ja elektronmikroskoopia) Geneetilised meetodid (mutatsioonanalüüs koos...
Tallinna Tehnikaülikool Keemiainstituut Biotehnoloogia õppetool Piimhappelise käärimise uurimine Protokoll Juhendaja: Tallinn 2014 Töö eesmärk 1. Jogurti valmistamine: erinevate katsetingimuste mõju toote kvaliteedile, hinnata nende sobivust jorguti valmistamiseks. 2. Erinevate piimhappebakterite uurimine: Piimhappebakteritest valmistatud mikroskoobipreparaatide uurimine Bakterite genotüüpide uurimine rep-PCR meetodiga Erinevate mikroorganismide mõju uurimine piimale Töö käik 1. Jogurti valmistamine Valmistatakse 100 ml jogurtit. Määratakse piima ja kasutatava juuretise pH. Selleks tehakse juuretisest 10-kordne lahjendus, et oleks mugavam mõõta. Esmalt doseeritakse piim seisukolbi. Seejärel kaalutakse suhkur ja lisatakse piimale. Suhkur lahustatakse. Kolb markeeritakse ning suletakse fooliumiga. Kolb asetata...
Tallinna Tehnikaülikool Keemiainstituut Biotehnoloogia õppetool Piimhappelise käärimise uurimine Protokoll Yasb51 Juhendaja: Tiina Randla Tallinn 2014 Töö eesmärk 1. Jogurti valmistamine: erinevate katsetingimuste mõju toote kvaliteedile, hinnata nende sobivust jorguti valmistamiseks. 2. Erinevate piimhappebakterite uurimine: Piimhappebakteritest valmistatud mikroskoobipreparaatide uurimine Bakterite genotüüpide uurimine rep-PCR meetodiga Erinevate mikroorganismide mõju uurimine piimale Töö käik 1. Jogurti valmistamine Valmistatakse 100 ml jogurtit. Määratakse piima ja kasutatava juuretise pH. Selleks tehakse juuretisest 10-kordne lahjendus, et oleks mugavam mõõta. Esmalt doseeritakse piim seisukolbi. Seejärel kaalutakse suhkur ja lisatakse piimale. Suhkur lahustatakse. Kolb markeeritakse ning ...
”Rakubioloogia II” aineprogramm. DNA struktuur ja funktsioonid. Nukleotiidide koostisosad (lämmastikalused, suhkur, fosfaatgrupp). Lämmastikalused puriinid:adeniin,guaniin 2-tsüklilised Lämmastikalused pürimidiinid:uratsiil, tümiin, tsütosiin- ühetsüklilised Suhkur:pentoos-riboos või desoksüriboos Nukleosiid: alus + suhkur (dAMP,dGMP) Nukleotiid: alus 1´ + suhkur + fosfaatgrupp 5´ Keemilised sidemed DNA kaksikheeliksis. Nukleiinhappe teke: fosfodiester sidemetega ühendatud 5´algus 3´ lõpp süsinikega. Uus nukleotiid lisatakse 3´otsa. Nukleotiidide vahel on vesinikside DNA polünukleotiidisete üksikahelate keemiline polaarsus. DNA kaksikahelas olevate polünukleotiidide vastassuunalisus e. Antiparalleelsus- kaksikahel, üks kulgeb 5´3´ ja teine 3´5´ Nukleotiidide komplementaarsuse printsiip- lämmastikaluste võime omavahel seonduda jamoodustada paar A=T(U), G=C DNA kaksikheeliksi suur ja väike vagu- suur vagu 3,4nm, sisaldab 10 nukleo...
RB II – KORDAMISKÜSIMUSED 1 – 7. LOENG 1. Tuum 1. Tuumaümbris: tuumalähedane ruum, tuuma laamina (koostis, funktsioonid), karüoplasma, tuuma maatriks (kirjeldus, funktsioonid). Tuumaümbris koosneb kahest membraanist – sisemine, välimine tuumamembraan. Tuumalähedane ruum (perinuclear space) – see on ala, mis jääb kahe tuumamembraani vahele. Sisemises membraanis asuvad lamiinid, mis seovad endaga kromatiini ja tuuma valke. Tuuma laamina – valkude võrgustik, mis annab tuumaümbrisele toese. 1) Reguleerib genoomi organiseeritust ja kromatiini struktuuri a. interakteerudes otseselt kromatiiniga ja seostudes kaudselt kromatiini modifitseerivate ja reguleerivate valkudega 2) Reguleerib geeniekspressiooni a. Eraldab transkriptsioonifaktorid tuumaümbrisesse – piirab nende kättesaadavust nukleoplasmas 3) Vahendab tuuma ja tsütoskeletivahelisi struktuurs...
Bioinformaatika ülesanded Järjestuste paaride joondamine (dot-plot, dünaamiline programmeerimine, skoorid). 1. Milliste ülesannete lahendamisel on vajalik järjestuste joondamine? 2. Kasutada suvalist dot ploti visualiseerimise programmi (näiteks DotMatcher http://mfgn.usm.edu/cgi-bin/emboss.pl?_action=input&_app=dotmatcher või DotPlot'i applet http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/dnadot/index.html). Leida järgnevate nukleotiidsete järjestuste paaride sarnased piirkonnad erinevatel raami suurustel ja sarnasuse piirväärtustel raam = 1, lim = 0. Leida kõik suuremad sarnased piirkonnad varieerides raami ja piirväärtuse suurust, põhjendada tulemuste seost parameetrite väärtustega. Millise nähtusega võiks tegemist olla? · atgttgatgattaaaggaattatttttgatatggacggtgttttatttgatacagaacctttttatctgaggcg acgagaagatttttttaagacaaagggaattcccatt...
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
